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日本敗局已定，一向愛面子的豐臣秀吉只好收手。萬曆二十七年（1599年）八月十八日，這位想要把自己的住所挪到寧波去的日本人死掉了。日本趁勢宣佈，我們的首領死了，戰爭該結束了。不然，我們絕對要打到底。
萬曆二十六年（1598年）十一月十五日，倭寇全線撤軍。萬曆皇帝下令，要痛打落水狗。所以，在日軍撤退過程中，明軍全線追擊。陸軍斬殺倭寇無數，海軍全殲日本第五軍。
萬曆二十七年（1599年）四月，總指揮官邢玠帶著大部隊回國，第二年十月，萬曆皇帝下令，大明帝國所有在朝軍人全部回國。抗倭援朝戰爭在歷時七年後正式結束，豐臣秀吉寫給他小妾的那句“我定要在白髮全生之前征服唐（大明）”則成了千古笑談。
從大明朝和整個中華民族的角度來講，抗倭援朝是絕對可以大書特書的。但從萬曆本人來講，他的炫耀之心讓大明帝國花去了七百多萬兩白銀。另一方面，遠在北方的努爾哈赤開始趁著明朝對自己不設防的情況下興起。
萬曆二十七年（1599年）四月十五日，萬曆皇帝來到午門城樓，接受朝賀，這是他許多年後第一次和大臣們遙遙相望。被俘的倭寇六十一名被就地正法，一個月後，萬曆皇帝下詔，通告此次東征的緣由。最後，他說，背信棄義者必戮！和當年漢武帝說的“雖遠必誅”有異曲同工之處。
鎮壓楊應龍（1）
楊應龍和他的祖先從唐乾符年間開始就在地處四川南端的播州生活，按照明制，在此地區設定土司，到了萬曆年間，楊應龍因為世襲的緣故，成了播州的最高領導人——宣慰使司。萬曆十四年（1586年），因為他總是幫助明朝鎮壓其他地方的叛亂，又經常挑選上好的木材給皇宮造房子，所以，萬曆皇帝就又授予了他指揮使頭銜。
但此人的確不怎麼樣，十分喜歡殺人。當地百姓痛恨他的統治，可因為他手裡有強兵壯馬，不但是當地百姓，而且臨近他的四川官員也不敢拿他怎麼樣。此人倒是個“給臉就登鼻子向上爬”的人，他看到周邊沒有人敢對他大聲說話後，就有了想要當四川王的野心。
這顯然就是想要謀反，萬曆十七年（1589年），他部下向朝廷告發他要謀反。在鎮壓韃靼人叛亂中表現很好的葉夢熊來了脾氣，跟萬曆皇帝說，剿滅這廝。
四川方面不幹了，因為它離楊應龍最近，一旦打起來，首先遭受損失的就是四川。四川官員主張招安。爭了一年後，貴州地方發生了叛亂，四川巡撫李化龍趕緊請皇帝不要徵楊應龍，要楊帶兵去剿滅叛亂。
萬曆皇帝覺得這件事有點古怪，就讓四川方面把楊應龍弄到重慶審理一下，楊應龍倒是很合作，去了重慶，對簿公堂後，楊應龍忽然發現自己所犯的罪行是應該被斬首的。但他拒絕死，表示願意以兩萬兩銀子買自己的命。萬曆皇帝得知後不想允許，可朝鮮方面卻來了使者，說自己的國王被倭寇欺負了。楊應龍得知這個訊息後，跟皇帝說，自己願意戴罪立功去朝鮮打倭寇。
萬曆皇帝覺得這個主意不錯，就答應了，楊應龍被放回了播州。但不知為什麼，萬曆皇帝馬上又反悔了，下令不準楊應龍去朝鮮，又調黃繼光為四川新巡撫。此人一上任，連下級官員準備的大餐都沒有吃，就立即下令提楊應龍再次審理。楊應龍又不是傻子，所謂重新審理就是想直接砍他腦袋，他在播州，拒不去重慶。
黃繼光的脾氣十分的不好，楊應龍既然抗命，那他只好圍剿。萬曆二十一年（1593年）正月，他率三路軍隊來圍剿楊應龍，楊應龍表示願意跟他回重慶，當黃巡撫喪失了警惕後，楊應龍突然發動攻擊，其中一路全軍覆沒，黃繼光才當了一年的巡撫就被撤職。
楊應龍大勝一場，膽子更是大起來，準備進攻四川。萬曆二十二年（1594年）三月，馬上要準備去朝鮮的邢玠奉萬曆皇帝的命令來到四川，他給楊應龍擺事實講道理，並舉出了前不久被朝廷殺掉的啺蕕睦�櫻�饢渡畛さ馗嫠哐鈑α��絞焙蚰閬腖藍祭床患鞍 �
楊應龍給邢玠奉寫信，說，啊呀，我真是差一點失足啊。我錯了！
該年五月初八日，楊應龍身穿囚服把自己綁起來到了和邢玠奉約好的地方，痛哭不已，認為自己不是東西。邢玠被感動了，跟萬曆皇帝說，我看此人當初只是一時糊塗。而且朝廷正在用人之時，國庫也空，讓他交點錢，並且把他兒子押在重慶當人質，再革了他的職也就算了。
萬曆皇帝當時正在關注朝鮮戰爭，對這樣的處理方案還