此時，鼬的烏鴉所攜帶的未來少年宇智波止水的萬花筒寫輪眼卻爆發別天神，讓鼬重新回到兜的控制之下。
鼬和被兜召喚出的漩渦長門一起攻擊鳴人與奇拉比。被二人擊退。
為保護五位大名，水影離開戰場。
為指揮大軍，火影和雷影離開戰場。
倒三代土影兩天秤大野木擊退他未來的學生、倒二代土影無，倒五代風影沙瀑我愛羅擊退倒二代水影鬼燈幻月。未來影軍團均被封印。
鹿丸、丁次、井野擊退自己未來的學生、倒三代火影的父親，猿飛阿斯瑪。
前任火影旗木卡卡西擊退未來忍刀七人眾。
前任雷影達魯伊率眾擊退未來雲隱翹楚金銀兄弟，並封印了上古忍具。
收尾部隊對攻，大戰宣告結束。
但許多曉的成員成為了漏網之魚。
與此，在我愛羅的演說中，五大國聯軍正式解散。
經歷了戰爭的種種，鳴人心中升起了負面的情緒，黑暗鳴人誕生。
九尾和鳴人之間，就此產生間隙。
鳴人離開雲隱。
佐助心中對五大國的怨恨已經產生，愈演愈烈，同帶土一道離開。
戰爭只剩下區域性還未停息，五影會談開始，準備商量戰後事宜。
宇智波帶土隱姓埋名，化身為阿飛。
宇智波佐助和帶土一起偷偷前往鐵之國，未想到被鳴人一行人碰到。
對佐助依然抱有愛意的小櫻無奈決定殺死佐助。
鳴人不願放棄佐助，苦口相勸。
但是佐助絲毫不為所動，並在和鳴人大戰一場後，帶走原本跟隨著卡卡西的香磷，綱手因為傷勢過重，陷入昏迷，剛剛壓制了佐助的綱手學生，志村團藏接任代理火影。
鷹小隊和帶土、絕一起來到會場。
大鬧五影會談後，帶土宣佈大戰結束，而後悄悄離開。
因互相猜忌，五影會談不歡而散，五大國之間的關係不復當初。
同時，五大國公開宣佈，處決佐助。
鳴人等人回到木葉。
長門捲土重來，掌控了曉，化身馬克思佩恩，要讓世界感受痛楚。
鳴人因為受傷過重，實力無法回到巔峰，加上和九尾的間隙，堪堪和佩恩打了個平手。
綱手甦醒，和卡卡西一起驚退了佩恩。
鳴人不願想起往事，前往妙木山，散去一身仙術。
雖然叛出了五大國，但佐助依然不希望曉成功，因此他帶領鷹小隊潛入曉的內部，獲得被切下來的八尾觸角，尋找偷溜的奇拉比。
另一邊，被艾抓住的奇拉比為了逃脫，放走了幹柿鬼鮫，但同時剝奪了他得到的所有情報。
悄悄逃回雲隱的奇拉比遇上佐助，因為誤會，兩人大戰。
因為心生憤懣，加之收到了阿飛的蠱惑，佐助竟然失憶，將一切的罪責歸咎於鼬。
但同時，佐助也減輕了對木葉的怨恨，萬花筒寫輪眼再也無法開啟。
他找到了已經病重的鼬，與之對決。
鼬第一次展現了佐助再也無法使用的須佐能乎，成功逃脫。
曉元氣大傷，重歸暗處，伺機行動。
佐助將怒火發洩到迪達拉身上，斬斷了迪達拉的雙臂，讓其逃脫。
另一方面，鳴人兒子的學生，好色仙人自來也前往曉的營地，盜取機密，從此名聲大噪。
曉的行動依然在暗中進行。
佐助遣散了香磷，將水月關進容器，並說服重吾回到監獄。
為了重新提升自己的力量，佐助從封印中再次召回大蛇丸，並將兜身上所有他人的細胞清除，重新修行。
第十班遭遇從鹿林逃脫的飛段和重新找到了五個心臟的角都二人組，大敗。
他們的學生阿斯瑪挺身而出，順利解圍。
鳴人找到了在大蛇丸基地的佐助。
佐助最後一次與九尾直接相見。
勸說佐助無果，鳴人、小櫻和佐井離開了大蛇丸基地。
鳴人發現自己愛上了小櫻，但是小櫻依舊心繫佐助，不曾答應。
為了拯救風之國的忍醫之道，我愛羅犧牲自己，讓千代復活。
但在鳴人等人的幫助下，從迪達拉和蠍的手中奪回一尾守鶴，讓我愛羅復活。
為了拯救佐助，鳴人和自來也離開木葉，繼續修行。
疾風傳完。