長水號的桅桁系統中最前面的是船首斜桅，首斜桅上有一根橫桁。在橫桁下方與船首喙之間張掛一面用於抬升艦首的橫帆。
前桅和主桅結構相同，只是主桅更粗壯，兩根桅杆從下往上依次是分段連線的底桅、中桅、上桅。如果是數千噸的戰列艦，上桅之上還會有頂桅，長水號大小的船隻則不需要。各桅上都有用來張掛橫帆的橫桁。
陳守序在這裡做的改良是，將前桅和主桅的主帆由底桁帆換成了中桁帆。因為越靠近海面的風越容易產生亂流，高處的風向更穩定。但上桁如果作為主帆船隻的重心就又太高了，所以中桁帆是比較好的選擇。而且因為陳守序習慣了暴風號的迅疾，為了給長水號增加順風的航速，他在前、主桅的底、中桁向兩側分別增加了可收放的翼帆。
後桅則像暴風號一樣，將三角帆更換成斜桁帆，後桅的橫帆只有上、中桁帆，無須更改。
桅杆之間，為了輔助操船，陳守序增加了多面縱帆。其中首斜桅張掛三面支索帆，主桅與前桅之間兩面支索帆，主桅與後桅之間一面支索帆。
長水號的船舵系統依然與此時的其它船隻一樣，使用舵杆操縱，沒有舵輪。舵杆延伸至後甲板的艉樓內，操舵在後甲板進行。舵的單側轉向幅度只有7度，因此船隻的轉向必須依靠船帆的輔助。
整艘船的帆裝堪稱武裝到了牙齒，領先歐洲半個世紀以上。但代價就是整艘船的帆索系統十分複雜，需要很多人手。
長水號從最高處開始，依次是艉樓甲板，露天的前甲板與後甲板，上甲板，下甲板和貨艙，共5層。
艉樓甲板露天，承重結構較弱，只是在舷牆上佈設了4門迴旋炮。艉樓甲板是軍官艙室的屋頂，陳守序給個人留的空間並不大，他拆除了部分原有的艉樓。剩下的尾艙被他隔開分成了兩部分，船長室佔據了小的那部分，沿著船縱向擺下一床，剩餘為一桌，一櫃足矣。大的部分則是軍官的宿舍，比陳守序的房間多出的是在尾艙中央有一張圓桌。這張圓桌其實是船舵的舵軸頂蓋。體現出軍官待遇的是在尾艙兩側分別有兩個軍官廁所，對陳守序來說這是他這麼長時間以來第一次享有獨立衛生間。
艉樓甲板之下是後甲板，後甲板與前甲板其實在同一水平線上。這兩塊甲板在前桅和主桅之間是中空的，透過兩舷靠近舷牆的過道相連。前甲板不長，擺下了用於提升兩舷船錨的絞盤，因為桅杆的側支索透過三眼鬼臉固定在舷牆上，空間有限，只開有2個炮門。
前後甲板之間的中空位置上架起了4艘長艇。後甲板則有4個炮門，其中1門炮位於艉樓內，就在軍官們的床邊。前後甲板炮均為8磅的加農炮。
船身最突出的船首喙上建有廁所，2個露天的蹲位，2個帶頂蓋的蹲位，這裡一般歸士兵使用。風浪大時要一邊忍受飛濺起來的浪花一邊蹲坑，在寒冷的天氣裡會很不舒服。
在前後甲板之下是船上的第一層從船頭至船尾的連續甲板，也是戰艦的主要火力輸出炮甲板。兩舷各開有9個炮門，其中主桅附近3座為強大的24磅加農炮。如果可以選擇，陳守序本來想購買威力巨大的24磅寇菲林長炮，但利特曼寧不賣，只願意提供倍徑為長炮三分之二的加農炮。炮甲板上除了24磅加農炮外，是12磅長炮，二者有效射程倒是接近了。
按照瑞典原船的設計，炮甲板即長水號的幹舷距海面1。7米。但陳守序改裝後，帆裝和重炮增加了船身的吃水，幹舷距離海面只有1。4米。這意味著在某些高海況下，炮甲板的炮門將無法開啟。
除了炮，炮甲板上還有兩座絞盤。桅桁升降索透過前後甲板間的中空位置延伸下來，可以用絞盤升降主桅和前桅的上桅桁、中桅桁。後桅因為比較細，相應可以直接採用人力升降。
按理來說，風帆戰艦上其實是這第一層連續甲板的尾艙最舒適，但陳守序為了最大化的利用空間，自己搬到了上層艉樓，把炮甲板的尾艙留給了船上軍官候補生。他們也與普通水手一樣，要睡大炮上的吊床。船尾是兩門用於保護菊花的8磅尾炮。
炮甲板之下是下甲板，實際已位於水線以下。這裡是戰艦的廚房、備用船材庫、藥品庫、醫務室、木匠車間。因為處於水線以下，在外側船板與船身之間還有一道隔牆，其中是狹窄的木工通道，用於堵塞漏水。
下甲板再下面是彈藥庫和貨艙，裝著糧食、淡水、酒和燃料等。這裡還有數不清的老鼠和蟑螂。
貨艙再下是噩夢般的底艙，這裡很矮，人只能趴著進去，裝著壓倉石和備用炮