月中，連連受挫的聯軍改變戰術，先是派出部分艦隻，以上海為基地，開始對東南沿海進行不斷的騷擾，另外又組建一支有八十艘戰艦，五萬士兵組成的特別艦隊，朝臺灣島氣勢洶洶的撲了過來。
除了杭州灣聯軍沒敢進入，杭州得以倖免，其他沿海城鎮如寧波、台州、溫州等都先後遭到聯軍攻擊，聯軍打了就走，佔領之後燒殺搶掠一番就退，要不是劉銘傳早有防備，大部分沿海城市的居民糧食和財物都已經隱藏和轉移，真不知道聯軍會給沿海一帶帶來多大的損失。杭州之所以能逃過這一劫難，全靠劉銘傳的機警。
杭州不同於別處，乃江南重鎮，城市大人口多，由於鄰近杭州灣，原本也在放棄之列的。幸好西門子弄出了水雷，雖然數量不多，但也給了聯軍沉重的打擊，劉銘傳得知後靈機一動，連夜召集大批木匠，用木頭做成空心的水雷模樣，裡面填的不是炸藥是石頭，再刷上黑色油漆，就跟真的水雷一樣。木匠們趕出的三百多個“水雷”，都被劉銘傳丟在杭州灣裡，聯軍艦隊發現大批不明漂浮物後，也不知道真假，又不敢拿軍艦去試驗，只好放棄打杭州，杭州這才得以倖免。
1860年5月25日，聯軍艦隊出現在福建海域，早有防備的福建總督張懿德，早就派人在閩江入口大量拋下石頭，做成人工暗礁，聯軍艦隊不敢進入閩江，福州也逃過一劫。
臺灣，隨著炸藥引線的燃盡，基隆和高雄兩大碼頭也在爆炸聲中化成一片瓦礫，李鴻章堅定的執行了堅壁清野的政策，放棄沿海，在中部修築了一道道防線，基隆煤礦炸燬了，百姓也都遷移到防線以後的地區，李鴻章決心與臺灣共存亡。