9年11月，升任治安管理局局長。1992年，下派到廣州市公安局掛職鍛鍊一年，擔任廣州市公安局副局長。1993年3月升任公安部黨委委員、部長助理，4月12日後分管出入境邊防管理局、交通管理局，聯絡、指導民航公安局。這時候49歲的他，已經是副部級領導幹部。1993年6月擔任全國打擊走私領導小組副組長。1995年12月任公安部副部長、黨委委員，12月4日後分管辦公廳、邊防局、出入境管理局、交通管理局，聯絡、指導民航公安局。1996年5月29日後分管辦公廳、邊防局、出入境管理局，聯絡、指導民航公安局。1998年8月後分管辦公廳、邊防局、出入境管理局、資訊通訊中心，聯絡、指導民航公安局。
在公安部大院裡，有人說“李紀周有能力，思路敏捷，辦事果斷，關心下屬、不拿架子”；有人說“他給人的感覺乾淨利索，連頭髮都總是弄得鋥亮鋥亮，根兒根兒到位”；也有人說“如果方向明確地交待他辦一件事情，他會效率很高地完成；但如果讓他自己拿主意獨立做什麼，就相對差些”。公安部裡的老同志則多愛誇李紀周“懂禮貌”。在部裡如果碰見老同志，有職務的，李紀週一律叫職務，沒有的則叫“叔叔”、“阿姨”，即使後來他坐到了副部長的位置，仍然如此，頗得好評。
然而，李紀周這樣一個仕途順利，位高權重，而且頗受好評的人物，何至於落入犯罪的深淵，成為階下囚？用他自己的話說，就是“交錯了朋友，沒管住自己，沒管好家人”。
粗略看看卷宗，方工覺得，李紀周案比成克傑案難：李紀周根紅苗正、一帆風順，人稱“生在紅色延安，長在紅軍家庭，學在紅色學府，鍛鍊在綠色軍營，升遷在綠色警壇”。多起罪行與走私有關，而他案發前卻擔任全國打擊走私工作領導小組副組長職務；曾參與辦理許多大要案，尤其是參與過查處“林彪、江青反黨集團案”，見識過大場面；長期在公安機關工作，熟知司法機關辦案程式和關鍵，具備豐富的法律知識和高超的反偵查能力，這些均遠非近乎法盲的成克傑所能比擬。李紀周的妻子程辛聯是他大學的同學，同樣出生在高幹家庭，父親曾任內務部高階領導。再加上該案主要證人如賴昌星、湯松新都在逃，許多重要證據難以取得。這案，誰能說不難！——不難，還用得著你方工！
方工的一位同事說過，方工從來不是在做官、只是在做事。方工說：“官就是官職，官職不就是職責嗎？既如此，做官不就是履行職責、不就是做事麼。”他所做的事，多半是辦案，案中人不乏形形色色的官。這些官，比他大的有，比他小的也有。這些官們對“做官”與“做事”的詮釋往往與他不同而高見頻發。對於這些，方工時有見慣不怪的感覺。每當辦完一件案子，長舒口氣的同時，這些官們的所作所為往往讓他咬牙切齒、痛心疾首。
經辦過的大案不少了，見過的貪官惡跡多了，常理似乎不應再對貪官所作為大驚小怪。可是，三天過去了，李紀周案的2000多頁案卷材料看完了，脖肩僵直、腰痠腿麻的方工，彷彿看到一個貪官的影像隱約走近……這些年反腐敗浪潮掀翻那麼多高官，還沒見過敢這麼幹的！方工震驚了！
令人震驚的事實
1993年底，時任公安部黨委委員、部長助理、全國打擊走私領導小組副組長的李紀周在廈門參加慶祝廈門特區成立十週年紀念活動時，公安部出入境管理局局長毛鳳平、廈門市委副書記劉豐、廈門市胡裡區區委書記許甘露向他大談賴昌星如何如何了得。後來毛鳳平又找機會將賴昌星介紹給了李紀周。短短接觸，李、賴二人內心均發相見恨晚之嘆。當時的賴昌星已經透過走私聚斂了大量財富，在廈門呼風喚雨、一手遮天，但他仍不滿足。也許是內心的惶恐不安，也許是急於發展、再上一層樓，他要在北京、在中央機關“開啟局面”。遇到在仕途上鴻運當頭的李紀周讓賴昌星感到興奮，而賴昌星的慷慨、豪爽和財富也同樣令李紀周佩服。李紀周不僅看重賴的能量、財力，對他的行事風格、做派也頗為讚賞。他不止一次地對周圍的人稱：“他才真正像個做大事的人。”談起另一個與他有利益關係的走私商人、新英豪公司的董事長梁耀華，李紀周對其大肆走私行為倒是未置可否，只說他是一個小地痞、小混混兒。“賴昌星不同。他說話從來不那麼直白，但你能明白他的意思。只要他答應的事情，馬上會給你辦好。”此後，二人來往密切。
李紀周夫人程辛聯為人大大咧咧，一副熱心腸的樣子，很好事。她曾任首都圖書館副館長，其間為圖書館做成過