高興，就找個由頭派兵到河南把周王朱棣抓起來押到南京，削去王位，充軍到雲南。接著，又查出三個藩王有不法行為，把他們一個個削去王位。
燕王早就暗中練兵，準備謀反。為了麻痺建文帝，他假裝發了精神病，成天胡言亂語，有時候還躺在地上，幾天不起來。建文帝派使臣去探病，那時候正是大熱天，燕王卻坐在火爐邊烤火，嘴裡還不停地叫冷。使臣一回報，建文帝也相信燕王真的病了。
但是齊泰、黃子澄卻懷疑燕王裝病，他們一面派人到北平把燕王的家屬抓起來，一面又秘密命令北平都指揮使張信帶兵逮捕燕王，還約定燕王府的一些官員當內應。不料張信是站在燕王一邊的，反向燕王告密。
燕王得到訊息，就把王府裡充當建文帝內應的官員全抓起來，宣佈起兵。燕王是個精明人，知道建文帝畢竟是法定的皇帝，公開反叛，對自己不利，就找個起兵的理由，說要幫助建文帝除掉奸臣黃子澄、齊泰。歷史上把這場內戰叫做“靖難之變”（靖難是平定內亂的意思）。
燕王本來有帶兵打仗的經驗，手下有一支經過訓練的精兵。他起兵南下，很快攻下了一些據點，許多州縣的官員紛紛投降。建文帝害怕起來，撤了齊泰、黃子澄的職，想要燕王退兵。燕王哪肯罷休。
這場內戰，差不多打了三年，到了公元1402年，燕軍在淮北遇到朝廷派出的南軍的抵抗，打得十分激烈。有些燕軍將領主張暫時撤兵，燕王說：“這次進軍，只能進，不能退！”
沒多久，燕軍截斷南軍運糧的通道，發起突然襲擊。南軍就一敗塗地了。
燕軍勢如破竹，進兵到應天城下。建文帝見形勢緊急，一面要將士拼死守城，一面派人向燕王求和，願意割讓土地，請求燕王退兵，又遭到燕王的拒絕。
過了幾天，守衛京城的大將李景隆開啟城門投降，京城終於被燕軍攻破。
燕王帶兵進城，只見皇宮大火熊熊，正在燃燒。燕王趕快派兵把大火撲滅，已經燒死了不少人。他查問建文帝的下落，有人報告說，燕兵進城之前，建文帝下命令放火燒宮，建文帝和皇后都跳到大火裡自殺了。
燕王朱棣即位，這就是明成祖。到了公元1421年，明成祖遷都北京。打那時候起，北京一直成為明朝的京城。
三保太監下西洋
明成祖用武力從他侄兒手裡奪得了皇位，有一件事總使他心裡不大踏實。皇宮大火撲滅之後，並沒有找到建文帝的屍體。那末建文帝到底是不是真的死了？京城裡傳說紛紛，有的說建文帝並沒有自殺，趁宮裡起火混亂的時候，帶著幾個侍從太監從地道里逃出城外去了；別的地方傳來的訊息更離奇，說建文帝到了什麼什麼地方，後來還做了和尚，說得有鼻子有眼睛，使明成祖不得不懷疑。他想，如果建文帝真的沒死，萬一他在別的地方重新召集人馬，用朝廷的名義討伐他，豈不可怕。為了把這件事查個水落石出，他派了心腹大臣，到各地去秘密查問建文帝的下落，但是又不好公開宣佈，就藉口說是求神仙。這一找，就找了二三十年。
明成祖又想，建文帝會不會跑到海外去呢？那時候，我國的航海事業已經開始發展起來。明成祖心想，派人到海外去宣揚國威，跟外國人做點生意，採購一些珠寶，順便探聽一下建文帝的下落，豈不是一舉兩得。
這樣，他就決定派一支隊伍，出使國外。讓誰來帶這支隊伍呢？當然非得是自己的心腹不可。他想到跟隨他多年的宦官鄭和，倒是個挺合適的人選。
鄭和，原來姓馬，小名叫三保，出生在雲南一個回族家庭裡。他的祖父、父親都信奉伊斯蘭教，還到麥加（伊斯蘭教的主要聖地，在今沙烏地阿拉伯）去朝過聖。鄭和小時候就從父親那裡聽說過外國的一些情況。後來，他進燕王宮裡當了太監，因為他聰明能幹，得到明成祖的信任。這鄭和的名字還是明成祖給他起的。但是民間把他的小名叫慣了，所以一直把他叫做“三保太監”，後來，有的書上也寫成“三寶太監”。公元1405年六月，明成祖正式派鄭和為使者，帶一支船隊出使“西洋”。那時候，人們叫的“西洋”，並不是指歐洲大陸，而是指我國南海以西的海和沿海各地。鄭和帶的船隊，一共有二萬七千八百多人，除了兵士和水手外，還有技術人員、翻譯、醫生等。他們乘坐六十二艘大船，這種船長四十四丈，闊十八丈，在當時是少見的。船隊從蘇州劉家河（今江蘇太倉瀏河）出發，經過福建沿海，浩浩蕩蕩，揚帆南下。
鄭和第一次出海，先到了占城（在今越南南方）接著又到爪哇、舊