被流矢所傷，幸得堂弟曹洪所救，倖免於難。
回至酸棗，曹操建議諸軍各據要地，再分兵西入武關（今陝西丹鳳東南），圍困董卓，關東諸將不肯從。關東諸軍名為討董卓，實際各自心懷鬼胎，意在伺機發展自己勢力。不久，諸軍之間發生摩擦，相互火拼。聯合軍至此解散。
曹操敏感的知道，聯軍是成不了大事的，諸侯過多，才是這個天下混亂，國賊竊取丞相之位的原因，這便是為他後來的軍事生涯，打下了濃重的一筆，讓得曹操的內心，對於權利充滿了渴望，在他心中只有權利集中在手中，才是正統，之後為他的軍事改革，甚至是之後的一系列事件，都是埋下了濃重的伏筆。
公元193年（初平四年）秋，曹操的父親曹嵩來曹操處路上，被陶謙派兵殺害 。曹操遂進兵徐州（治郯，今山東郯城），向東南擴充套件勢力。陶謙退守郯縣。不久曹操軍糧將盡，撤圍回軍。
次年夏，曹操再徵徐州，略地至東海。曹操徵徐州期間，所過大肆殺戮，一路上“雞犬亦盡，墟邑無復行人”。東郡守備陳宮對曹操不滿，於是與陳留太守張邈、張邈之弟張超、從事中郎許汜及王楷等同謀叛亂。迎呂布為兗州牧。呂布為當時名將，先為董卓部將，後與王允定計誅殺董卓。
當時只有鄄城（今屬山東）和東郡的範（今山東範縣東南）、東阿（今山東陽穀東北）兩縣尚在曹操掌握之中，分別由司馬荀彧和壽張令程昱、東郡太守夏侯惇等堅守，形勢異常危急。曹操從徐州趕回。聽說呂布屯於濮陽，遂進軍圍攻濮陽。二軍相持百餘日。蝗災大起。雙方停戰，曹操軍還鄄城。此時，曹操失去了兗州，軍糧已盡，袁紹派人來勸說想讓曹操投靠他，讓曹操舉家遷到鄴縣當人質。曹操本打算答應袁紹。多虧程昱勸阻，曹操才打消這個念頭。
公元195年（興平二年），曹操整軍再戰呂布，三敗之。破定陶、庸丘等，平定兗州。呂布逃往徐州投靠劉備。七月，因李傕、郭汜的火拼，漢獻帝從長安東歸，下詔讓各路諸侯勤王。
公元196年（建安元年）八月，曹操迎漢獻帝。辛亥，漢獻帝封曹操為司隸校尉，錄尚書事。庚申，遷都許昌。冬十一月丙戌，漢獻帝封曹操為司空，行車騎將軍事，百官總己以聽。
公元197年（建安二年）春正月，曹操討伐張繡，軍隊駐紮在淯水，張繡舉眾投降，旋即復叛，長子曹昂、侄子曹安民、猛將典韋戰死。此後，曹操又兩度攻擊張繡，都沒有徹底擊破。秋九月，曹操東征袁術，袁術棄軍而逃至淮河，梟袁術留守四將。
公元198年（建安三年）夏四月，曹操遣謁者裴茂率中郎將段煨討李傕，夷三族。九月，曹操東征徐州，進攻久與他為敵的呂布。在曹軍攻勢之下，呂布軍上下離心，十二月，呂布部將魏續、宋憲等生擒陳宮歸降曹操。呂布見大勢已去，下城投降。曹操將呂布、陳宮、高順等人處死，收降呂布部將張遼以及泰山豪傑臧霸、孫觀等人，初步控制了徐州。公元199年（建安四年），曹操派史渙、曹仁擊破張楊舊部眭固，取得河內郡，把勢力範圍擴張到黃河以北。
曹操十歲那年，有一次在龍潭中游泳，突然遇到一條兇猛的鱷魚。鱷魚張牙舞爪地向曹操攻擊，但曹操毫不畏懼，沉著地與鱷魚周旋。鱷魚無法下口，於是逃掉了。曹操回家後，沒有向家人提起鱷魚的事。後來，有個大人看見一條蛇而恐懼畏縮，曹操大笑，天真地說：“我在龍潭碰到鱷魚都不怕，你卻怕一條蛇，真是可笑！”眾人詢問，曹操以實相告，無不驚歎少年曹操的膽略。
而關於曹操的典故也是不少，其中許多成語故事讓人耳熟能詳，為後人留下了一筆寶貴的財富！
行刺張讓
曹操曾私入中常侍張讓的府邸試圖行刺，張讓發覺，派人追捕，曹操揮舞著手戟，從庭堂一路打將出來，張讓的衛士無法接近他，曹操且戰且退，退到垣牆邊時，縱身一跳，逾牆而出。
望梅止渴
有次曹操帶兵出征，途中找不到有水的地方，士兵們都很口渴。於是曹操叫手下傳話給士兵們說：“ 前面就有一大片梅林，結了許多梅子，又甜又酸，可以解渴。”士兵們聽後，嘴裡都流口水。他們憑藉著這個，得以到達前方有水源的地方。
割發代首
有一次，曹操率軍經過麥田，下令說：“士卒不要弄壞了麥子，有違反的處死！”軍中凡是騎馬的人都下馬，用手相互扶著麥子走，未想曹操的馬竟然竄進了麥地，招來手下的主簿來論罪，主簿用春秋的典故應對說：自古刑法是不