得見逃無可逃，只好率部投降。
至此，南疆門戶洞開，平定全疆指日可待。
兵敗如山倒。阿古柏見大勢已去，5月下旬在庫爾勒氣急暴病而死。有人說阿古柏是因浩汗被沙俄佔領（1876年）而絕望自殺的（那好歹能算是浩罕愛國人士），但也有人說是被人毒死的。不管怎麼說，反正這個在新疆興風作浪十幾年的阿古柏總歸是魂歸西天了。
阿古柏的次子海古拉扛著老爸的靈柩繼續西逃，跑到了叛賊白彥虎防守的喀喇沙爾（今焉耆）、庫爾勒等地。阿古柏長子伯克&；#8226；胡裡害怕弟弟前來爭奪王位，假裝前去庫車迎接老爸的靈柩，卻偷偷派人將海古拉給宰了，自己在喀什噶爾稱王，先過幾天干癮再說。
1877年秋，在短暫的休整後，左宗棠以劉錦棠部為主力，張曜部為“且戰且防”之軍，相繼長驅西進。這時，飽受阿古柏荼毒之苦的南疆各族人民，紛紛起來配合清軍作戰。10月，劉錦棠率領湘軍子弟馳騁2000餘里，勢如破竹，很快收復喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什等南疆東四城。
最後的殘敵，困守在剩餘的南疆西四城：葉爾羌（今莎車）、英吉沙爾（今英吉沙）、和闐（今和田）和喀什噶爾。大軍當前，其內部分崩離析，已降敵的前喀什噶爾守備何步雲乘機反正，固守喀什噶爾漢城等待