樊燮憤憤而退。不久，樊燮便被炒了魷魚。樊燮回到老家，將“王八蛋，滾出去”六個大字寫上木牌，樹於祖宗神龕之下，又為兒子延請名師，令兒子穿女子衣褲，“考中秀才進學，脫女外服；中舉人脫女內服，方與左宗棠功名相等。中進士點翰林，則焚吾所樹六字洗辱牌，告先人以無罪”。
這樣的激勵教學法居然奏效，樊燮的兒子樊祥增後來發奮讀書，光緒三年中了進士，後來官居江寧布政使，護理兩江總督，成為晚清大名士，總算是雪了老父當年之恥，這大概也是左宗棠所沒有想到的。
左宗棠雖然被胡林翼稱為“楚才第一”，但過於恃才傲物，不久就觸犯官場上的眾怒。後來有人告了左宗棠的黑狀，朝廷命湖廣總督官文密查，如確有不法事情，可將之就地正法。幸好這時肅順知道左宗棠人才難得，加上胡林翼、曾國藩等人的保薦，左宗棠才逃過一劫，隨後入曾國藩幕府襄理軍務，再後又獨立門戶建立楚軍，並署理浙江巡撫，太平軍平定後被調任陝甘總督平定回亂。
早在1871年沙俄侵佔伊犁的時候，左宗棠已經非常警覺，當下就寫信給正在休假的部將劉錦棠，讓他假滿後立刻募練數千湘勇準備西行。1873年，左宗棠最終平定回亂，當時他已經年屆六十，且疾病纏身，完全可以在隴事平定後急流勇退，告老還鄉。但左宗棠看到朝廷當時派往新疆的伊犁將軍、烏魯木齊都統等滿族貴族根本無力解決新疆危難，便不顧自己年事已高，毅然向清政府請纓，籌議出關大略，敦促清廷立刻對新疆用兵。
但當時的大清帝國畢竟不是現在的美帝國主義，可以同時打贏得兩場戰爭。在阿古柏和沙俄在新疆興風作浪的時候，東南沿海的防務也很緊張，除了英法等強國經常滋事外，連小日本也在臺灣插了一腳，弄得清政府很是忙亂了一陣。在這種情況下，當時清廷分成了“海防”派和“塞防”派，兩派之間爭論不休，反而貽誤了時機。
一貫喜歡妥協的李鴻章說，“新疆乃是化外之地，滿是沙漠和赤地，加之土地瘠薄，人煙稀少。乾隆年間平定新疆，耗費全國之力，不過收復數千裡曠地而增加千百萬開支，實在得不償失。”
李鴻章的意思是暫且不要大動干戈的去收回新疆，這樣做成本太大，勝算不高，倒不如暫時儲存實力，先把兵餉用到東南海防，拱衛京師。說這番話時，李鴻章是夾帶著自己的私心在內的，如果朝廷把主要國防開支移到東南海防，李鴻章的淮軍和後來的北洋系就大有前途了。
左宗棠對李鴻章的意見很不以為然，他認為，“新疆資源豐富，糧產充足，而且還盛產瓜果，牧場上牛羊遍野，牧馬成群；看起來是千里荒漠，但實際上是聚寶之盆。”從戰略上來說，“要拱衛京師，必須先保住蒙古，要保蒙古，就必須保住新疆；若新疆不固，則蒙部不安。俄人拓境日廣，由西向東萬餘里，與我北境相連，僅中段有蒙部為之遮閡，不可不豫為綢繆者也。”左宗棠最後特別指出：“若此時即擬停兵節餉，自撤藩籬，則我退寸，而寇進尺。”
左宗棠認為，西方列強通常是為了商業利益開戰，沙俄則更多的是領土要求，後者顯然危害更大。當然，左宗棠並不是說海防不重要，他本人其實是非常重視海防的，早在1866年左宗棠就提議創辦福州船政局，後因調任陝甘總督才由沈葆貞接手。左宗棠的觀點，其實是“海防”與“塞防”並重，並強調先解決最現實的問題。
現在看來，“海防”派和“塞防”派都有道理，國家寸土寸地，不可輕言放棄。問題的關鍵是，在力量不足的情況下，應當區分輕重緩急，把最有效的資源用到最能解決問題的地方上去。李鴻章說保新疆花錢且難度又大，不如“嚴守現有邊界，招撫新疆回首，準其自為部落，略奉中國正朔”，的確有妥協賣國之嫌疑。
亂世當中，沒有一點勇氣也是不行的！左宗棠提出的“我退寸，而寇進尺”的觀點打動了清政府。清廷於1865年任命左宗棠為欽差大臣督辦新疆軍務，授關外用兵、糧餉轉運等各項權力，令左宗棠準備開進新疆平亂。
左宗棠在平定陝甘回亂的時候，也沒有放鬆對新疆敵情和地理特點的觀察。當時回民亂黨白彥虎在左宗棠的鎮壓之下，也逃奔新疆投靠了阿古柏。而英國人一直在支援阿古柏，併為之輸送武器，佔據了伊犁的沙俄則暫時坐山觀虎鬥，試圖在其中搞勢力均衡，分而治之。
“大軍未動，糧草先行”，出了玉門關，關外大都是戈壁沙漠，糧草和水源非常重要。出征前，左宗棠加緊籌運糧餉，並對出征軍隊進行了整編，用