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大約十年以後，摩爾根發覺他在哥倫比亞大學生物學實驗室的一個研究生費爾南達斯·佩思全心全意撲在教學上，他就取笑說：“你得當心呀，要不然你會變成個教務主任了。”在摩爾根看來，真正有價值的工作絕不是在課堂上，而應該是獨闢蹊徑的研究。他的課堂教學多半同他寫書一伴，是利用這個機會把頭腦裡思考的東西用語言表達出來，系統闡述他目前對某些問題的看法，介紹最新的研究資料。一部分學生被這位教師在實踐和理論上的旁徵博引弄得稀裡糊塗。他講課時隨興所至，雜亂無章，而且還常常遲到，有時乾脆不來。但另一些學生簡直對摩爾根和他講的生物學著了迷。他有熱情，有才學，能使有興趣的學生認識到生物學的廣闊天地和多種多樣的實驗方法。而且，他捨得花時間。你要是有問題需要討論：隨時可以打斷他的話。這樣，他輕而易舉就贏得了大批追隨者。他外出度假期間，這批學生總是十分想念他。他們說：“這位新來的教師真棒，但在實驗室裡從不請我們喝喝茶。”
摩爾根在布林莫爾的頭三年生活得很快活。網球場上經常可以見到他。學校裡的各種集會他多半都要參加，雖然不常跳舞，但吃糖果點心卻是盡心盡力的。
與此同時，摩爾根的家庭關係也基本定型，這種關係貫穿於他的一生。他成了母親和妹妹的特定保護人，對她倆關懷備至。不過他從不去看望她們，而是她們來看望他。對大、小查爾頓，他比較淡漠，同他倆沒有多少共同點。
摩爾根的弟妹都沒有繼承長兄那樣的智慧和抱負，也不及他走運。內利1891年報考布林莫爾學院落榜，翌年又考，被錄取上了，因而置於摩爾根的卵翼之下。他一方面決心要她養成獨立思考的習慣，一方面對她有種老大哥的威嚴。他諄諄教訓她，說必須學會自己用腦子；但在火車站，她卻一定要在女賓室裡候車。內利在布林莫爾學院三天打魚、兩天曬網，然後又因“健康欠佳”而中途輟學，始終沒有讀完。之所以改變了先前的計劃，部分原因是她對於腦力勞動缺乏熱情，又太丟不下親愛的媽媽。雖然湯姆大哥為她作了種種安排，雖然一長串追求者希望她留在學校，但她仍回家去，一直和媽媽生活在一起。內利在布林莫爾那段不長的時間裡，媽媽經常來探望他們兄妹倆。當時，小查爾頓從肯培基州立學院商科退學，在聖路易斯的密蘇里太平洋鐵路公司供職。他覺得坐辦公室枯燥乏味，天天給父親寫信（“並向老太婆轉致問候”），催促父親實踐承諾，利用自己的威望為他在家鄉謀個職位。他好像不太明白，大查爾頓的威望有限，他自己要謀個職位也還沒有著落呢。
摩爾根一家兩派的分歧到1893年表現得最為突出（摩爾根結婚以後，由妻子負責處理來往信件，這種歧異趨於緩和）。摩爾根的父親那年立了個新遺囑，一方面抱怨他母親的遺囑是有意對他施以懲罰，使他不但沒得到母親的分文遺產，而且對全家的財產也沒有絲毫髮言權；另一方面，他自己擁有的一切全歸兒子查爾頓繼承，說“他總是那麼喜歡我，比其他兩個孩子更會體貼人，更懂得感情”。
作為一名青年教師，摩爾根繼續搞他研究生時代的課題，主要對柱頭蟲、蛙類、海鞘等進行描述性的研究。既然他關心的是胚胎學研究，海洋動物自然就成了最好的研究物件，因為它們個體小。數量多，軀體又是半透明的。但他不久就改變了研究方向。這時，他越來越相信實驗方法的力量，後來他為發展實驗研究貢獻了畢生精力。四十年後他榮獲諾貝爾獎時，說的第一句話就是：這是實驗生物學的光榮。他的意思是，實驗生物學與單純的形態學研究或描述性的生物學研究是不一樣的。
對摩爾根產生巨大影響的不僅有霍普金斯的同事、布林莫爾學院的雅克·洛布、伍茲霍爾的C·O·惠特曼，而且也應包括設在維蘇鹹火山下那不勒斯灣的動物學試驗站。1890年，摩爾根朝拜了這一生物學界的聖地。1894…1895年，他得到布林莫爾學院給予的休假，到那兒搞了一年研究工作。
摩爾根沿途觀光，進行學術交流，於10月抵達那不勒斯。當時，他口袋裡塞滿義大利鈔票，手裡拿著本義大利文語法書。據說，由於他父親當年支援加里波迪政府，義大利人伸出雙臂歡迎他。不過，他們的熱忱不足以影響美國政府同意查爾頓出任他夢寐以求的領事職務。對於義大利人的熱情歡迎，摩爾根回答說，他有心娶一位義大利公主，但沒有具體說明哪一位。那不勒斯實驗室裡正在進行的一切更加使