家霍普蒙特只有幾分鐘路程，他的幾個兄弟都從事大麻業和經商，很是興旺；但他畢業後並未參加兄長們的行業，而是當了美國駐墨西拿領事。1859年，他到達西西里時剛碰上革命爆發，他毫不猶豫地站到民族主義者一邊，成了第一個承認加里波迪政府的領事，而且，帶著美國領事的頭銜，卻以加里波迪的副官身份參戰，還負過傷。
西西里革命戰爭結束，美國內戰遂起。查爾頓回到故鄉，在約翰·亨特·摩爾根的騎兵團當一名上尉。在1862和1863年的征戰中，他多半在約翰尼的鞍前馬後。他受過一次傷，被俘三次。每次都等到有同等軍階的北軍戰俘作交換時才被放回。
摩爾根幾兄弟都隨約翰東征西討，但除將軍本人外，只有一人戰死，這就是十九歲的托馬斯·亨特·摩爾根。他第一個參加南軍，打起仗來很是莽撞，好像置身險境而其樂無窮。他被敵方俘獲，囚禁起來，又作為戰俘交換，但一經交換，他又趕忙回去投入戰鬥。1863年7月，在肯塔基州萊巴嫩的一次小規模戰鬥中，由於托馬斯行動魯莽，約翰命令他撤離戰場。但等到衝鋒號吹響，托馬斯·亨特·摩爾根少尉就向前衝去，胸部中彈，心臟被打穿。查爾頓在戰場上寫信給母親，說：“湯姆的死，使我覺得我今後的幸福全被毀了。我愛他勝過其他兄弟。”
同月晚些時候，在一場力不從心的襲擊中，約翰·亨特·摩爾根連同幾百名部下被活捉，押解至俄亥俄州。摩爾根幾兄弟，包括查爾頓在內，被剃去鬚髮，囚禁在哥倫布城的俄亥俄州監獄。約翰·摩爾根在他兄弟們和其他軍官們的策劃下越獄逃跑，這段往事是未來的遺傳學家童年時代常常聽到的故事之一，過後又講述給他的孩子們聽。不過，講這故事的不是湯姆·亨特·摩爾根本人，而是他的母親和妹妹。這是一場驚心動魄的脫逃壯舉：首先偷偷挖了一條地道，然後以迅雷不及掩耳之勢從警犬和殘暴的獄卒中衝過，爬火車，騎烈馬，歷經種種危險，穿過北軍的佔領區，最後回到了自己的隊伍。
約翰·亨特屢敗屢戰，又重新組織襲擊。他從來就不是一個優秀的戰略家，現在好像再也無法約束自己的部下。比如，據說有一起銀行搶劫案，就牽連到他的襲擊隊員。與此同時，查爾頓和其他兄弟們仍身陷囹圄，由於參與了越獄行動，受到嚴密監視。他們苦悶無比，查爾頓尤甚。他們的母親天天都給他們寫信，但信件要經過嚴格檢查，不能及時送到他們手中。查爾頓不斷給住在巴爾的摩的三表妹埃倫·基·霍華德小姐寫信，寫得越來越鍾情，越來越熾烈。
1864年3月，他被俘快滿一年，查爾頓被轉移到特拉華堡，那是一個正規的軍事監獄。約翰·亨特·摩爾根1864年9月4日在田納西州格林維爾戰死的訊息傳來時，他仍是一個戰俘。一直到翌年2月，也就是他被囚近兩年時，查爾頓才獲釋。那時，他妹夫巴茲爾·杜克繼約翰任司令，駐軍弗吉尼亞，當查爾頓趕到弗吉尼亞時，南軍統帥李將軍已在阿波馬托克斯向北軍投降。於是大家只好各自回家。
1865年12月7比查爾頓同埃倫·基·霍華德（家裡人叫她內利）在巴爾的摩的以馬內利聖公會教堂舉行婚禮，當地幾百名社會名流出席了結婚儀式。埃倫·基·霍華德是《星條旗歌》作者弗朗西斯·斯科特·基的外孫女；她祖父約翰·伊格·霍華德是美國獨立戰爭中的英雄，1788…1791年任馬里蘭州州長。人們談到埃倫，常說她“像報春花一樣美麗”。更為重要的是，她是南方忠貞不渝的女兒。她對查爾頓的愛情，由於他為南軍遭受了犧牲而更加深摯。他們共同的忠於南方的信念一直是維繫他們婚姻的重要紐帶。新婚夫婦回到霍普蒙特。由於戰爭中幫助南軍的人曾被剝奪公民權和財產權，列剋星敦摩爾根家族的家業開始敗落。肯塔基大麻業蕭條，而摩爾根兄弟沒有及時轉向經營菸草。約翰·亨特·摩爾根死後，由老二卡爾文主持留下來的大麻經銷公司。一大家人擠在摩爾根老太太這幢邸宅裡：卡爾文的妻子、卡爾文的岳母（從弗吉尼亞久經戰亂的城市裡士滿來的難民）、理查德·柯德（他母親的專職保鏢，在她死後很久才結婚）、弗爵西斯·基（被這一家寵壞了的孩子，退役軍人，二十歲時還蹲過北軍的牢房）——現在又加上查爾頓和內利。他們到達列剋星敦時，內利已有身孕。
這孩子1866年9月25日出生在霍普蒙特。查爾頓只希望孩子長大成人能夠“勇敢而高尚，不致辱沒了他的名字”。他在給約翰·亨特·摩爾根的遺孀的信中說，他“本來想用大伯的名字給孩子取名為約翰，但又想到將