三省六部的職能與歷史上相當類似：中書省負責秉承皇帝旨意進行預先制定策略，並草擬詔書；門下省負責審查；尚書省負責執行。張涵以戲志才任中書令，為中書省的最高長官；荀攸、賈詡任中書侍郎，為戲志才副手；以華歆門下令，為門下省最高長官；沮授、邴原任黃門侍郎，為華歆歆副手；尚書省權重，張涵分置左右尚書令，以分其權柄。以張澗任左尚書令，盧植任右尚書令，許陵和剻越任左右僕射，為其副手。
上述官職正職都為正二品，副職則多為正三品，只有尚書省權重，左右僕射為從二品。至於一品大員，便沒有有名無實的三公了。
三省名義上是三個機構，實際上，中書令、門下令和左右尚書令同在政事堂裡辦公，都被時人稱為宰相。有時候，人們也會把左右僕射列入其中，但大多數時候，並非如此。
尚書省下設六部，分別為：吏、戶、禮、兵、刑、工。禮部負責典禮、科舉、教育等，禮部尚書管寧；吏部負責官吏的任免與考核等，吏部尚書崔琰；戶部負責人口戶籍、賦稅財政等，戶部尚書項奉；兵部負責軍事、防衛等，兵部尚書田豐；刑部負責刑獄，依據法律逮捕、處置有罪的人，刑部尚書岑瀾；工部負責工程營造、屯田水利等，工部尚書岑濤。六部尚書皆為正三品。
其中，岑氏一門兩尚書，眾人都覺不可開此先倒，張涵卻覺無稽。大理寺為最高司法機關，負責司法，依據法律審理案件，大理寺正卿也是正三品。即使將鍾繇與岑瀾對調，還不是換湯不換藥。張涵遂不作理會，依然鍾繇為大理寺正卿，職責類似於大法官。
此外，審配就任御使中丞，負責監查百官，可以風聞奏事。
文官大體就是如此了。接下來，再說說武將。
張涵可不會給宰相操縱兵權的機會。兵部的權力被大大削弱了，主要負責的是裝備和後勤的生產、採購，職務和軍街的晉升，糧餉地發放。軍部與政事的溝通等等。當然，所有將領的任免必須經過皇帝陛下地御批，尤其是指揮幾個重要軍團的將領任免。必須有張涵的親筆詔書。這也進一步的削弱了兵部地許可權。
張涵將軍事分為五部：參謀部、軍務部、陸軍部、海軍部和武備部。
參謀部負責蒐集鄰國軍隊的情報，擬定和組織實施戰略戰役計劃和動員計劃，擬定和組織實施武裝力量建設計劃，掌管軍隊的裝備計劃以及軍校。建立了專門地機構從事地圖的測繪和戰史戰例地研究。為了確保計劃切實可行，的參謀人員和軍校教官，要定期在一線部隊和參謀部之間輪換工作。參謀尚書為張羅。參謀侍郎為郭嘉、張音。
陸軍部和海軍部掌管軍隊的組織建設、軍事訓練、行政管理等事務，陸軍尚書為伍子方。海軍尚書為黃庭真。
武備部就是後勤部，下轄若干武庫，主要職責是裝備、物資的管理和補給，武備尚書為張超。
軍務部負責指揮並協調各軍種、備戰區及各種軍隊地作戰行動。以及所有其它事務。軍務尚書為張奐。
這五部互不統屬，皆直接聽命於張涵本人。所有重大地軍事行動，都需要五軍部尚書和兵部尚書在皇帝面前合議。御前尚書合議會由皇帝親自主持。六部尚書提供意見和建議，以輔助天子決策。一般說來，政事堂決定戰略，即開戰與否，參謀部制定戰略戰役計劃，軍務部執行改計劃。也就是說，政事堂決定開戰之後，事情就不由他們主導了，除非政事堂宣佈停戰。當然，在此期間的每一個環節，都要得到皇帝本人的同意，否則是無效地。畢竟，這依然還是個帝國，皇權至高無上。
四宰相可以旁聽御前會議，並在會議上發言，但沒有表決的權利。若皇帝本人不能發表意見，六尚書的決議即為最高決策。只有六部尚書不能形成統一的決議時，方聽候四宰相裁決。若四宰相依然不能作出決定，才由左尚書令裁決。自然，這種情況是為了預防萬一，發生的可能微乎其微。沒有人把這當真，也許幾百年後派上會用場，也許永遠不會一一再壞的決定，也要好過沒有決定，故而張涵制定了這規定。
值得一提的是，張涵不喜歡宦官，沒有任命任何宦官擔任官職，並公開下詔將此立為禁倒。這道詔令受到了熱烈歡迎，歷經了兩次黨錮的腥風血雨，沒有任何士人會喜歡宦官。與宦官類似的，還有外戚。縱觀東漢歷史，外戚與宦官交替執政，多有為禍天下者。
此前，張涵也是有所防範的，王眸的兩個弟弟都在郡守、國相之列徘徊，沒有擔任重要職務的。如今，張涵當了皇帝，遂下詔令，明令禁止外戚擔任顯