何忠經過了幾個月籌備，打算海上圍剿倭寇的老巢——雙嶼港。
並張榜公示，表示其餘海商，如若主動檢舉吳家的罪行，則各家以往所犯違禁之事，一律不再糾治。
光這一條舉措就讓各海商大舒了口氣，他們怕就怕的是何忠摟草打兔子，把所有海商都一網打盡。現在給他們留了一條路，那自然是竭盡所能，把所有髒水都往吳家身上潑了。
於是吳家從浙江大海商搖身一變，成為了大家口中的“巨盜”。吳家被冠上各種罪名，“通倭巨匪”、“阻塞海路”、“售賣軍械禁品”、“私藏甲冑”、“私蓄兵馬”等等，就差把密謀造反的罪名也給一起扣上了。
何忠於是行文南京徵西大元帥府，請求遠洋水師會同浙江、福建備倭軍，一同會剿倭寇及吳家。
何忠從福建調來了水軍，與浙江的水軍，一起在溫州集結。
何忠也親自趕往溫州城坐鎮，並命兩省水軍就地休整，補給糧草、彈藥、武器。
七日後，全軍開往寧波府。
雙嶼港在舟山群島中，隱藏在島嶼之間，大船難以入內，小船不熟悉地形又往往難以攻入，是以一直是倭寇盤踞的巢穴。
此時正是夏季，正值海商們出海前往日本經商的時節，也是倭寇運送物資歸國的好時候。
何忠知道倭寇一定會出海，便命令兩省水軍向雙嶼港進發，伺機發起戰鬥。
七月五日，鄭和派遣水師一部，大小戰船五十餘艘，戰兵兩千人前來助戰，並在外海佈置下來，隨時準備攔截逃跑的倭寇。
七日，福建水軍發現雙嶼港駛出三桅海船一艘，便抵近要求其停船，不想該船隨即開始逃跑。
於是福建水軍便開始追擊。
何忠有命令，首戰不要擊沉敵船，而是要生擒。
明軍各船聚攏後，水軍拿起火銃瞄準敵船射擊，敵船上則用強弓勁弩進行反擊，雙方打得不可開交，互有死傷，但敵船始終沒有落敗，仍在負隅頑抗。
於是明軍便派出數艘船隻開始向敵船靠攏，準備跳幫作戰。
終於，福建水軍計程車卒率先登上敵船，跳上敵船與賊寇進行白刃戰，這時候明軍的衛所兵還是有戰鬥力的，與海盜、倭寇們近戰拼殺也不落下風，在激戰之中敵人落水者不計其數，最終，該船被明軍擒獲。
此戰，明軍生擒真倭二人、中國海盜五十三人，其中據信是吳家豢養的武裝家丁十九人，陣斬倭寇服色者十七人、漢家衣冠者四十八人。
還繳獲了舊式碗口銃兩支、火門槍五杆、藤牌二十三面、倭刀十四把、長槍六十杆以及戰鼓、旗幟等物若干。
首戰告捷，雖然斬獲數量不大，但是令士卒們士氣大振。
將士們都自告奮勇，表示要攻入雙嶼，與倭寇決一死戰。何忠知道將士們急於求戰，好早點回家，便嚴令諸軍沉住氣，先圍而不打，反正這時候最急的應該是倭寇。
果然幾天之後，從雙嶼港中突出來兩條小船，不出意外是倭寇派出的試探，明軍便也派出幾條小船前去迎敵。
明軍中有個小旗官名叫李晃的，善使火銃，他命人拿來火繩槍，裝填完畢，抵近後瞄準誘敵的小船，一槍命中一人，那人應聲倒下，生死不明。
船上其餘明軍紛紛激動地大喊，“節級好準頭！”
這一槍應該是打中了的，因為倭寇派出的那兩艘小船來了個180°大轉彎，拼命逃回了雙嶼，然後一連兩天，再也沒人敢出港。
明軍便繼續圍困，雙嶼港也是一連幾天毫無動靜。
到了圍困的第七日，早上寅牌時分，此時天將亮未亮，正是將士們睡得最死的時候。
雙嶼港中突然一股腦衝出了上百艘船隻，何忠連忙傳令明軍各戰船出擊。
頓時各路官兵奮勇夾擊，俘斬溺敵達數百人。
明軍趁機攻上雙嶼島，擒獲多名倭寇小頭目以及吳家家主的幾個兒子。
不過此時上百艘船隻如同炸了窩的兔子一般四散奔逃，浙江、福建兩省水軍追之不及，竟被好幾十艘船突出了包圍圈。
外圍則是鄭和的遠洋水師，水師可不跟你玩虛的，見有賊船跑了出來，紛紛開炮。
頓時海面上騰起了一道道水柱，不時有賊船被擊中、打穿了船身，然後就跟溺水的人一般咕嘟咕嘟進了許多水，漸漸傾覆。船上的人則紛紛跳入水中，作鳥獸散。
雙嶼島剿倭後，整個浙江、福建沿海都像炸鍋一般，各個走私的海船都不敢靠