朱元璋在前殿處理事情，有時會大發脾氣。馬皇后等朱元璋回到後宮，就會依據事理委婉地勸阻他。她常說：“陛下您忘記了當初貧賤的時候嗎？”朱元璋的怒火往往就會因此而平息。
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在朱元璋四處征戰時期，馬皇后還親自帶領宮中的女眷們一起縫衣做鞋，為將士們提供後勤保障。她的這些行為讓士兵們十分感動，也間接為朱元璋的軍隊凝聚了軍心。
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有一次，朱元璋因觸怒郭子興而被關禁閉，並且郭子興還下令不許給朱元璋送飯。馬皇后心疼朱元璋，就偷偷地將剛出鍋的熱餅藏在懷中帶給朱元璋。因為餅太燙，她的胸口都被燙傷了，但她卻毫無怨言。
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朱元璋登基後，想要懲處一些大臣，馬皇后常常會在旁委婉地勸阻。她深知朱元璋性格多疑易衝動，便用她的溫柔和智慧，救下不少忠臣的性命，像宋濂就是在她的勸諫下才減免了死刑。這展現出馬皇后的善良和她對朱元璋的重要影響。
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當朱元璋想要尋訪馬皇后的親族，打算封官加爵的時候，馬皇后拒絕了。她表示，把官爵祿位私授給外戚，這是不合法度的行為，不能讓漢朝呂氏之亂的情況重現。朱元璋聽後，對她更加敬重。
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有一次，馬皇后生病，群臣都建議祈禱祭祀，還請求找太醫診治。馬皇后卻對朱元璋說：“生死有命，祈禱有什麼用呢？而且醫生也不能讓人起死回生，如果服藥沒有效果，陛下你會因為我而遷怒於醫生們。”這體現了她的善良，連在自己生病之際還考慮他人。
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在朱元璋建立明朝初期，宮中的生活還比較簡樸。馬皇后帶領後宮妃嬪宮女等在宮中開墾出一片菜地，自己種植蔬菜，以身作則倡導節儉之風。
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當朱元璋的一些皇子犯錯時，馬皇后也會耐心教導，讓他們認識錯誤。她就像一位慈母一樣維繫著皇室家庭的和諧，並且經常和朱元璋交流如何更好地教導皇子，讓他們日後能夠成為賢德之人，這對明初皇室家族的穩定和延續起到了積極作用。
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有一次，一個宮女不小心冒犯了朱元璋，朱元璋大怒，想要懲罰這個宮女。馬皇后在一旁趕忙勸解，她對朱元璋說，這個宮女肯定是無心之失，況且她做事一向勤勤懇懇，如果因為這點小錯就嚴懲，會讓宮中眾人感到害怕。在馬皇后的勸說下，朱元璋最終饒恕了那個宮女。
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在朱元璋想要對一些開國功臣的家屬也進行整治的時候，馬皇后總是提醒他不要忘記這些功臣曾經的功勞，要適當寬大處理，她的勸告讓朱元璋在某些決策上不至於過於嚴苛。
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朱元璋曾有意派軍隊到邊疆屯田，馬皇后聽說後，仔細地分析了其中利弊。她對朱元璋說，大規模的軍隊屯田可能會影響當地百姓的正常生活，引發軍民矛盾，而且長途行軍以及在邊疆地區的生活對士兵們來說也很艱辛。朱元璋覺得馬皇后的話有道理，便重新審視這個計劃，經過完善後再實施，從而避免了一些潛在的問題。
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馬皇后關心民間疾苦，時常勸朱元璋輕徭薄賦。她會收集民間的情況告訴朱元璋，提醒他百姓生活的不易，使得朱元璋在制定政策時能夠更多地考慮普通民眾的利益。
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有一次，朱元璋從外面回宮後心情不佳。馬皇后詢問後才知道是因為有官員上奏，提及百姓對一些新政有些怨言。馬皇后聽後，便勸朱元璋應該耐心地向百姓解釋新政的好處，而不是一味地生氣。並且建議朱元璋派人到民間去真正地瞭解百姓的想法，對新政進行合理調整。朱元璋採納了她的建議，這也讓新政能夠更好地推行下去。
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在朱元璋的飲食起居方面，馬皇后也十分用心。她總是親自過問朱元璋的膳食，叮囑御廚注意飲食搭配，避免朱元璋因為國事操勞而影響身體。
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