《問刑條例》，刪除《大明律》中多項殘暴法令。任用賢明公正的執法官吏，要求內外慎刑獄，提高了司法公正性。
- 個人品德高尚：躬行節儉，禁止內府加派御用物料，減少供御物品。寬厚仁慈，對上書冒犯的平民繆恭也未加罪。與張皇后感情深厚，一生只有一位皇后，堪稱封建帝王中的典範。
不足
- 軍事戰略侷限：對蒙古侵略消極應對，最終導致明朝對河套地區徹底失控。戰略上以防禦為主，缺乏積極進攻意識，難以從根本上消除外敵隱患。
- 後期用人失誤：在位中後期寵信宦官李廣、李興等，他們仗勢擅權、收受賄賂、侵佔民田，而朱佑樘對大臣的彈劾置若罔聞。
- 外戚管理失當：對張皇后親屬過於縱容，多次加封皇后親屬，對張家兄弟的違法行為視而不見，上書彈劾的大臣反而被關進監獄。
- 改革不夠徹底：雖進行了諸多改革，但未能從根本上解決明朝官僚體制、土地兼併等深層次問題，為明朝後期的發展埋下了隱患。民間
- 階層矛盾緩解有限：禁止土地兼併等措施在一定程度上緩解了社會矛盾，但未能從根本上改變封建土地所有制，土地兼併現象在後期仍時有發生，農民與地主階級的矛盾依然存在，社會階層固化問題未得到有效解決。
- 思想禁錮問題：朱佑樘重視文化教育，但明朝的教育體系仍以儒家經典和科舉考試為核心，思想禁錮較為嚴重，不利於思想文化的多元化發展和創新。