傑克他們在成功阻止神秘物體啟動，擊敗那個妄圖統治宇宙的神秘組織首領後，整個宇宙暫時恢復了平靜。他們成為了宇宙間的英雄，無數星球傳頌著他們的英勇事蹟。
然而，傑克卻沒有被勝利衝昏頭腦。他站在飛船的指揮艙內，望著外面浩瀚的宇宙，心中有著一絲揮之不去的隱憂。艾米注意到了他的神情，走過來輕聲問道：“傑克，怎麼了？我們勝利了，宇宙和平了，應該高興才對。”
傑克皺著眉頭說：“你不覺得這一切太順利了嗎？那個神秘組織的背後，可能還有更大的勢力。我們只是摧毀了他們一個計劃，但他們的根基或許還在。”
夥伴們聽了傑克的話，也陷入了沉思。在之前的冒險中，他們發現這個神秘組織布局之深遠、資源之豐富超乎想象。雖然這次阻止了他們在“時空之眼”的陰謀，但這個組織似乎總能提前知曉他們的行動，彷彿有一雙隱藏在黑暗中的眼睛在窺視著他們。
就在他們商討之際，飛船的通訊系統突然接收到了一段奇怪的訊號。這段訊號雜亂無章，像是被故意加密過，但其中似乎又隱藏著某種緊急的資訊。飛船上的技術專家大衛立刻開始對訊號進行分析。
經過一番努力，大衛終於破解了訊號的一部分內容。訊號來自一個遙遠的星系，傳送者似乎是一個知曉神秘組織很多秘密的人，但訊號在傳輸過程中被嚴重干擾，只留下了一些零碎的資訊，其中包括“基因改造”“時空裂縫”“幕後黑手”等關鍵詞。
傑克決定，他們必須前往訊號的來源地一探究竟。於是，飛船朝著那個遙遠的星系進發。在航行途中，他們再次遇到了一些詭異的現象。飛船的導航系統時不時會出現偏差，彷彿有一股無形的力量在干擾著他們。
終於，他們抵達了那個星系。這個星系充滿了死亡的氣息，恆星即將熄滅，行星大多是荒蕪的岩石。他們根據訊號殘留的座標，降落在一顆看似毫無生機的行星上。
當他們踏出飛船時，發現這裡的地面上佈滿了巨大的裂痕，彷彿曾經遭受過巨大的衝擊。在探索過程中，他們發現了一個隱藏在地下的基地。基地的入口被一塊巨大的岩石擋住，但傑克他們利用飛船上的工具，成功移開了岩石。
進入基地後，裡面瀰漫著一股刺鼻的氣味。他們小心翼翼地沿著走廊前行，發現牆壁上有許多奇怪的圖案，這些圖案似乎描繪著一種古老的生物進化過程，但又與正常的進化過程有著很大的差異。
在基地的深處，他們發現了一個巨大的實驗室。實驗室裡擺滿了各種奇怪的儀器和容器，容器裡裝著一些半透明的液體，液體中似乎有一些奇怪的生物在蠕動。
突然，一道鐳射束從黑暗中射來，差點選中傑克。他們立刻警覺起來，紛紛拿出武器。黑暗中走出了一群身著黑色制服的人，他們的眼神冷酷無情。
“你們不應該來這裡的。”其中一個人說道。
“你們是什麼人？這個基地是做什麼的？”傑克質問道。
“我們是新秩序的守護者，這個基地是我們進行偉大實驗的地方。你們所打敗的那個組織，不過是我們的一個小小分支罷了。”
傑克他們震驚不已，原來那個神秘組織背後還有這樣一個更強大的勢力。這些人所謂的“偉大實驗”似乎與基因改造和時空裂縫有關。
“你們的實驗是違背宇宙倫理的，會給整個宇宙帶來災難。”艾米憤怒地說。
“你們這些無知的人，我們的實驗將創造出全新的宇宙生命形式，我們將成為宇宙的主宰。”黑衣人不屑地回答。
雙方話不投機，立刻展開了戰鬥。這些黑衣人裝備精良，他們的武器能發射出一種冰凍光線，一旦被擊中，身體就會迅速被冰凍。傑克他們靈活地躲避著光線，同時反擊。
在戰鬥中，傑克發現了一個機會。他衝向實驗室裡的一個控制檯，試圖破壞這個基地的能源核心。黑衣人見狀，紛紛向他撲來。但傑克的夥伴們奮力抵抗，為他爭取了時間。
傑克成功地破壞了能源核心，基地開始劇烈搖晃。黑衣人見大勢已去，紛紛逃竄。傑克他們趁機在基地裡尋找更多關於這個新秩序勢力的資訊。
他們在一個資料庫中發現了一些檔案，這些檔案揭示了這個勢力的龐大計劃。他們試圖透過基因改造創造出一種超級生物，這種生物可以穿越時空裂縫，吞噬整個宇宙的能量，從而實現他們統治宇宙的目的。
傑克知道，他們必須將這個訊息傳播出去，聯合更多的力量來對抗這個新的威脅。他