中標人未能按規定提交履約保證金，其投標保證金是會被沒收的。以下是具體的分析：
法律依據
根據《中華人民共和國招標投標法》及相關規定：
《中華人民共和國招標投標法》第二十五條規定：“投標人應當按照招標檔案的規定提交標書，並繳納招標保證金。中標人應當按照招標檔案的規定履行合同，如不能按照合同履行義務，招標人有權沒收其招標保證金。”
《中華人民共和國合同法》（現已被《中華人民共和國民法典》合同編取代，但相關原則仍適用）第一百五十三條規定：“當事人一方不履行合同義務或者履行合同義務不符合約定的，對方當事人有權請求履行或者請求採取必要的措施進行補救，並有權要求賠償損失。”同時，《合同法》也規定了因不可抗力導致無法履行合同的免責情形，但這不適用於未按規定提交履約保證金的情況。
沒收投標保證金的情形
當中標人出現以下情況時，招標人有權沒收其投標保證金：
中標人在規定期限內未能簽訂合同或根據規定接受對錯誤的修正；
中標人拒不提交所要求的履約保證金。
此外，如果投標人在投標有效期內撤回投標，或者在簽訂合同時向招標人提出附加條件、更改合同實質性內容等，同樣可能導致投標保證金被沒收。
履約保證金與投標保證金的關係
履約保證金是專案發包人為防止承包人在合同執行過程中違反合同規定或違約，用以彌補給發包人造成的經濟損失的一種保證金。它具有違約金的性質，可作為履約擔保，確保合同的順利履行。而投標保證金則是參與投標者對履行合同承諾的一種保證方式。在中標後，投標保證金通常會轉為履約保證金的一部分（如果招標檔案中有此規定），或者需要中標人另行提交履約保證金。如果中標人未能按規定提交履約保證金，那麼其原先繳納的投標保證金就可能被沒收。
綜上所述，中標人未能按規定提交履約保證金時，其投標保證金是會被沒收的。這是為了維護招標的公正性和效率，以及保障招標人的合法權益。
在招投標過程中，履約保證金與投標保證金各自扮演著重要的角色，它們的作用及關係如下：
履約保證金的作用
保障合同執行：履約保證金是為了確保中標方能夠嚴格依照合同約定履行相關責任。如果中標方未能如期完成合同約定的內容或存在違約行為，那麼該部分保證金便可作為賠償使用，以彌補發包人的經濟損失。
規範市場運作：履約保證金有利於保證招標承建商市場運作的規範化，杜絕不合理的壓價競標，促使建設工程向信譽好、質量高的承建商集中。
與國際接軌：履約保證金制度的實施，也有利於我國建築業市場同國際市場接軌，提升國內建築企業的國際競爭力。
投標保證金的作用
約束投標行為：投標保證金的主要功能是確保投標方在競標環節中的合規性及誠信度。它能夠對投標人的行為產生一定的約束作用，防止投標人隨意撤銷投標檔案或中標後無正當理由不與招標人訂立合同。
彌補招標損失：在特殊情況下，如投標人存在違規行為導致招標活動失敗或給招標人造成損失時，投標保證金可以作為賠償金使用。
考察投標人實力：投標保證金的繳納也從一定程度上反映了投標人的經濟實力和履約能力，有助於招標人對投標人進行更為全面的評估。
二者之間的關係
提交主體不同：投標保證金由所有參與投標的投標人提交；而履約保證金則僅由中標人提交。
功能差異：投標保證金注重對招投標流程的監管，確保投標活動的嚴肅性和公正性；而履約保證金則更加關注合同執行狀況，以保障合同的正常履行。
金額限制：根據相關法律法規的規定，投標保證金有明確的最高限額要求（如不得超過招標專案估算價的2%等）；而履約保證金的金額則通常根據合同金額的一定比例來確定（如一般為合同金額的10%-15%）。
退還時間：投標保證金通常在未中標或中標後簽訂合同並繳納履約保證金後退還；而履約保證金則在合同履行完畢後，經招標人確認無違約行為後退還。
綜上所述，履約保證金與投標保證金在招投標過程中各自發揮著不同的作用，共同維護著招投標活動的公平、公正和有序進行。
在招投標過