在持續的深入研究與資訊交流中，林宇和曉妍終於在一次偶然的對比分析中發現了異常線索。
他們將林宇許可權操作記錄中的資料波動情況與曉妍整理的歷史重大事件時間軸放在一起研究時，注意到在幾個特定的歷史節點上，程式世界的資料出現了極為強烈且不合常規的波動。例如，在中世紀歐洲黑死病爆發前夕，程式資料有一系列複雜而密集的變動，這些變動似乎與當時社會結構、人口遷徙以及人們的思想觀念轉變有著微妙的聯絡。黑死病在短時間內席捲歐洲大陸，造成了大量人口死亡，但從程式世界的視角來看，這場災難背後的資料波動像是被精心設計和引導的，並非單純的自然事件所引發的隨機資料變化。
另外，在近代物理學革命時期，當愛因斯坦提出相對論的前後時段，程式資料再次出現了長時間的異常震盪。相對論的出現顛覆了傳統的時空觀念，而與之對應的程式資料波動顯示出對人類科學認知突破的一種深度響應與調整，彷彿程式世界在背後推動著人類科學思想跨越到一個新的維度，這種資料的異常變動遠超普通科學發現所帶來的影響範疇。
這些異常線索就像隱藏在重重迷霧中的微弱火光，雖然還不能完全照亮他們前行的道路，但卻為他們指明瞭一個全新的探索方向。
林宇和曉妍深知這些異常線索的重要性，決定對其進行全方位的深入研究。
他們首先從黑死病時期入手，廣泛蒐集當時的歷史、文化、醫學、社會等多方面的資料。林宇利用許可權嘗試深入挖掘當時程式資料波動所涉及的具體程式碼模組，儘管每次深入探索都會消耗他不少精力，但他依然咬牙堅持。曉妍則在一旁仔細分析從歷史資料中梳理出的事件脈絡，試圖找出與程式資料波動相匹配的現實世界變化因素。
他們推測，黑死病的爆發可能是程式世界為了達成某種宏觀目的而進行的一次大規模社會結構調整與人類思想變革的觸發事件。也許是為了淘汰舊的社會秩序，為新的文明發展模式騰出空間，又或者是為了測試人類在極端災難下的生存能力與適應性，從而收集相關資料用於程式的最佳化與升級。
對於近代物理學革命時期的異常資料波動，他們深入研究相對論的理論體系及其對後續科學發展的深遠影響。林宇透過特殊許可權檢視與科學發現相關的程式分支，發現每當人類科學認知有重大突破時，程式都會對相關知識體系的傳播、應用以及人類對科學探索的熱情與方向進行一系列複雜的引導性操作。這表明程式世界並非只是簡單地記錄人類歷史與現實，而是在積極地塑造和推動人類文明沿著特定的軌跡發展。
在研究過程中，他們還發現這些異常資料波動之間似乎存在著某種隱藏的聯絡與週期性規律。這一發現讓他們意識到，整個程式世界的執行可能是一個巨大而精密的有機整體，各個歷史時期的重大事件與程式資料波動都是這個整體中相互關聯、相互影響的組成部分，而他們目前所看到的僅僅是冰山一角。