率百官奏請趙構復辟。於是隆裕太后下詔，趙構再次重登皇位。苗劉還不放心，要求趙構賜予免死的鐵券，准予免於追究他們政變的責任
趙構知道兩人學識不豐，在鐵券上寫著“除大逆外，餘皆不論，苗劉不察，”，苗劉二人看著免死鐵券，以為日後可以保命，殊不知依然難逃殺身大禍。
僅僅數日，大將韓世忠就率領勤王大軍，殺到臨平，率軍力戰，大破叛軍苗翊與馬柔吉，挺進北關。眼看其他各路人馬，也已經相繼殺到，苗、劉二人自知難以抵擋，率精銳兩千人，拿著趙構所敕賜鐵券逃出臨安城，同時命令手下縱火，想將臨安城變成一片火海，但天降大雨，火不能起。兩人陰謀落空。
勤王軍劉光世、張浚、韓世忠、張俊、呂頤浩等入城，，趙構握住韓世忠的手痛哭，請求他們擒王平叛，並下詔只追究苗傅、劉正彥、王鈞甫、馬柔吉、張逵等的責任，其他軍官士兵皆不追究。
詔書一出，叛軍之中將士，人心大亂，王鈞甫想率軍投降，但其部下張翼等人斬了王鈞甫，馬柔吉投降。王世修則是被擒之後，被判罪處死。
苗傅、劉正彥兩人率軍逃亡，沿途劫掠各地郡縣，韓世忠率領人馬乘勝追擊，在浦城將劉正彥擒獲。苗傅僥倖逃脫，隱姓埋名，流竄到建陽，被韓世忠手下的將士發現，抓獲歸案，於是韓世忠宣佈班師回到臨安。
苗傅、劉正彥被擒，拿出皇上趙構敕賜的免死鐵券，韓世忠看後，微笑說道，“皇上所言，除大逆外，餘皆不論，你二人恰恰就是謀反大逆之罪，豈有饒恕之理。”苗劉二人最終落了個凌遲處死的下場。
趙構封賞平亂功臣。升呂頤浩為尚書右僕射；升李邴為尚書右丞；封韓世忠為少保、武勝、昭慶兩鎮節度使，御書“忠勇”讚揚其忠心，另外封其夫人梁氏為護國夫人。一人兼兩鎮節度使及功臣之妻受封賞皆始於此。張浚則自請前往川陝一帶防守，被封為宣撫處置使。
一場苗劉兵變的鬧劇，終於落幕。但是此事在趙構心裡，卻留下了巨大的陰影。從此以後，趙構更加不再希望臥薪嚐膽，舉兵抗金，迎取二聖還朝，而且對武將，不再信任，時刻擔心他們，有朝一日擁兵自重，必定再起反叛之心。