主要的洞窟通常由佛教僧侶、地方統治精英以及中原帝王等贊助人贊助，其他洞窟則由商旅、軍官和當地的人（如婦女團體）資助。
安史之亂後，建中二年（781）吐蕃佔沙州（敦煌），在吐蕃贊普保護下，莫高窟得以繼續發展。大中二年（848）張議潮率兵起義，收復河西十一州失地，奏表歸唐。在張氏歸義軍政權統治的晚唐時期，張氏家屬及其顯貴姻親在此繼續修建。
乾化四年（914）曹議金取代張氏執掌歸義軍政權，曹氏家族統治瓜（安西）沙（敦煌）120多年，新建洞窟，還全面重繪重修前代洞窟和窟簷，在崖面上大面積繪製露天壁畫，使莫高窟外觀蔚為壯觀。
北宋景佑三年（1036）和南宋寶慶三年（1227）此地先後為西夏、蒙古政權統治，儘管仍有興造修葺，但伴隨絲綢之路失去重要作用和敦煌經濟蕭條，莫高窟已趨衰落。元以後停止開窟。
概括而言，莫高窟興於十六國時期，歷經北魏、隋、唐、宋、西夏而訖元代。
發現和保護，莫高窟在明代一度荒廢，鮮為人知。
至清代(1644-1911)流放到中國西部地區的官員提供了關於該地區（今新疆維吾爾自治區和甘肅省）語言、民族和地形的連續記錄。
在中國的各個朝代，這種地方文獻的編撰傳統一直傳承不輟，自《漢書》以來的各朝官方史書中，都設“西域傳”。伊犁將軍松筠(1802-1809年在職)命謫戍官員編撰新疆的地方文獻。
為了完成撰述，徐松於1815-1816年進行了實地考察以蒐集資料，其間，他考察了敦煌的佛教洞窟遺址，記錄了莫高窟建窟碑。此外，他還注意到一些其他的古代遺址。
徐松刊佈了一些著作，其中包括《漢書西域傳補註》和《西域水道記》。
徐松還撰有新疆詩集一部（《新疆賦》），這是中國貶謫文人的另一種文化傳統。
紀昀（1724-1805，1768年貶逐）在烏魯木齊的詩歌和日記，以及洪亮吉（1746-1809，1799貶逐）的詩歌，都提供了非常有價值的第一手資料。許乃谷（1831-1834年任敦煌知縣）繼承了這個傳統，著有《千佛洞賦》。
蔣孝琬（蔣師爺，？-1922），湖南人，1883年去新疆，在縣、州行任師爺。1906-1908年，斯坦因第二次中亞探險（參見英國收集品）過程中，蔣孝琬一直擔任翻譯、助手。
蔣孝琬多年的師爺經驗正是斯坦因所需要的，因此當他於1906年5月見到斯坦因時，兩人很快就開始了探險活動。蔣孝琬以助手身份與斯坦因同赴敦煌，同時教斯坦因中文。
他協助斯坦因處理庶務，疏通關係，幫助斯坦因說服敦煌的道士王圓籙允許斯坦因和他接觸藏經洞藏品。
20世紀初-40年代，20世紀初至40年代初敦煌藝術研究所成立之前，是敦煌石窟歷史考古研究的發端，主要是對石窟的考察、調查、記錄和資料的公佈。
敦煌在20世紀引起關注，與藏經洞的發現有密切關係。王圓籙是一個雲遊道士，於1890年左右來到敦煌莫高窟，並在此定居。他儼然成為石窟的民間守護者，並四處籌款以修繕廟宇。
光緒二十六年（1900），在清掃第16窟的積沙時，他的一個工人突然發現一個暗門，門內是一間小秘室，隱藏著堆得滿滿的4至11世紀的寫卷和繪畫。該窟即是第17窟，並以藏經洞聞名（最初它是9世紀左右為洪辯和尚建造的影堂）。
王圓籙（1849-1931），王圓籙發現藏經洞後，英國的m.A.斯坦因(marc Aurel Stein，1862-1943)、法國人伯希和、日本人橘瑞超和吉川小一郎相繼掠走洞中大量經書等文物。
俄國人S.F.奧爾登堡(cepгen фeдopoвnч oльдeh6ypг，1863-1934)、美國人L.華爾納還盜走莫高窟的一些壁畫。這些盜劫和破壞使敦煌文物受到很大損失。
同時，他們中也有人開始以考古學的方法對洞窟做了編號、測繪、照相、文字記錄，並公佈了敦煌石窟的部分照片和資料。
1907年和1914年，斯坦因先後兩次到莫高窟考察。1907年第一次考察時，除了從王道士手中騙購了藏經洞發現的文獻和絹畫外，他還對洞窟的建築、雕塑、壁畫進行了考察，編了20個洞窟窟號，做了一些測繪、攝影和文字記錄。他於192