，亦不會問罪。同時，武則天又先後任用索元禮、周興、來俊臣、侯思止等一大批酷吏，掌管制獄，如果被告者一旦被投入此獄，酷吏們則使用各種酷刑審訊，能活著出獄的百無一二。這樣，隨著告密之風的日益興起，被酷吏嚴刑拷打致死的人日漸增多。於是在朝廷內外便形成了十分恐怖的政治氣氛，以致大臣們每次上朝之前，都要和家人訣別，整天都惶惶不可終日。
武后謀奪李唐的社稷，翦除唐宗室，諸王不自安，欲起兵對抗。垂拱四年（688年）博州刺史琅邪王李衝（李貞子），八月於博州（今山東聊城東北）舉兵。豫州刺史越王(唐太宗之子)李貞起兵豫州（今河南汝南）呼應。武后分遣丘神績、魏崇裕擊之。琅邪王李衝起兵七日敗死；九月，越王李貞兵敗自殺。
這年命令僧懷義率領萬多人，毀乾元殿，建明堂，費時近一年落成，高二百九十四尺，闊三百尺。共三層，上為圓蓋，有九條龍作捧著的姿態。上有鐵鳳，高一丈。飾以黃金，稱為“永珍神宮”。明堂既成，又命僧懷義鑄大像，大像的小指也可以容納數十人，於明堂北建五層高的天堂來收納這個大像。所花費用以萬億計，政府財政為之枯竭。是年武承嗣命人鑿白石為文曰：“聖母臨人，永昌帝業。”號稱在洛水中發現，獻給武后，武后大喜，命其石曰“寶圖”。之後武后加尊號為“聖母神皇”。
武后想殺盡李氏諸王，使周興等審訊之，迫韓王元嘉、魯王靈夔、黃國公撰、東莞郡公融、常樂公主等自殺，親信等均被誅。
武后當政期間進一步發展科舉制度。貞觀年間共錄取進士205人，高宗武后統治期間共錄取一千餘人。平均每年錄取人數比貞觀時增加一倍以上。武后載初元年（690年）武后在洛城殿對貢士親發策問，是“殿試”之始。是年遣“存撫使”十人巡撫諸道，推舉人材，一年後共舉薦一百餘人，武后不問出身，全部加以接見，量才任用，或為試鳳閣（中書省）舍人、給事中，或為試員外郎、侍御史、補闕、拾遺、校書郎，試官制度自此始，時人有“補闕連車載，拾遺平斗量，把推侍御史，腕脫校書郎。”之語。武后雖以官位收賣人心，然對不稱職的人亦會加以罷黜；明察善斷，故當時的人亦樂於為武后效力。為獎勵告密，武后對告密者破例授官，以賣餅為生的侯思止，是一名無賴，因誣告舒王元名與恆州刺史裴貞謀反，被任命為遊擊將軍、侍御史。王弘義，以無德行見稱，告鄉里謀反，擢授遊擊將軍、殿中侍御史。是年殺安南王穎等宗室十二人，又鞭殺故太子賢二子，唐之宗室至是殺戮殆盡，其幼弱倖存者亦流嶺南，又誅其親黨數百家。
是年七月，僧法明等撰《大雲經》四卷，指武后是彌勒佛下世，當代唐為天下主，武后下令頒行天下。命兩京諸州各置大雲寺一所，藏《大雲經》，命僧人講解，並提升佛教的地位在道教之上。是年九月侍御史傅遊藝率關中百姓九百人上表，請改國號為周，賜皇帝姓武。於是百官及帝室宗戚、百姓、四夷酋長、沙門、道士共六萬餘人，亦上表請改國號。武后準所請，改唐為周，改元天授。武后稱聖神皇帝，以睿宗為皇嗣，賜姓武氏，以皇太子為皇孫。立武氏七廟於神都，追尊周文王曰：始祖文皇帝。立武承嗣為魏王，武三思為梁王，其餘武氏多人為王及長公主。
同年九月，武則天派右鷹揚衛將軍王孝傑為武威軍總管，與武衛大將軍阿史那忠節率兵赴西域征討吐蕃。十月，唐軍大勝，連克于闐、疏勒、龜、碎葉等安西四鎮，仍置安西都護府於龜，發兵戍守。
長壽三年（694年）武三思率四夷首領請以銅鐵鑄天樞，立於端門外，以歌頌武后的功德。武后親題曰：“大周萬國頌德天樞”。天樞鑄造歷時八月而成，其形制若柱，高一百零五尺，直徑十二尺，八面，每面各五尺，下為鐵山，週一百七十尺，以銅為蟠龍、麒麟環繞之；上為騰雲承露盤直徑三丈，盤上四龍直立捧火珠，高一丈。工人毛婆羅造模，武三思為文，刻百官及四夷首領之名於其上。用銅鐵二百萬斤，“請胡聚錢百萬億，買銅鐵不能足，賦民間農器以足之。”
萬歲通天元年（696年）五月，契丹首領李盡忠和孫萬榮率兵叛亂，攻陷營州，殺都督趙文。武則天派將軍曹仁節、張玄遇、李多祚等率兵征討。由於誤中吐蕃伏兵，全軍覆沒。接著，武則天再派武攸宜、王孝傑等率兵討伐，均大敗而歸。神功元年（697）四月，武則天又派武懿宗、婁師德、沙吒忠義率兵二十萬，討伐契丹。六月，孫萬榮兵敗被殺，契丹餘眾歸降於突厥。
神功元年（697年）武后使武懿宗審訊劉思禮