宇宙新的輪迴開始了，但結果卻不盡人意。無論是任何一處宇宙都是一片死寂，在量子漲落未出現失衡之前，宇宙的總旋律便是虛無和混沌。
救世艦隊從另一片維度之中現身，他們絕望而無助地看著眼前的宇宙，這裡被黑暗主導著一切，一絲光亮都沒有。
琵姆垂頭喪氣地一次又一次聯絡前往下層宇宙的人們，可沒有一次能收到回應，她最不希望發生的事情還是發生了。
歸墟引擎榨乾了一切，無論他們往下層宇宙怎麼躲都是徒勞，除非是在另一片維度之中。
沒有辦法，現在他們唯一能做的就是聚集所有人，商討如何重塑宇宙，接下來的文明又該如何建立和重現輝煌。
由於救世艦隊人口還剩數十億，普通的艦船肯定是裝不下這麼多人進行討論，所以他們來到了永恆之塔的z01區中，這裡足夠容納所有人存留的物資和設施也夠所有人一直迴圈使用。
z01區內所有人共同商討了接下來的方案，首先是將人口恢復至十兆，以有足夠的人員去應對可能面臨的人才資源不足等一系列問題。
然後便是重啟機器人生產線和巨神靈之中的船塢，生產出足夠建造用工具和船隻。
最後討論新世界後該實行的制度、物資分配等問題，眾人的意見達成一致後正式開始實行。
方案討論完成後，每一個人保持原有的職位不變，直到首個方案實施完成後再根據實況作調整。
琵姆回到了永恆之塔的主控室中，她垂頭喪氣地站在窗邊心情失落至極。
蓋婭已經隕落，逃往下層宇宙的人們也未能在此次浩劫中存活，千辛萬苦建立的一切都沒能守住，這其中種種都使得琵姆一點一點走入哀傷的海洋之中無法自拔。
心知不是自怨自艾的時候，琵姆強提精神望向窗外，現在還有很多事情等著去做，自己作為主席必須做出表率作用先振奮起來！
窗外的虛無之中似乎有什麼動靜，有什麼東西正藉著永恆之塔的光亮變得閃閃發光。
琵姆聚目一瞧，竟是一片細長的銀針正朝著歸墟引擎遺址而去。
銀針細長如夏日斜雨，在一片黑暗的虛無中尤為顯眼，猶如在宇宙中下起了一場滂沱大雨。
“蓋婭......”琵姆此刻的情感再也無法忍住，放聲大哭起來，“放心吧，蓋婭。我們不會辜負你的，往日的輝煌一定能夠重現！”
各處的眾人同樣看到了這一場“雨”，他們有的跪地痛哭，有的憤怒而絕望的大喊大叫，還有的流著淚望著“雨”落去，直至遠離自己的視線。
這場浩劫帶給每一個倖存下來的人們只能是無盡的哀傷和痛苦，他們失去了很多很多。
宇宙重啟後一千年，宇宙還是一片死寂，存活下來的人們陷入深深的絕望之中。
他們清楚的知道宇宙就是偶然，要等待偶然發生不亞於在大海之中撈針，運氣好可能下一刻偶然就會發生，運氣不好可能等到永恆之塔中的類星體耗盡都沒能等到。
究竟該怎麼辦？應該干預那次偶然的發生嗎？
為此，倖存者們準備開一場會議，討論是否對量子漲落進行干擾，從而加快新物質宇宙形成的進度。
而就在會議將舉行之際，落入歸墟引擎之內的南宮驚天竟帶著一批艦船和蓋婭的核心出現了！
會議馬上擱置，所有人立即開始安置這些艦船之內的人們，同時向人們瞭解他們遇到的狀況。
萬斯、傑斯迪、畢琪等人也在下層宇宙的倖存者之列，他們向琵姆講述他們親眼所見：
下層宇宙之中並不安全，一切都被真空衰變清除了，他們能活下來完全是因為躲入了另一片維度之中。
可他們所擁有的能源很快耗光了，奇異點科技在不用維度中作用有限，他們被困在了另一個維度當中。直到遇見了南宮驚天......
南宮驚天也說出了自己的遭遇，被吸入歸墟引擎之後他便嘗試吸收當中的能量，可他驚奇的發現那些七彩的能量完全吸收不了，他就那樣被迫困在裡面，直到歸墟引擎啟動，宇宙重啟。
而蓋婭核心是在他們回到這處宇宙時偶然發現的，當中的東西已經損毀殆盡，想要復原需要龐大的工程現今根本無法做到，加之修復完成後也不會再是原來的蓋婭了。
所以修復蓋婭已經是做不到的事情了，她的核心也只能留作紀念。
所有跟隨南宮驚天迴歸的人們已經得到安置，原本應該進行的會議重新舉行