1858年6月，達爾文收到了這份手稿；他因讀到的是一份他已寫成的東西的概要，驚呆了。〃我從未見過比這更驚人的巧合〃，他給查爾斯·賴爾去信說，〃即使華萊士已得到我在1842年寫下的手稿，他也不可能寫出比這更好的簡短提要！甚至他的話現在可放在我每章的上端。〃達爾文對於公佈自己的研究成果一事不再猶豫了。1858年7月1日，他在倫敦向學會宣讀他自己的論文和華萊土的論文，所謂達爾文的進化假說給提出來了。達爾文在他於1859年出版的主要著作《物種起源：藉助於自然選擇即生存鬥爭中的適者生存》中更詳細地闡述了自己的思想。
達爾文的主要論點——他的進化學說——是，處於現在各種不同形式中的動植物種類不是作為單獨的、特殊的創造行為的結果而固定不變的，而是有共同的原始起源的、不同的、變化中的自然結果。達爾文認為，變異藉以發生的主要方式是〃自然選擇〃。他將這一過程闡釋如下：
因為所產生的每一物種的個體比可能生存的多的多，遂各生物間便經常不斷地發生生存鬥爭，所以，任何生物如果能以任何方式發生縱然微小但有利於自己的變異，它在複雜的而且時常變化的生活條件下，將會獲得較好的生存機會，因而它就自然地被選擇了。由於強有力的遺傳原理，任何被選擇的變種，將會繁殖它的新的和變異了的型別。
也許很難把自然界中所有的變種都設想力似乎是象〃自然選擇〃所提供的那樣一個不規則的、緩慢的變化過程的產物。不過，統計學上的計算結果表明，即使一次突變僅僅導致百分之一的較好的生存機會，它也會使一個物種經歷100世代以後有為數一半的個體發生了突變。換句話說，即使101個發生過突變的個體活下來後有100個失去了突變，突變仍會在生物學上所說的短時間內傳遍該物種。一種具有淺顏色和深顏色的小蛾子為〃自然選擇〃是如何起作用提供了一個具體例子。人們已注意到，在淺色的樺樹林裡，淺色種類的蛾通常是深色種類的蛾的6倍；相反，在深色的松樹林，深色種類的蛾通常為淺色種類的蛾的16倍。從這兩種樹林中鳥類的身上遺留下來的蛾翅膀的顏色上，也可找到〃自然選擇〃如何起作用的證據。
達爾文的學說雖然在後來的研究基礎上得到了詳細修改，但其要點實際上已為現在所有的科學家所接受。1958年7月1日，在慶祝達爾文發表其論文一百週年的大會上，英國傑出的科學家加文·德比爾爵士稱讚道：〃進化的事實如今已普遍地為所有有資格發表意見的人所承認，進化的作用過程大體上已闡明。自然選擇的理論已建立在非常堅固的基礎上，因此，現代的工作只不過是進一步證實這一理論，儘管隨著知識的增加而需對它作新的表述。〃
然而，達爾文的學說在他生前遠沒有被普遍接受。確實，它由於當時幾位傑出的科學家的研究和著作而得到加強。地質學家查爾斯·賴爾在他於1863年發表的《人類的古代》一書中接受了達爾文主義。兩位最主要的植物學家——英國基尤植物園的主任約瑟夫·胡克爵士和哈佛大學教授阿薩·格雷也成為達爾文主義者。在達爾文主義的最熱烈的擁護者當中，還有兩位著名的生物學家——德國人恩斯特·海克爾和英國人托馬斯·赫胥黎，後者稱自己為〃達爾文的鬥犬〃。
但是，在某些方面，特別是在教士中間，卻存在著激烈的反對。這是可理解的，因為正如以往哥白尼的天文學體系廢除了地球在宇宙中的中心地位一樣，達爾文主義似乎廢黜了人類在地球歷史上的中心地位。當達爾文於1871年發表另一部著作《人類的由來》時，教士們自然得出如此結論。達爾文在這部著作中安排了人類與整個動物生活有關的證據，斷定〃如果有誰不願意象野蠻人那樣把自然界的各種現象看作是支離破碎的，那他就不再能相信人類是一個單獨的創造行為的成果〃。也就是說，達爾文否認了神的創造材為。由於他說人類起源於猴子，損害了人類的尊嚴、道德和宗教，他受到了不公正的譴責。本傑明·迪斯累裡曾在嚴宣告：如果要在猿和天使之間作選擇，他將站在天使這一邊。
儘管達爾文主義受到宗教界和其他集團的敵視，它還是對西方社會有著深遠的影響。根本原因在於它對最適者生存和生存鬥爭的強調極妙地與時代傾向相適應。例如，政治上，這是俾斯麥以血和鐵統一德國的時期。他在各國的民族主義讚美者認為達爾文主義給了他們支援和正當理由。他們認為在政治活動中和在自然界一樣，最強有力者是得勝者，好戰的品質決定誰將在國際〃生存鬥