牙人首次來訪時，它們還是默默無聞的小漁村，到這一世紀末，卻已加入亞洲最繁榮的港口之列。
葡萄牙人將傳教事業和貿易活動結合起來。方濟各·沙勿略和耶穌會其他神父於1549年抵達日本，經許可到民眾中間傳道說教。他們取得了罕見的成功，原因顯然在於，他們的福音傳教士的改宗方法滿足了當地內戰時期遭蹂躪的農民的感情上的需要。織田信長允許這一新的宗教信仰興旺，歡迎它與獨立的佛教團體相抗衡，因為後者正在給他增添麻煩。到1582年豐臣秀吉繼承織田時，皈依天主教者已達15萬，大半在日本西部。
豐臣對這新貿易和新宗教頗為擔憂。例如，葡萄牙人當時正在要求管理長崎市的權力，並威脅道，如果他們遭到拒絕，便予罷市。同樣，外國傳教土的富有戰鬥性的活動在這位新上任的幕府將軍看來，似在顛覆傳統的日本社會。1587年豐臣下令所有傳教士都須離境，但這個命令沒有嚴格執行，因為擔心這樣會影響有利可圖的貿易。
到1603年德川幕府建立時，荷蘭商人，還有少數英國商人，與葡萄牙人並肩活躍於日本。這些歐洲人之間的劇烈競爭使日本人獲得了新的行動自由。他們此時能對傳教士來