類未來將遇到的黑暗命運。於是這些靈能者決定做出一個可以改變未來的決定。
在地球上所有薩滿集體服毒自盡後的第二年，一個男嬰降生了。他具有著非凡的體質和永生不死的生命，以及有史以來最強大的靈能力。據說在之後的四萬年中，他一直默默地遊走在人類社會的角落。幫助這個種族度過一次又一次的危機。
而在人類的紀元踏入第三十萬年後，第二次黃金時代開始了。帝皇在很短時間裡建立了軍隊，橫掃了地球上的軍隊。然後地球的君主開始重新向外擴張，第二次將銀河納入囊中。他以自己的基因為模板。製造了二十個半神般的子嗣，又以這二十個子嗣的基因作為種子。建立了超人般的星際戰士軍團。亞空間的邪神將這些基因原體竊走，散落在銀河各處，但是在這場大遠征中，帝皇又重新一一找回了他們。
帝皇和他的二十個兒子一起橫掃銀河，將以往的失地重新收回囊中。他感化了火星上的技術崇拜者機械神教，因為他的睿智和博學，他們將其視為萬機之神行走在人間的化身並奉他為主。在隱秘而不能確信的歷史和神話記載中，他甚至在中世紀擊敗了入侵地球的古老星神虛空龍，並將其封印在火星深處的迷宮中。
而他的不世功業，卻因為一場可恥的叛亂被中止了。
二十個星際戰士基因原體中最強大的人，帝國戰帥荷魯斯被混沌諸神引誘而墮落，他帶著一半的星際戰士軍團叛變，重創了數個被引入陷阱的兄弟軍團，並揮師地球。在殘酷的血戰後，帝皇和忠實的聖吉列斯（聖血天使軍團基因原體）登上了荷魯斯的座艦。
而最後的戰果是，聖吉列斯被混沌諸神詛咒而戰死，墮落的帝國戰帥荷魯斯被帝皇的靈能燒成灰燼，但帝皇的身軀也遭受重創。在這之前，他專心致力於連結靈族的亞空間通道，使得人類可以自由穿行於宇宙。但是此刻他已然垂死，現有的科技已經無法使他痊癒，只能將他放進時間靜滯力場中，在凝固的時間中，他的傷勢不會惡化。而放置他聖軀的黃金王座，則是亞空間通道的中樞所在。
帝皇不朽的精神超過了時間的封印。即使他的肉身依然垂死，但是他靈能的光輝依然透過星炬指引著銀河中的導航者，為他們指出穿行亞空間的方向。他的精神依然透過託夢、占卜等方式指引著人類的前進。
在大遠征末期，帝國中便悄然興起了以帝皇為崇拜物件的宗教。在他進入黃金王座後一千年，對帝皇的崇拜成為了唯一將人類統合起來的方法。人類背離了他的教誨，不再以清晰的邏輯和先進的科學指引自己，而是投入了宗教的懷抱。於是國教誕生了，帝皇救世聖殿派成為了唯一官方認可的宗教。（雖然被容許的不同教義解釋有許多種，相當實用主義）
帝國現在的統治者是位於地球的上卿議會（或譯至高領主會議）。這是掌管千億世界的最高權力組織，他們代行著帝皇的意志。引領人類帝國的存續。審判庭、星界軍、星際戰士……數不清的無名戰士為了人類的存續而奮鬥。犧牲鑄就了帝國的基石，每一次災禍中。這個頑強的種族都挺了過來。但是誰都不知道，在下一次席捲銀河的戰爭中，人類是否能繼續存活。
直到人類紀元第四十一個千年的最後，一扇連結異次元宇宙的大門開啟。
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“一種靈能隔斷疫苗。”坐在運輸機上的時候，普羅加斯特審判官這樣解釋道，“蟲巢意志透過‘節點生物’得以展現，而我是第四代返祖型混血基因竊取者。你應該知道泰倫蟲族怎樣殖民吧？”
“略有耳聞。”蘇荊撇撇嘴，對面的六個人時不時地盯著他看，讓他有些不太自在。
泰倫蟲族在亞空間也有靈魂上的投影。它們在亞空間表現為某種龐大的陰影。這個族群智慧的雲端計算集合被稱為“蟲巢意志”（只是其中一種比較容易接受的理論，蟲巢意志的正體依然不明），即使是混沌中的邪神也不願意招惹這個冰冷無情的對手。由於其在亞空間中表現出的異常形態，所以蟲巢意志也被稱作“大吞噬者”或是“扭曲陰影”。
蟲巢艦隊尋找可吞噬的世界是這樣一個流程：它們向宇宙中散佈無數孢子，它們的先鋒斥候部隊“基因竊取者”。這種基因竊取者隨機流落到不同的世界上，然後悄無聲息地汙染當地生物種群。根據研究表明，一個基因竊取者只需要用眼神的接觸就可以瞬間催眠一個心智堅強的人類，這不是普通的催眠術，而是完全扭曲、粉碎你的價值觀和人生觀。令你徹底死心塌地地為蟲巢服務。一個基因竊取者天生便可以融入任何環境，並且在人類社