擊碎窗戶，灑得滿屋子都是。雖然沒有造成人員傷亡，但是威爾遜注意到護士們“都無一例外地劇烈顫抖著”，並且她們都想知道是否有必要把手術繼續下去。“很顯然是什麼都做不了了，”威爾遜寫道，“但是我想任何眼睛都不會那麼快就能取出來。”
到12月13日黃昏時分，日本人已經完全控制了這座古都。威爾遜看到全城到處都飄著日本旗；第二天，日軍開始接管城裡的醫院。他們闖入中國軍隊的主要醫院——位於外交部內，並由安全區國際委員會成員管理，這些人自己組織了國際紅十字會南京分會——將幾百名中國士兵困在其中。日本人禁止醫生們進入醫院或者給傷兵們送食物，這些傷兵後來都被押出去有計劃地槍殺了。日本人以此種方式控制了4所紅十字會醫院中的3所，國際委員會把全部精力集中投入到金陵大學醫院。
在南京被佔領的最初幾天裡，威爾遜親眼目睹了日本士兵燒殺搶掠的行徑。他眼看著日軍洗劫了金陵大學醫院，為不能阻止這些強盜行為而倍感失望，只能在心裡暗暗地瞄準一個試圖偷一名護士的相機的日本兵“飛起一腳”。他還看見一些士兵在街上燒一堆樂器，因此極想知道他們對財物的�