多種途徑傳播到歐洲、南美洲、非洲和東南亞，並在某個國家或地區留下該地區特有的菌種“血統”，而這種“血統”可以透過各菌種特有的單核苷酸多型性進行追蹤。
透過這種方法發現，目前全美存在的626個菌株來自同一原始菌種，馬達加斯加存在的82個菌株則來自另一菌種。研究人員製作了一幅譜系樹圖，標出從一個原始菌株開始隨著時間推移發生的變異。圖中顯示，約728年前有一個菌種分支大量變異，與黑死病爆發時間相近。
黑死病是由鼠疫耶氏菌引起，主要是從寄生在老鼠身上的跳蚤傳播到人體，患者的面板會因皮下出血而變黑。14世紀的黑死病爆發是人類歷史上最嚴重的瘟疫之一，它改變了歐洲的社會結構，動搖了當時支配歐洲的羅馬天主教教會的地位。
此外，鼠疫耶氏菌還引起了另外兩次大規模瘟疫。一次是爆發於6世紀拜占庭帝國君主查士丁尼統治時期，持續了4個月，奪走君士坦丁堡近半人口的生命。還有一次爆發於19世紀後期的中國，當時瘟疫沿著從香港駛出的航線傳播，於1900年蔓延至美國舊金山。研究人員還表示，導致1409年非洲地區黑死病蔓延的菌株分佈地區，與鄭和下西洋的路線吻合，推斷該菌株是由混入船隊中的老鼠傳入的。
據報道，研究團隊中的病理學家表示，雖然瘟疫來自中國，不過這與當時的中國人口並無關聯，而是源自在中國土地上跑來跑去的老鼠等小動物。因為黑死病病菌對人類“沒興趣”，它們通常會尋找老鼠或土撥鼠等進行感染，讓人類感染並死去屬於“意外”。
據北京大學國際關係學院博士生孫力舟介紹，黑海之濱的克里米亞半島上，曾有一個叫加法的被義大利商人控制的城市，它附近則是蒙古人建立的金帳汗國。而14世紀的黑死病源頭，就是金帳汗國和加法之間的一場戰爭。金帳汗**隊攻城不下，便將瘟疫患者的屍體用投石車丟入加法，將病菌帶入城中，之後加法的船隻又將病菌傳到西方。金帳汗國是蒙古帝國的四大汗國之一，與元朝中央政府是附屬關係，其領導人雖與元朝統治者有親屬關係，但金帳汗國並不屬於中國，與中國本土也存在很大的文化差異。
此外，孫力舟還介紹，很多疾病的源頭傳說都在中國，其實不然，確切的說法應該是：中國儲存了許多疾病出現的首次記錄，因為中國有記述歷史的傳統，並儲存了大量相關文獻，現在許多國家的歷史還需從中國人的記錄中尋找線索。
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