凌晨，蘇哈托的部隊佔領了哈利姆，政變完全失敗。
10月5日，蘇哈托為被害的陸軍將領舉行葬禮。葬禮在莊嚴肅穆的氣氛中進行。靈樞用裝甲車運到加里巴達英雄公墓。參加葬禮的多是軍人，也有不少圍觀的群眾。蘇加諾總統沒有參加葬禮。
雖然政變已經平息，但蘇哈托與蘇加諾之間的權力鬥爭並沒有結束。顯然，透過這次政變，蘇哈托將軍實權在握，蘇加諾總統大權旁落。但蘇加諾總統盡力挽回，力圖重振雄威。
蘇加諾在茂物行宮召集了兩次“兩項人民命令”內閣的會議，他邀請了著名的共產黨部長，如魯克曼和約多。10月6日，在談笑聲中舉行了第一次會議。蘇加諾宣佈，“九·三0運動”應被看作是印尼革命的一部分。“革命委員會將自行解散。11月6日，在茂物舉行了第二次內閣會議。蘇加諾在蘇哈托實權在握的情況下，不得不任命蘇哈托為部長、陸軍總司令，結束了普拉諾託的插曲。但兩人的關係疏遠了。這在兩個人的臉上反映出來，當時獨立宮的氣氛是冷冰冰的。在這次會議上，總統仍然認為印尼共產黨是印尼革命的主要支柱之一，他力圖撤銷凍結共產黨在各地區活動的命令。這一命令是軍事行動最高指揮部蘇吉普託少將於10月4日頒佈的，蘇加諾與蘇吉普託之間發生了激烈的爭論。蘇吉普託是蘇哈托的堅強支持者。當蘇加諾縮小殺害將領事件，而蘇吉普託卻要求對共產黨人採取強烈行動時，蘇加諾毫不讓步地說：”你懂啥！這是高階政治。“蘇吉普託反唇相譏：”總統大人，你靠邊站吧！“
1。4 巨鯨與鯊魚的殊死較量
蘇哈托用武力鎮壓了共產黨和左翼勢力的政變，實權在握，在全國實行白色恐怖，大肆屠殺共產黨人，蘇加諾總統因包庇和支援政變而大權旁落。為了對付政變失敗後的局勢，重新掌握政權，蘇加諾命令組織蘇加諾陣線。
1966年1月15日，蘇加諾總統在茂物發表演說，第一次提出成立蘇加諾陣線。第二天，第一副總理蘇班德里約號召組織一個應包括城市和農村，農民、青年和婦女的蘇加諾陣線，“以反恐怖對付恐怖”。他透過印度尼西亞共和國電臺向全國呼籲，強調成立一個更加忠於領袖的團體、以增強現有組織的忠誠。蘇班德里約主張把納蘇蒂安、蘇哈托和沙爾沃·艾狄提交特別軍事法庭，“因為他們要對殺害25萬共產黨人負責。”
既然蘇加諾總統和第一副總理蘇班德里約已宣佈成立蘇加諾陣線，蘇哈托明知這是衝著他來的，然而他不能公開加以反對。於是蘇哈托指示手下的人建立“建國五原則陣線”，並說蘇加諾陣線是建國五原則陣線的一部分。這樣就把蘇加諾陣線納入了建國五原則陣線。任何想要表示同“偉大的革命領袖”團結一致的個人和團體，都必須向軍事當局登記。任何人都不得比其他人更忠於蘇加諾。蘇加諾陣線被如此緊緊地包圍，以致毫無生存的氣息，最後各地區司令官終於宣佈沒有必要成立蘇加諾陣線，並加以禁止。
蘇加諾企圖以蘇加諾陣線來組成另一個有群眾基礎的組織的努力失敗了。蘇加諾在這一回閤中輸給了掌握側攻這一卓越鬥爭藝術的對手，但這還不是鬥爭的最後一個回合。蘇加諾在建立群眾基礎失敗後，集中全力搞上層組織。從1966年1月到3月這段時間，蘇加諾總統不斷努力加強他在最高指揮機構，特別是在內閣和軍事行動最高指揮部的權力。
1966年2月21日，蘇加諾總統宣佈組成“改組後的兩項人民命令內閣”。當時，以蘇哈托為首的陸軍勢力和擁護蘇加諾的左翼勢力都很強大，雙方勢均力敵。蘇加諾不能不確認蘇哈托將軍行使部長、陸軍參謀長的職權，但他“體面地免除”了一些著名的高階將領、堅定的反共人士如部長、武裝部隊參謀長納蘇蒂安將軍和部長、海軍司令馬塔迪納將軍的職務。然而，這一行動更刺激了蘇哈托勢力採取更為激烈的對抗行動。
2月24日，蘇加諾在國家官主持新部長的宣誓就職時，蘇哈托指派青年學生示威進行抗議，蘇加諾不得不宣佈在國家宮門前實行戒嚴。2月26日，蘇加諾正式下令取締受蘇哈托支援的學生組織“卡米”，同時暫時關閉了印度尼西亞大學，在雅加達實行戒嚴，並派出好幾營突擊部隊和裝甲車，異乎尋常地顯示了軍事力量。蘇加諾命令他的扎克拉比拉哇警衛營鎮壓受蘇哈托支援的青年學生和襲擊其總指揮部。這個行動遭到了蘇哈托將軍的還擊，他命令陸軍戰略司令部的軍隊保護印度尼西亞大學不受襲擊。
卡米被取締後，2月27日，蘇哈托又組織了中學生行動陣線