在此期間。阿諾德做得最多的是理論方面的研究，為完善美軍航空兵的戰術理論體系做出了極為巨大的貢獻。當美國參戰後，阿諾德首先出任了主管航空兵事務地陸軍副參謀長，隨後出任陸軍航空兵司令，到此時，阿諾德已經是陸軍僅有的兩名五星上將之一（當時艾森豪威爾等人還不是五星上將，而美國的五星上將與帝國的大將，以及元帥相當）。
在成立空軍的問題上，阿諾德是堅定的支持者，也正因為如此。後來他被稱為現代美國空軍的奠基人。可問題是。當時幾乎其他所有人都反對，或者不贊成在戰爭期間成立空軍，反對的理由在唐帝國軍隊內部也存在。另外。與唐帝國陸航相比，美國陸軍航空兵在戰爭中的表現差了很多，最值得“炫耀”的，僅是從25年到27年協助英國皇家空軍對德國，以及歐洲大陸地德佔區進行地大規模戰略轟炸，以及在太平洋戰場上幾次規模有限的轟炸行動。也就是說，美國陸航的表現，實際上也成為了當時反對者的一個重要理由。
很明顯，在此情況下，就算沒有人反對。如果陸航沒有更好的表現，那麼成立空軍的事情也將遙遙無期。隨著戰爭的發展，局勢對美國越來越不利了，留給阿諾德表現的機會也沒有多少了。特別是在27年，美軍在所有戰場上都處於防禦態勢，而且戰線迅速向美國本土逼近，曾經在歐洲戰場上威極一時的美國陸軍航空兵甚至沒有了多少用武之地。在此期間，阿諾德並沒有閒下來，除了爭取更多的經費購買更多的轟炸機。培訓更多的飛行員之外，他還將陸航司令部的參謀都組織了起來，針對各種有可能出現地情況，有可能爆發的戰役提前制訂好了上百套作戰計劃。也正是如此，當時阿諾德才能夠那麼快的拿出一套經過了修改的框架性作戰計劃。
新奧爾良遭到轟炸，在別人看來，這是一次慘痛的教訓，可是在阿諾德看來，除了教訓之外，這也是一個讓更多的人重視戰略轟炸，重視空中打擊，重視航空兵的事情。美國總統的報復心理給阿諾德提供了很大的幫助。在知道總統堅決要求發動報復行動之後，阿諾德認識到，他等待已久的機會已經到來了。結果，在向總統當面陳訴他的報復方式的時候，阿諾德有意的避開了一些重大問題，最終讓總統採納了他的建議。
也就是說，阿諾德並不是不知道，他的建議中存在著太多的漏洞，存在著太多的不確定性，而且最重要的是，當時他沒有能力立即進行反擊，也就不可能滿足總統的要求。也許，別人會因此而放棄，可阿諾德沒有放棄這個機會。另外，阿諾德也沒有迴避問題，陸航要做好全面出擊的準備工作，至少需要兩到三個月的時間，而且還需要其他部隊的配合，甚至需要調動大批的人力與物力。而在此之前，陸航是不可能在戰場上有突出表現的。當時，阿諾德就有了清晰的想法，既然其他的部隊也不可能完成總統部署的任務，那麼他就要利用這一點，即用總統的命令去調動其他的部隊，在陸航無法全面投入之前，先用別的部隊來頂替陸航，為陸航爭取到準備的時間。
只要清楚陸航不可能立即發動大規模報復行動的人都可以看出，阿諾德在提出建議的時候，就已經把其他的部隊給框了進去。相對而言，陸軍的面部隊，以及戰術航空兵受到的影響還不是很大，畢竟不管是地面部隊，還是戰術航空兵，都無法對敵人後方的重要目標構成威脅。真正受到威脅的是海軍，準確地說，是海軍唯一的遠端打擊力量——大西洋艦隊。這一層厲害關係並不複雜，可惜的是，當時金上將沒有意識到，反而認為艦隊不會有什麼麻煩，也就沒有當即提出反對意見。結果，當金上將發現這個問題的時候，總統已經下達了命令，阿諾德也找上了門來。此時要再去找總統提出反對意見的話，那麼金上將就要做好離開美國海軍部部長這個位置的準備工作，而且總統也幾乎不可能採納他的反對意見。更重要的是，阿諾德可以將無法發動報復行動的責任推卸到海軍的身上，到時候，不管是金上將，還是斯普魯恩斯都將更為被動。
阿諾德來拜訪金上將的目的只有一個，猜都能夠猜到。在無法直接拒絕的情況下，金上將只能設法將問題暫時擱置了起來。可是，阿諾德拿著總統的“御令”。金上將也不可能就這麼一直拖下去。二十日。阿諾德又找上了門來，還是為同一件事，這次。他還拿到了總統親批的命令，也就是說，金上將必須要採取實質性的行動，不然，阿諾德就將糾纏到底，如果這事鬧到了總統那裡去，對海軍是沒有任何好處的。無奈之下，當天下午，金上將給斯普魯恩斯發去了電報，同時派遣一架飛機將阿諾德的作戰計劃。以及附帶的一些重