十月十八日，大虞偽皇帝胡漢蒼剛剛從前線召回了和西路明軍鏖戰的主力，大明徵夷將軍朱能就率領北路、東路明軍和陳氏義軍同時進圍升龍城。
朱能給胡偽皇帝胡漢蒼立即下達了最後通牒，限令三日內開城投降。
十月二十一日，朱能不待西路明軍抵達升龍城，就繼續採取被沈莊鄙視的簡單粗暴戰術，先是大炮轟，大炮轟完步兵攻，最後是騎兵追剿殘敵。
僅僅一天的功夫，明軍就毫無懸念地攻破了升龍城，俘獲了胡偽皇帝胡漢蒼。
胡氏父子這下算是到齊了，三人剛好可以在明軍的俘虜營裡打會兒鬥地主，也可以學習一下三缺一麻將。
升龍城之戰後，各路明軍前後斬俘胡偽軍超過十六萬人，基本消滅胡偽軍隊主力。
至此，明軍基本取得南征之役的勝利。
明軍的損失同樣也不小，劉俊和沐晟率領的西路軍在多邦城遭到胡偽軍隊的重點圍攻，損失六千多人，隨沐春征戰的烏撒衛快被打光了。韓觀和劉顯率領的北路軍損失相對較小，也損失了三千多人。
遼東的北海艦隊遭受了自組建以來前所未有的損失，共有十一艘軍艦和五艘運送軍糧的貨船翻沉，一艘嚴重受損，其他各艦也是個個帶傷，近兩千海軍官兵和水手葬身水底。
陸軍作戰傷亡不到五十人，但是因為水土不服，生病近千人，其中竟然有兩百多人中了瘴氣，打起了擺子，也就是後世所稱的瘧疾。
最要命的是，朱能在下令總攻升龍城之前已經有了中招的症狀，渾身發冷，打擺子。
他認真回憶了一下，可能是那天晚上陪沈老闆喝完酒後，沒掛好蚊帳，也可能是後面受颱風影響，蚊帳被刮飛了，給蚊子以可乘之機，把虐原蟲給種了進來。
但是，為了不影響軍心士氣，他仍然強提一口氣，咬緊牙關，指揮明軍硬是吞下了升龍城，取得了南征之役的完美收官。
陳顯、陳季父子本是冒充陳氏宗室的賭徒，裝模作樣地恢復了陳氏社稷，鬼哭狼嚎地祭祀了一番，然後不動聲色地開始招降納叛，居然又擴充了三萬軍隊，成為此次戰爭的最大的受益者。
戰役結束後，劉俊和沐晟終於帶領西路軍連滾帶爬地來到了升龍城。
“劉侍郎，沐將軍，升龍城我已經給打下來了。遼東軍實在不適應這時的氣候，就先行班師了。”朱能見其他各路明軍陸陸續續到齊，就急著要帶遼東軍班師。
劉俊勸道：“朱將軍，現在只是大局初定，朱將軍和遼東軍還是再留些日子吧。”
朱能說道：“安南境內剩下只是些散兵遊勇，不足為懼。你們須注意消滅蚊子、預防瘴氣，及時收繳火銃，防範陳氏父子。”
劉俊道：“我看陳氏父子對進攻胡偽政權十分上心，對我朝也是頗為恭敬啊。”
朱能說道：“陳氏父子暗地招兵買馬，恐怕有異心。”
劉俊問道：“那現在該如何是好？”
朱能說道：“你先進一步觀察觀察，善後之事聽朝廷的。我給你還留了一營遼東步兵和部分海軍艦隻，配合你們震懾安南。”
當天，朱能就帶領遼東軍主力急匆匆地班師，只給安遠侯柳升留下一營勉強完好的步兵和三艘戰艦，配合劉侍郎和劉參政善後。但是被留下來的“廣寧號”破損嚴重，還不能出遠門，幾乎失去作戰能力。
北返途中，朱能病情日益惡化，開始發起了高燒。
隨艦的李濟等軍醫輪流嘗試用雞素子、艾葉水等古方對朱能進行診治，毫無效果。
“遼王爺，我的好兄弟，真是對不住了……”
朱能心情越來越差，清醒的時候也學當年收錢在伊犁的故事，給遼王寫了份遺囑，表達了後悔和歉意。
不過寫好之後，他又覺得這些後悔和道歉很多餘，很可笑，最後將之撕碎，扔到了海里。
十一月十二日，朱能一行抵達東海艦隊駐地澎湖媽宮港進行休整，順便請浙江水師對船隻進行應急維修，主要是修補破損的船帆。
朱能聽說到了澎湖，強提精神讓千戶馬歡扶著他登上了媽宮島，閒聊了一陣。
“馬千戶，你覺得此次南征是否算是勝利？”
“那是當然，遼東軍所向披靡，前後斬俘十六萬多人。如果不是這該死的颱風和瘴氣，我遼東軍一人一船也不會折損，那些俘虜都拉回遼東各地開礦、種田去。將軍放心，回去等著恢復侯爵就是了，說不定皇上一高興，要晉封你為國公哩！”