之後，中國海軍在編制上出現了很大的變化！
首先是三大洋的主力艦隊被分做了一些規模較小，但是戰鬥力並不差的艦隊。其中，太平洋艦隊以第1X為開頭，大西洋艦隊以2X為開頭，而印度洋艦隊以3X為開頭。相應的，原太平洋艦隊被編為了第1海軍司令部，而大西洋艦隊則編位了第2海軍司令部，印度洋艦隊則為第3海軍司令部。
完成了改編之後，太平洋艦隊的主力艦隊為第11艦隊，而第16艦隊則為主力登陸艦隊。其中，第11艦隊負責中太平洋的作戰行動，第12艦隊負責東南亞地區的防禦，第13艦隊負責日本地區的防禦，第14艦隊駐守本土，而第15艦隊則為訓練艦隊。另外，第16艦隊部署於關島，第17艦隊部署在菲律賓，第18艦隊部署在北海道，第19艦隊則留在了本土，作為預備隊。相應的，大西洋與印度洋方面也做過了類似的調整，而這將在以後再做介紹。
這次，擔任進攻中途島任務的就是第11艦隊與第16艦隊，另外第13艦隊與第18艦隊作為預備隊調往了關島。在戰役打響之前，第11艦隊已經擁有航母8艘，戰列艦8艘，另外還有各類大型戰艦45艘，由第1A補給艦隊為其提供彈藥