同日，中國戰區司令部在從新審定了情況之後，決定主動撤離新加坡與馬來半島南部地區。情況很明顯，日本已經在蘇門答臘島等地區集結了至少15萬兵力，能夠在1周時間之內將這些兵力送上馬來半島。同時，日本在控制了馬六甲港之後，已經能夠迅速的為進攻部隊提供援助。此時，中國在半島上的兵力不到5萬，大部分部隊還在克拉運河附近構築防禦陣地，就算加上馬來西亞以及新加坡的兵力，也因為缺乏重型裝備，空中支援力量不足等原因，無法阻擋日本的進攻。所以，在日本還沒有完全切斷半島南部的交通線路之前，主動撤出半島南部，在半島北部構築新的防禦陣地，這不但能夠減少作戰壓力，同時也能夠儲存寶貴的有生力量！
確定了這一計劃之後，中國軍隊開始了這次戰略撤退行動，暫定的防禦陣地在哥打巴魯到檳城一線。如果這道防線仍然無法阻擋日本進攻的話，將退至宋卡到加央一線。雖然中國軍隊開始撤退了，但是大部分的馬來西亞軍隊與新加坡軍隊都留了下來，一部分軍隊主動組成了游擊隊，而另外一部分軍隊則留下來阻擊日本進攻部隊，為新防線的構築爭取時間！
12月10日，日本開始進攻吉隆坡。為了迅速攻佔吉隆坡，瓦解馬來西亞的抵抗，日本至少集中了2個師團，55000人的兵力。同時，日本參加攻佔馬來半島的第4個師團，已經於當天到達馬六甲港。同時，運輸船隻還送來了新一批戰爭物資！
吉隆坡的戰鬥持續了2天，防守該城的8000多名馬來西亞的軍隊在送走了最後一批政府人員之後，也撤離了這座已經無法防守的城市，加入了活動在山區與叢林中的游擊隊。而12日，到達了哥打巴魯的馬來西亞總統組織了新政府。
到12月17日，中國已經初步完成了哥打巴魯到檳城的第一道防線。同時，日本先頭部隊也按照計劃到達了這裡，並且發動了進攻行動。
因為準備並不是很充分，參加防禦的中國與馬來西亞部隊只有1萬多人，而日本進攻兵力很快就增加到了2個師團，大概50000人。在艱苦的阻擊了日本進攻部隊兩天之後，第一道防線失守！
隨即，中國軍隊在加央到宋卡的第二道防線上展開了防禦作戰。因為這道防線的正面寬度不到50公里，防禦方的兵力密度大大增加。雖然防禦陣地的修建工作還沒有完成，但是仍然有效的阻擋了日本方面的進攻步伐。
同日，中國調遣到馬來半島上的主力部隊透過了克拉運河。但是，這支部隊並沒有立即南下，而是協助工程兵開始加固克拉運河南面55公里處防禦陣地，並且以加坡為核心，構建完善的防禦工事。
此時，可以很明顯的看出來，中國在馬來半島上的作戰行動基本上是失敗了。但是，在南部戰場上，馬來西亞與新加坡那些轉變為游擊隊的正規部隊有力的打擊了日本進攻部隊的後勤補給線，並且組織起了非常有效的遊擊行動。而在正面戰場上，因為防禦部隊損失慘重，而且所依託的防禦陣地並不堅固，火力支援也不夠強大，中國與泰國軍隊是邊打邊退，一方面消耗著日本進攻力量，另外一方面也儲存了自己的有生力量。當然，最主要的還是拖住了日本進攻的步伐，為後方的防禦工作做出了巨大的貢獻！
到2046年1月中旬，日本基本上已經攻克了馬來半島上的所有重要城市，並且將戰線推進到了洛坤一線。而到這個時候，日本進攻力量也消耗得差不多了，而中國也在克拉運河南面100公里處構築了完善的防禦陣地。
1月17日，日本發動了最後一次北上進攻行動，一度將戰線推進到了距離萬倫20公里的地方。但是，因為缺乏足夠的後備部隊，也缺乏足夠的重型裝備，加上後勤保障線加長，後方游擊隊的襲擊一直不斷，日本的這次進攻根本就沒有收到多大的效果。最終，戰線在距離萬倫55公里的地方穩定了下來，中日雙方的馬來半島戰役結束了！
花了2個多月的時間，日本雖然控制了馬來半島85％以上的地區，但是，這並沒有達到日本的戰略目的，因為克拉運河仍然在中國的掌握之中！當然，這場戰役其實並沒有結束，因為在隨後的時間中，中日雙方的炮兵以及空軍一直圍繞著克拉運河戰鬥著。日本是要封鎖這條被稱為“生命運河”的，中國唯一通往印度洋的重要運河。而中國自然是要保護這條運河，不能失去通往印度洋的唯一通道！
當然，因為馬來半島的失守，日本已經完全控制了通往印度洋的主要航道，同時穩固了在東南亞群島上的統治，並且威脅到了整個中南半島。從這點上來講，