為了菲律賓抵抗力量最強大的地方，神出鬼沒的菲律賓游擊隊成為了日本侵略者的招魂者！
到5月10日左右，日本在完成了佔領菲律賓的行動之後，開始調遣國內的軍警部隊前來接替佔領軍的任務，同時，大量的日本工程人員進入了菲律賓，開始修繕遭到破壞的生產設施。而這才是日本進攻菲律賓最主要的目的！
到5月25日，日本已經恢復了菲律賓80％的產油能力，另外在鐵礦開採，橡膠種植方面，也逐漸恢復到了戰前的水平。當然，日本此時已經將主力部隊抽調了出來，用國內調遣而來的15萬名軍警承擔起了維護地方秩序的任務。反正，對已經擁有4。5億人口的日本來講，他們並不缺乏人力，而是缺乏資源！
6月初，菲律賓的抵抗力量逐漸壯大了起來，特別是在中國決定向菲律賓派遣更多的特種部隊，協助菲律賓抗日遊擊隊作戰之後，日本認識到了這一問題的嚴重性，立即決定暫緩進攻印度尼西亞的行動，調遣了5萬多兵力開始在菲律賓境內進行鎮壓活動！
菲律賓雖然很快戰敗了，但是菲律賓的人民並沒有停止抵抗。在二戰時期，菲律賓就遭到了日本侵略者的血腥打擊。而隨後，美國控制了菲律賓，直到美國撤出西太平洋地區之後，菲律賓人才獲得了自由，因為相對來講，中國對菲律賓的控制並不是很強，在很多方面，菲律賓保持了自己的獨立自主性，並沒有受到中國的奴役。所以，對任何一名菲律賓人來講，自由都有著非常的意義！現在，日本侵略者再度來到了菲律賓，那麼有志的菲律賓人民，在趕走侵略者之前，絕對不會放下手中戰鬥的武器！
菲律賓抵抗組織的功勞是非常巨大的，根據戰後統計，菲律賓抵抗組織至少牽制了15萬日本兵力，另外至少有25000餘名日本官兵被打死打傷，同時，菲律賓游擊隊破壞了大量的生產設施，讓日本從菲律賓掠奪的資源降低了4成，嚴重打擊了日本的戰爭潛力！當然，菲律賓游擊隊的損失也是非常巨大的，在數年的抗戰中，至少有5萬餘名菲律賓游擊隊員在戰鬥中犧牲，另外還有20多萬菲律賓平民因為與游擊隊有關係，被日本侵略者秘密殘酷殺害了。但是，日本人的血腥鎮壓根本就撲不滅菲律賓人的抵抗意志，也根本就戰勝不了頑強的菲律賓人！
當然，中國也一直比較重視菲律賓的敵後戰場，因為這是現在中國唯一能夠想辦法牽制住日本進攻步伐的地方，只有擴大菲律賓的敵後戰場，才能夠讓日本陸軍無法從這裡抽身出去，掩護在其他方向上的行動。所以，中國一直在向菲律賓游擊隊提供幫助，甚至派遣了大量的特種兵到菲律賓作戰，幫助菲律賓游擊隊對付侵略者，同時也將更實用的游擊戰術傳授給菲律賓游擊隊，讓他們更有效的抵抗日本的掃蕩！在整個菲律賓抗日戰爭期間，中國一共派遣了2500餘名特種兵赴菲作戰，其中戰死1200人，傷800餘人。戰後，這些為菲律賓的獨立與民主作戰的中國士兵都得到了應有的獎賞與榮譽。所有為菲律賓作戰犧牲的中國官兵都被授予了菲律賓國際英雄稱號，同時其家屬拿到了菲律賓政府提供的撫卹金。而所有參加過菲律賓抗日戰爭的中國軍人都成了菲律賓人民心目中的英雄與偶像！
雖然菲律賓游擊隊一直在抵抗著日本侵略者，但是菲律賓的國力太弱小了，而且此時中國無法分兵協助菲律賓戰鬥，所以，並沒有對日本的下一步南下行動構成多大的威脅。日本在向菲律賓增派了數萬鎮壓部隊之後，立即開始其下一步的戰略進攻行動了！
7月1日，日本攻佔了巴拉望島，中國在這座島嶼上的2萬多名軍人被迫撤離。雖然，這座島嶼從南海戰爭之後，就一直被中國佔領，但是在政治上，還是屬於菲律賓管轄的。而此時，中國也只有撤離巴拉望島。連同從菲律賓撤出來的1萬多名軍人，中國軍隊在3天之內完成了撤離工作，並沒有遭受到很大的損失！
在控制了巴拉望島之後，日本於7月10日登陸加里曼丹島，正式向馬來西亞與印度尼西亞進攻了。
到7月底，出了西加里曼丹華人自治共和國還沒有被日本軍隊佔領之外，整個加里曼丹島都落入了日本的控制之中。雖然日本想盡快控制整個加里曼丹島，但是此時日本軍部內部產生了分歧，為到底是先攻佔華人共和國，還是先向南進攻的問題產生了激烈的爭執！
最後，日本決定先向南攻佔蘇拉威島以及伊裡安島，然後攻佔爪哇島與蘇門答臘島，其實也就是避開了西加里曼丹華人共和國。日本軍部做出這一決定本身並沒有多大的問題，因為西加里曼丹華人共和國是中國