總參？
後勤？
非魚與熊掌不可兼得。
區別是朱由校認為總參重要程度高於後勤，楊肇基，朱童蒙兩名領兵征戰的將領則恰恰相反，認為後勤重要程度高於總參。
此番君臣意見相左，非朱由校獨霸軍權或輕視後勤，實乃建立大戶部，設轉運使，轉運使雖非專門管理後勤，卻附帶有管理後勤的功能。
孰料，朱童蒙，楊肇基建議將後勤單獨拎出來。
這時，孫承宗捕捉到皇帝的眼神，直言道：“陛下，兵馬未動，糧草先行，此乃古今兵家金科玉律。
而戰場形勢千變萬化，戰機稍縱即逝，軍令講求從嚴從速從快，臣建議強化兵部軍事權力，重視後勤部，讓前線將士沒有後顧之憂。”
頃刻，梅之煥，李邦華，王家楨，吳牲，朱大典亦出言支援。
百官諫言，李國普出聲說：“陛下，自遼東之戰以來，數場戰役證明邊軍問題在於軍餉，糧草，在於前線將領指揮。臣認為軍事改革重點依然是軍事領導體系和後勤體系。”
劉鴻訓微微頷首，進言說：“陛下，首輔言之有理，朝廷不缺制定戰略的文臣武將，難的是前線將領作戰和後勤補給。”
朱由校思索良久，調兵權歸兵部，統兵權歸樞密院，組建大後勤部，這與他的計劃稍有出入，更側重於後勤。
明末，軍事後勤管理確實混亂，缺乏統一歸屬，導致內耗嚴重，李自成起義，連同明年遼東軍譁變，全因後勤引起。
此時，乾清宮的文武百官都領兵過兵，打過仗，比他更清楚前線軍隊弊端。
朱由校主打善於納諫，當機立斷決出決定：“即日起，兵部調兵，樞密院統兵，後勤部負責部署後勤，組織後方動員，實施後勤支援，負責軍費申請，分配和預算，及物資採購保障。
下設物資局，運輸局，軍需局，衛生局。物資局負責供應保障和軍隊軍餉，物資，裝備。運輸局負責運輸投送軍事物資相關的運輸工具，軍需局負責供應軍隊被裝、火器，給養，各類裝備維修，衛生局負責軍隊醫療保障。”
百官聆聽朱由校安排，陸續表態支援，唯獨楊肇基道：“陛下，後勤部亦改設聯絡局或辦事局，若遇戰事聯絡局或辦事局直接同前線將領溝通。”
聞言，朱由校欣然贊同。
朝廷軍事頂層設計分為兵部，樞密院，後勤總局。
從以前兵部既管人又管物，改變為兵部單純管人，後勤部單純管物，兵部，後勤部同為軍事作戰服務，誰出問題誰負責。
百官討論片刻，孫承宗出聲說：“陛下，設計好最高軍事力量機構，地方軍事力量亦要改變。當前總兵名義上帳下萬人，實際能調動的兵勇僅有一兩千人，還時刻受御史，監軍，兵備道掣肘。
難以做到上峰手諭，則兵貴神速。今朝廷設樞密院，五軍都督府則成為累贅，各省都指揮使司是否變動？”
軍事改革，牽一髮而動全身。
不光涉及各方利益，軍改成敗更關乎大明生死存亡。
本來該穩紮穩打，徐徐圖之，不知皇帝為何緊鑼密鼓改革。
楊肇基出聲建議，堅定的說：“陛下，遼東戰場能取消太監監軍，臣認為九邊重鎮亦該取消太監監軍，稍微放鬆對總兵的限制，擴大總兵帳下兵勇數量，給於總兵更大自由發揮的權。”
“”
朝廷內，有文臣武將支援衛所屯田，練兵，亦有文臣武將視衛所為雞肋，食之無味棄之可惜。
在不少官吏眼中，五軍都督府能廢，另起爐灶設樞密院，治下都指揮使司，衛所亦可廢，另起新機構。
所以，七嘴八舌，各種建議。
朱由校端起茶杯輕吮，表面平靜，實際思緒飛轉。
明初，朝廷設五軍都督府，都指揮使司，地方衛所的軍事力量體系。
衛所分散駐紮各地，為便於管理衛所朝廷在各省設都指揮使司，每個都司負責管理各省數量衛所。
簡單粗暴的說，地方千戶約相當後世的小型團，每個衛相當於小型旅，各省都司相當於集團軍。
都司之上，則為最高軍事機構五軍都督府。
中軍都督府、左軍都督府、右軍都督府、前軍都督府、後軍都督府，五大都督府，各自管理不同數量都司，類似後世的的五大軍區，其最高軍事長官左、右都督相當軍區司令員。
五軍都督府負責軍隊日常管理和訓練，遇到戰事需要調兵作戰時，