而令迦若想不到的是，混沌程式在對羅蘭伽洛斯進行混沌化的過程中，竟吸收了羅蘭伽洛斯中央電腦裡的知識，其後對自身進行了改進，變成擁有智慧與定點複製能力的程式。在羅蘭伽洛斯中央電腦受到攻擊，整個行星變得一片混亂時，混沌程式已經選好了第一批目標。
接下來，混沌程式首先對約格和達達尼發起了攻擊。不管是政府組織還是私人電腦，混沌程式在一切它能到達的地方造成了大混亂。接下來是歌莉婭，甚至連弗洛斯也在混沌事件中吃了虧。因混沌程式是浸入防火牆對內部進行干擾，各地區的外部防火牆依然十分牢固，所以歌莉婭也並未能渾水摸魚。不過當弗洛斯以為這是約格的內部事務，應該不會涉及自己而坐在家裡看好戲時，好戲卻突然降臨到了他的身上。
巴比洛克也未能倖免，在攻擊完中央星系之後，混沌又開始對其他星系發起了攻擊。混沌事件所波及的範圍在慢慢地擴張，似乎想要將全宇宙都拖入混沌的泥潭之中。
而在羅蘭伽洛斯，當比蒂衝進迦若的房間時，卻看到自己的主人好整以暇地坐在電腦前，臉上露出從未見過的冷笑時，那一瞬間，她以為自己看到了惡魔。那是被精神抑制劑所引發出來的名為混沌的惡魔，復仇的快感使迦若陷入一種愉快的幻覺。在知道他幹了什麼好事以後，宗主派人將他關入了囚室，用各種酷刑逼問他制止混沌程式的方法。而被惡魔佔據了內心的迦若在經歷酷刑之時卻只是瘋狂地笑著，讓所有看到他的樣子的人都覺得毛骨悚然。
這個時候，研製藥物的專家們才想到了藥物的副作用。他們想盡了辦法也沒能讓迦若恢復正常，只有等到距注射十個星際日之後藥效自動消失。迦若總算是恢復了正常，而當他意識到自己做了什麼之後，戰爭暴發了。
首先是達達尼的派系之間的矛盾因混沌事件而達到了頂峰。他們不但出動了常規軍隊，並且將基因改造人投入到了戰場上，成為達達尼有史以來最可怕軍事行動。然而達達尼的戰爭只進行了一個星期不到，在達達尼內部的軍事會議上，前一刻還針鋒相對的派系軍閥們在短時間內便達成了一至協議，開始對巴比洛克出擊。
巴比洛克的學院軍自然不是達達尼的對手，然而巴比洛克人擁有著平均C＋以上的精神力，在達達尼艦
隊尚未到來之時便可進行遠端精神波攻擊。想要佔領巴比洛克星系的達達尼無法利用星系導彈，只能不斷地派出軍隊試圖進行登陸戰。而在這個時候，接到求援的約格為了從中漁利，也開始派出軍隊對抗達達尼。
意識到事態的嚴重，迦若馬上在自己的主機上關閉了混沌程式。這個指令是他從一開始製作混沌程式時便設定好的原始程式碼，只要在主機上關閉了開關，混沌程式便會立即停止執行並進行自毀，使對方無法將其捕獲。雖然在放逐之後，學會了定點複製的混沌程式已經遍佈了星際，但複製過程中，最原始的程式碼卻始終保留在了每一個混沌攻擊團中。在迦若關閉主機上的開關的一瞬間，整個星際都從混沌的噩夢中清醒了過來。
臨時性發起的戰爭就此結束，然而戰爭所帶來的遺留問題卻使星際受到了嚴重的創傷。令星際百思不得其解的是，歌莉婭居然沒有乘機摻和，實在是個奇蹟。不過弗洛斯卻對此有苦難言。雖然他以最快的速度消滅了潛入歌莉婭的混沌程式，但受到打擊的卻只有他自己的私人中央電腦。他將全部精力都用來恢復他的寶貴資料，在此期間因為對混沌程式的無名怒火，根本就沒有接收任何歌莉婭戰略團的意見。當他完全修復電腦並熄滅自己的怒火而開始打小算盤時，短暫的星際戰爭已經結束了。要是真去幹了在戰後撿點小便宜這樣的事，可讓弗洛斯這個宇宙頭號恐怖分子情何以堪啊。
不但使整個星際陷入混亂，並且引發了戰爭。憑著這一點，星際將混沌事件列入頭號重大案件進行調查，而混沌程式的製作人因身份不明，則被人們簡稱為“混沌”，將駭客通緝單上第一名的折月擠了下去，成為了永遠的神話。
＇這麼說來的話，混沌程式應該是一種攻擊程式，你又說那六個墳墓的防火牆是用混沌程式做的，這是怎麼回事？＇
折月得意地說，＇當然是我把混沌程式改進啦~當年發生混沌事件的時候我的電腦也受到了影響，瞭解了一下大概情況之後，我馬上用一臺沒有聯網的空白電腦設了一個小陷阱，捕獲了一個混沌程式的複製體保留到了那臺電腦上，之後那臺電腦一直沒聯網，所以在混沌事件結束時，捕獲的那個複製體沒有被消滅哦。後來我專門去深入研究了下混沌數學，花了八個月才把