由於失事潛艇在生事故時人員編，而且潛艇內部也沒有完成水密防檢，因此有一派說法認為361號潛艇在失事當時正在進行某些新裝備的試驗任務，而編員額就是相關的研人員，至於全潛艇未完成水密防檢的原因則可能是因為相關試驗裝備和管線需要連線，因此，水密門必須洞開，而這也是361號潛艇在進水之後之所以在短時間內就完全失去正浮力的原因。至於其所試驗的科目雖然眾說紛紜，但是被認為極可能是新一代的絕氣動力推進系統或是新的水下兵器，像火箭推進魚雷或是潛射巡航導彈。不過，另外一派看法則是認為361號潛艇當時只是在進行訓練任務，艇上多餘的官兵是所謂的“編”人員。“編”是中國海軍近年為加快訓練的權宜之策，每艘作戰艦艇都以“一帶一”的方式帶訓相當數量的官士兵，試圖藉助實務操作讓剛剛從學校完成培訓的人員早日形成戰鬥力，而練習水密防檢可能就是361號潛艇在失事當時操練的科目，也許由於錯誤操作才導致361號潛艇失事。然而在真相不明的形勢下，真正的失事原因恐怕需要假以時日才會浮出檯面。
英國皇家聯合軍事研究所專門研究中國海軍的專家麥克金蒂接受美聯社採訪時表示，從目前公開的資料來看，這宗事故不一定是在水底生，否則不可能這麼快就找到潛艇並打撈起來“拖回港口”。但在水面上生這樣傷亡巨大的意外就顯得很神秘。他猜測，事故原因可能是從電池中漏出的液體和海水混合後產生氯氣，導致艦上官兵死亡，或者魚雷推進劑洩漏，艦上人員中毒致死。
德國通訊社也引述一名臺灣研究海軍軍備的專家說，事故原因可能是鉛製電池洩出毒氣引起的。這名專家並且懷疑意外生之後，有部分船員沒有即時死亡，並能將潛艇浮出水面。另外有分析認為，事故生的原因可能是艇內高壓氧罐突然破裂，使艇內的氧平衝被迅打破。全艇氧含量短時間內過百分之四十就會生氧中毒，令全體船員昏厥，氧含量百分之六十過十分鐘，人就會死亡。
香港軍事評論員馬鼎盛估計，生意外的中國海軍361號潛艇可能是因為失去動力，加上救援系統差，導致全船官兵死亡。馬鼎盛表示，出事潛艇屬常規潛艇，船齡約二十至三十年，是七十代仿照前蘇聯潛艇而建造。他估計，意外生時，潛艇失去主動力，而後備動力又不能啟用，令潛艇迅下沉，又或者是船內釋出有毒氣體；令船員無法自救。他又說；現場海面只得2oo米水深 ；造成重大傷亡的原因是潛艇的救援系統不完善所致。
澳門國際軍事學會會長黃東指出，失事的明級潛艇當時應在進行新式的燃料電池實驗。他說：這次意外對中國海軍的影響、挫折一定有，損失巨大，教訓深刻，加上這是已知的第一隻燃料電池潛艇意外，會對軍方造成心理陰影。但黃東強調，長遠而言，這次意外卻是好事多於壞事，因為若到批次生產燃料電池潛艇時才生意外的話，全海軍都會受影響，可能須集體停航，甚或修改規章制度。所以這次七十人生命的代價在摸索階段付出，在某程度上是值得的。此外，這次意外也向全世界再次敲響警鐘：潛艇操作一定要很小心很小心，小小意外，便可令全艇人全部死亡。…；
美國喬治華盛頓大學的軍事專家香博說，這艘潛艇被迅導回一事表明，它當時並未潛入水中，在失事後也沒有沉沒。這艘潛艇的編號向專家們表明，它是仍在使用中的18艘至2o艘 “明”級潛艇之一。它們是中國根據前蘇聯圖低設計製造的一種變體潛艇，按照西方現行的軍事標準應被淘汰。中國人仍在使用至少3o艘甚至更加陳舊的蘇制r級潛艇，但他們已經在不久前部署了一些較新的 “宋”級潛艇。中國還從俄羅斯購買了先進的“基洛”級潛艇以強化部隊。設在華盛頓的美國蘭德公司的中國軍事問題專家埃文說，這表明中國對這場最新災難採取較為開放的態度。此次事故將導致：1、海軍一些責任人員將受到處分；2、明級潛艇將逐步淘汰。
在陳鋒的記憶中，事件生後，中央嚴厲懲罰這次事件失職的官員。其中濟南軍區副司令員兼海軍北海艦隊司令員丁一平、海軍北海艦隊政治委員陳先鋒行政降職處分，同時分別給予其他8名有關人員以行政撤職、降職等紀律處分。而時任海軍司令和政委，後來也被免職。
俄羅斯海軍情報評論言人平可夫就中國o35型“明”級潛水艇事故表談話。他認為中國船舶工業公司公佈的正式資料表明，“ 明 ”級潛水艇乘員數目是55 人，而死亡乘員多達7o人。兩種可能性導致了潛水艇事故。一、某種武器實驗失敗，導致爆炸，有科技人員參加。