多人都意識到了事態嚴重性：如果按照衣原體的推薦特效藥四環素及紅黴類抗生素來治療，治療方案將大大簡化，但如果“衣原體說”是錯誤的，我們可能將付出病人的生命代價。
一名全程參與廣東省各地非典型肺炎病例救治工作的專家解釋，衣原體是一種對抗菌素非常敏感的病原體，治療選紅黴素，此外還可使用羅紅黴素、羅力得、阿奇黴素、甲紅黴素等，一般用藥幾天就會出現明顯效果。但廣州有醫生曾對一批非典型肺炎病人試驗性按“衣原體肺炎”治療，選用上述抗菌素，結果病情不但沒減輕，還出現了呼吸衰竭等惡化的跡象。
而官方公佈的這個“衣原體說”很多醫學專家都不認同，其中就包括鍾南山，他認為這次非典型肺炎的傳播、病特徵和臨床治療經驗都不支援“衣原體”感染的結果。在接受記者採訪時他表示震驚：“怎麼可能是衣原體？我們用了那麼多抗衣原體的抗生素怎麼會一點效果都沒有？”在兩例死亡病例的肺組織找到衣原體，只能證實這兩個病人攜帶了衣原體，並不能證實衣原體是致病原因，更不能代表廣東全部3o5個病例（當時公佈的最新病例數是3o5例）。甚至還尖銳指出，中國疾病控制中心沒有徵詢廣東臨床專家意見就急於宣佈結論，是非常草率的科研態度。…；
衛生部和廣東的病原體之爭就此開始，2月19日中午，中央電視臺播出的國家疾病控制中心主任李立明的訪談，他推薦了幾種對衣原體有效的抗生素，並強調對這種衣原體肺炎的治療要全程、足量使用抗生素。但事後很多人都知道，他推薦的幾種抗生素對非典完全沒有絲毫療效。
2月26日，國家疾病控制中心席專家洪濤院士再次向廣東報告，在送檢的1o份標本中檢出衣原體陽性，其中1份呈強陽性，特效藥是利福平。這個結論在廣東醫療界又引起一次軒然大。當時已經收治了大量非典型肺炎病人的廣州市胸科醫院原本就是收治結核病人的專科醫院，利福平是抗結核病的特效藥，有結核病人就是在用利福平治療期間被感染了非典型肺炎的……
人命關天。以工程院院士鍾南山為的廣東專家再次堅持原來的治療原則，沒有采用利福平治療。
3月1日，廣東的臨床和流行病學專家經過討論，一致認為本次非典型肺炎是病毒感染的可能性大。衣原體不是肇事的司機，它只是車上的一個乘客。
3月4日晚上，鍾南山在廣州醫學院接受記者採訪時，再次表達“屬病毒感染引起的肺炎”的看法。鍾南山不是廣東醫療界惟一表達持“病毒”觀的專家，基本上當時所有的臨床專家都根據經驗判斷是病毒性肺炎，但鍾南山以工程院院士之尊敢於站出來反對國家疾病控制中心的權威說法，給廣東醫療界打了一支強心針。大家決定，維持原來治療方案，因為這種方案當時已經成功治癒了613名病人，累計報告的925例病例中，只有32例死亡，死亡率甚至低於其他肺炎，證明廣東的治療方案是有效的。
3月25日，美國疾病控制中心和香港大學微生物系宣佈，非典病原體是來自豬的“冠狀病毒”。不久，世界衛生組織的多個實驗室也6續找到冠狀病毒。
3月28日，世界衛生組織正式將這次非典型肺炎命名為“冠狀病毒嚴重呼吸系統綜合症”，英文簡稱sars，世衛組織並指出sars已在全球蔓延。
4月1o日下午，在北京市外事辦公室舉行的有關非典型肺炎的防治知識介紹會上，中國疾病預防控制中心病毒形態學研究室主任洪濤院士說，一個來自流行病源、傳染、病毒、免疫等學科的25名專家組成的防治“非典型肺炎”攻關小組，已於8日成立，目前兩種主要致病病毒已初步找到，衣原體培養已獲成功，現正處於動物試驗階段。但目前哪種病毒為主要致病病因尚不清楚，洪濤傾向於兩種病毒聯合生作用。國家疾病控制中心終於也找到了冠狀病毒。但洪濤院士仍然對自己最早報告的“衣原體說”情有獨鍾。
4月11日下午，廣州市呼吸疾病研究所也舉行新聞佈會宣佈找到冠狀病毒。而事實上，廣州市呼研所分離到冠狀病毒的報告一週前已經層層上交，但國家疾病控制中心對此做了搶先布。
4月12日，廣東媒體在重要位置都刊登了這則訊息，這是廣東次公佈“冠狀病毒”的結果。
4月16日，世界衛生組織在日內瓦宣佈，經過全球科研人員的通力合作，正式確認冠狀病毒的一個變種是引起非典型肺炎的病原體。因為把病人身上分離出來的冠狀病毒接種到猩猩身上，猩猩生了和人一樣的非