它由國內情報部門，國外情報部門，與國家其他情報機關、國家機關、私人公司、社會組織的協作部門，與大眾媒體的聯絡部門等機構組成。內閣情報調查局編制員額不多，但其中卻有不少外國公民作為間諜為其服務。此外，該局幹部還利用外交人員身份掩護其在國外的工作，在瑞士殺死我駐瑞使館機要秘書李波的日本駐瑞武官濱崎大佐就是其中的一員。
此外還有一些主要的情報機構作為黑龍社的分支，負責刺探的鬼門司，負責情報分析的土原前儀，和負責刑訊清除的柳原道一，主要就是對這些情報機構的首腦進行控制監視和指揮，並綜合溝通各個部門。
其中：武相山本歸西郎控制的軍事偵察機關，它主要模仿美國國防部情報局的工作經驗和模式。
俄羅斯、中國、朝鮮被作為首要的偵察物件。為了獲取情報，該機關使用了包括諜報偵察、無線電技術偵察、無線電電子偵察、航天偵察等在內的各種偵察手段。最強大的技術偵察設施部署在北海道，與美軍類似手段相配合，共同對俄羅斯的太平洋艦隊和遠東軍區的部隊集團、中國的北海艦隊和東北軍區的部隊集團實施不間斷的偵察。
外相石原慎陰控制的外務省情報調查廳，該情報部門的主要職能是為制訂國家的外交方針蒐集必要的資料，對其進行分析並形成對外務省領導人的建議。該廳負責處理日本駐外使館主要透過公開渠道蒐集到的情報。
國家公安委員會委員長木村井仁控制的總警視廳，總警視廳的任務之一是使用反偵察手段保障國家的安全。直接從事反偵察工作的是總警視廳的保安廳，其物件是以日本新憲法禁止的方式達到自己目的的極端主義組織、政治急進黨和運動。反偵察的主要力量集中於首都人口稠密區。全國各行政中心設有類似的部門。
法務大臣真弓之美控制的法務省保安調查廳，其在組織上，類似於總警視廳，包括中央機關和地方部門。該廳工作人員利用日本駐外代表機構和其他手段開展工作。
軍事反偵察機關，同軍事偵察機關一樣，日本的軍事反偵察機關也是按美軍類似機構的模式組建的。包括武裝力量各軍種司令部在內的各級指揮機關都編有軍事反偵察工作人員。他們同美國武裝力量駐日諸島的軍事反偵察人員密切合作。
移民廳，移民廳是法務省的一個組成部分。除監視公民入境和出境的主要任務外，移民廳還負責蒐集偵察與反偵察情報。為此，該廳使用包括專門手段在內的各種方法。獲取的情報除本廳業務工作中使用外，還向其他情報機關通報。移民廳對入境外國人的嚴密監視實際上是對反偵察情報機關工作的有力幫助。
海上保安廳是一個非常重要和龐大的部門，因為日本是世界上海岸線最長的國家之一。海上保安廳除了負責海疆情報安全外，還實施海上偵察、監視200海里範圍內的漁獵活動、參加海上求援工作。
海上保安廳是中國保釣人士在釣魚島附近主要面對的日本軍事力量，崇浩當年獨自搏殺的500多名日本海上特警和巡邏艦官兵，就是隸屬海上保安廳。如今在釣魚島開始建設的“聯合夢想”機器人建築公司，遇到的第一個敵人恐怕還將是它們。
該廳和平時期是運輸省的一個組成部分，戰時則納入海軍的編成。在完成任務中與國家海軍密切協同。海上保安廳由中央機關和11個區域性機構組成，其中最重要的是第一區域性機構，其責任區為北海道和附近諸島，主要監視薩哈林和南千島群島方向。
海上保安廳裝備700艘軍艦和各類快艇，其中有遠洋艦、巡察艦、搜尋求援艦、海測艦、航行裝置維護艦，裝備160餘架巡邏飛機和直升機。
它的主要執勤內容是被派出同海軍和航空兵在指定的地區進行巡邏。此外，該廳在岸上設有雷達站，以嚴密監視企圖靠岸的目標。軍艦、飛機、直升機和岸上雷達站之間保持經常性的聯絡和密切協作。
海上保安廳與海軍、武裝力量情報中心保持聯絡。必要時，該廳的艦艇——航空兵集團直接接收情報中心的情報，得到海軍兵力兵器的支援。為此，在每年舉行的日本海軍演習中，都演練海上保安廳與海軍之間協同的科目。此外，海上保安廳還定期參加美國海軍在西太平洋舉行的演習。
如此龐大複雜的情報機構要強行捏合到一起非常不容易，除了被迫保持它們相對的獨立性外，還要有先進的情報指揮系統來匯總協調各部。
因此黑龍社總部採用了改良的日軍全自動化指揮系統（C4I系統）。不但可以有預警衛