“嗯，明天開始，終結現在的一切。”赤井秀一看著旁邊噴泉，迴避著明美的目光。
“哈哈，你真傻。”明美勉強笑了笑，並扭過了頭：“說謊也要像點樣子，這樣怎麼能嚇到我。”
“你早就知道了嗎？既然知道了，為什麼不離開我？”赤井秀一抱住明美的肩膀問道：“我是在利用你。”
“你沒告訴我，我怎麼會知道呢？”即使有心裡準備，但是還是明美流出了眼淚。
赤井秀一看著宮野明美的眼淚，或許已經是明白了，這個女孩是喜歡上了自己，但是讓赤井秀一沒想到的是，短短的三年時間，居然同時傷了兩個女孩的心，而且這兩個女孩，又都是愛著自己的。
赤井秀一雖然很難受，但是他心裡越發的堅定，一定要滅了黑衣組織，只有這樣，他才能和明美以正常男女朋友般交往。
但是讓他沒想到的是，一天之後的任務不僅因為安德雷·卡邁爾的失誤，讓任務失敗了，同時也讓自己的身份暴露，這樣的問題沒有難倒赤井秀一，在身份暴露之後他則是利用自己的能力，逃往美國去了。
可是宮野姐妹卻沒有那麼幸運了，她們因為赤井秀一的暴露，在組織裡抬不起頭，同時也因為組織的壓力，被迫搬家，而宮野志保，也因為這件事，恨上了赤井秀一。
然而，組織不會放過一個與FBI有牽連的人，因為赤井秀一的暴露，在組織裡抬不起頭的明美，想要讓自己和自己的妹妹脫離組織，於是組織利用明美的這一想法，假意要求明美搶劫十億日元，並許以任務完成即可和妹妹脫離組織的約定做誘餌，實際目的是想借機殺人滅口。
明美卻以為組織真的會放過她們，在行動之前，給赤井秀一發了簡訊：“大君，等脫離組織了，可以作為真正的男朋友和我交往嗎？
已經回到FBI的赤井秀一收到了簡訊，但是他沒有回，因為他知道這是不可能的事情，除非是死人，這樣的話，才能脫離組織。
讓他沒想到的是，三天之後，他從其他探員口中得知，明美已經死了，聽到這一訊息的秀一，猶如晴天霹靂，這個給人一種硬漢形像的男人，在牆角一個人默默的流下了眼淚。
但是他又重新振作了起來，向上級報告回日本的打算，上級也同意了他這個想法，赤井秀一在重新回到日本之後，為了給戀人報仇剪掉了長髮。
在赤井秀一來到日本之後，他發現了一個長相酷似明美的女孩，帶著兩個小孩來到了水上樂園，看到這個的他，立刻跟蹤她們進入了水上樂園，在那裡，透過某個男孩叫這個女孩明美姐，他才知道，這個他心愛的人沒有死，同時他也發現了這個男孩不是個一般人，於是他堅定了，只要跟著這個男孩，就能知道明美在哪裡。
他的行為讓上天感動了，在這之後透過與這個男孩見面，他得知了明美還活著的訊息，同時男孩也答應了，在這件事之後，男孩會讓他和明美見面。
聽到這話，赤井秀一很高興，但是高興的心情，沒有持續多久，水無憐奈事件便開始了，在知道水無憐奈其實就是本堂瑛海，讓她回到組織臥底的時候，赤井秀一做了個決定。
“你真的想這麼做？”男孩明知故問道：“這樣真的很危險，也許你就見不到明美姐了。”
“如果我不這麼做水無憐奈也很危險啊，工藤君！”赤井秀一笑了笑：“或許對不起明美，但是如果我死了，請告訴明美，下輩子如果有可能的話，我希望還能做她的男友。”
‘涅盤精舍之術’
“我答應過明美姐，不會讓你出事，就肯定不會讓你冒險。”
男孩發動了一個術，讓赤井秀一睡著了，而他則是變出了楠田陸道的屍體，用心轉身之術進入了楠田陸道身體裡，並且變身成赤井秀一之後，與水無憐奈見了面，然後以假死讓水無憐奈重新臥底到了組織裡，而後赤井秀一則是戴了副眼睛，換了個髮型，眼睛也眯了起來，用衝矢昴這個身份活著，住進工藤宅，同時保護宮野姐妹。
又過了一段時間，在世良與安室相繼出場，組織逐漸露出端倪之後，灰原不想連累別人，自己則服下了已經做好的APTX4869的解藥，獨自一人前往群馬縣的深山老林中，去見BOSS解決一切。
當柯南得知這一訊息之後，也決定孤身一人，尋找灰原，可是他的同伴們卻不讓他這麼做。
“工藤，去找BOSS怎麼能讓你一個人去呢？”服部說道：“你可是我的好友加對手，你死了，我多無聊啊！”
“是啊，工藤