…希望這是一切都是永恆……”
留下這句話後，林雪櫻告別了愣住的劉嶼。
在眾人尋找瑪娜無果的時候，創世預言者宣佈語言已經被人打破，世界重新陷入混亂。混亂中，休伯特帶著莉莉毫無目的的逃竄著。他們遇到的，都是已經失去理智的人，他們的目的就是活下去，在麻痺中活下去，企圖以這種方式渡過終焉。將這些失去理智的人一一擊倒後，休伯特和莉莉無力的躲在樹林裡休息，卻被布蘭基控制的機械發現。經歷了多次戰鬥的休伯特已經無力與布蘭基戰鬥，莉莉上前卻不敵布蘭基被打倒在地。就在瘋狂的布蘭基準備解剖莉莉的時候，瓦傑爾突然出現重創了布蘭基，但同時也被布蘭基的陰招重創。此時的瓦傑爾，選擇了和布蘭基同歸於盡。
“真狡猾啊莉莉……自己逃跑了，卻讓姐姐一無所知的被關在那無聊的地方……算了……已經……不重要了……”
“姐姐……我……休伯特，對不起……”在休伯特絕望的呼喊中，莉莉漸漸閉上了雙眼。
“啊啊啊啊啊啊啊啊啊——————————————————！！！！”休伯特仰天大叫，突然，他的身體產生了異變，天空和大地的魔力元素不斷聚集到他身上。他的身體不斷脹大，最後變成了光明與黑暗之龍飛向天際。吞下瑪娜的心臟後，感受到這異變的卡歐斯驅使混沌之力飛出洞穴，來到休伯特面前。此時的光暗龍已經失去了理智，不斷的向四周噴射著毀滅的能量。卡歐斯見狀，便將一股魔力注入了光暗龍體內。休伯特的身體開始慢慢分解，與此同時，休伯特所在的空間也慢慢裂開，從裂縫裡噴射出的混亂的氣流和未知的生物讓整個艾法爾大陸陷入前所未有的混亂中。混亂的氣流席捲著整個天空和大地，未知的生物襲擊著大陸上一切的生命。最後，一頭巨龍緩緩的從空間裂縫中湧出身形。
終焉，降臨了……
終章 靈魂之淚（完）
四強賽第二場，劉嶼很乾脆的敗給了一個戴面具的男人，結束了他這次的決鬥王征程。不過對於這個男人劉嶼有種似曾相識的感覺。而且，全國大賽的決賽上，面具男擊敗了憤怒不已的齊紗，獲得了冠軍。齊紗憤怒的原因是世界各地的全國大賽都出現了這樣的面具男，他們都以犀利的手法取得了冠軍，而且都在決賽結束後就是去了蹤跡。決鬥結束後，琪莎拉跟蹤面具男到了山裡，當她發現這一切都是陷阱的時候，已經有數把阻擊槍槍口對準了她……
全國大賽結束後，羅德和倉田各自回到了美國和日本，施川生則去了KOG總部，晴天沒有向劉嶼透露更多的情況就離開了。之後的一段時間，彷彿什麼都沒發生一樣，俱樂部照常執行，雖然管理員換了個不認識的年輕人，那個人似乎對KOG的內幕完全不瞭解。孔羽在大賽結束後終於找到了一份穩定的工作，從此再也沒有來俱樂部了。
在和瑪娜過了一段安逸的生活後，劉嶼打聽到了黑市決鬥的訊息。與一般決鬥不同的是，黑市決鬥是以各自參與決鬥的卡組為賭注的決鬥，介於這種決鬥所帶來的影響，KOG協會最終沒有透過這項決鬥方式。但是這種非法的決鬥在地下決鬥場進行的異常的火爆。但引起劉嶼注意是黑市決鬥的幕後支持者：“瘋癲博士”託洛爾。於是，帶著新組的暗系卡組參加了黑市決鬥。一路過關斬將並最終擊敗擂主的劉嶼，引起了託洛爾的注意。當他邀請劉嶼來到他的實驗場的時候，託洛爾開門見山的告訴劉嶼關於空間通道裝置他已經完成，只要啟動就可以讓世界上的卡片靈魂全部回到他們原來的世界。但前提是劉嶼要和他在他新發明的決鬥場裡進行一場決鬥並擊敗他。當他們走上決鬥場，啟動了裝置後，託洛爾才說出這個決鬥的名稱：死亡決鬥。如果不分出勝負，這個裝置就不會停止，受到傷害的人將會受到同等程度的實際傷害，LP歸零或者受傷太重的人都會死亡，只有把他殺死，空間通道裝置才能啟動。劉嶼這時候才知道託洛爾為什麼會被稱為“瘋癲博士”。經過一番苦戰，傷痕累累的劉嶼終於以微弱的優勢戰勝了託洛爾。
“太、好了……這樣……你們……就可以……回去……回到屬於自己的……世界了……”
劉嶼緩緩的倒在了實體化的瑪娜懷中。當瑪娜哭喊著問劉嶼為什麼要做到這種地步的時候，劉嶼瞬間明白了，為什麼他的心會如此的疼痛。當卡歐斯接受索爾斯的混沌力量後，便將心中的光明與黑暗徹底分開了。留下來替瑪娜承擔毀滅世界責任的是孔羽的靈魂卡混沌黑魔導卡歐斯，也就是其黑暗的人格。而光明的人格則直接來到了這個世界與劉嶼的靈魂融