（《清高宗實錄》）
經過反覆思想動員，終於，人們表面上不再反對了。大清帝國勉強開上了戰爭軌道。
然而乾隆卻物色不到一位堪當大任的主帥。在所有的大臣中，只有傅恆真心誠意支援出兵，可是此人素不知兵，難以承擔如此大任。平安無事數十年的滿族將領們也“惟守妻孥以求安逸，聞戰陣而甘退縮”。成兗札布、策楞、舒赫德等老將素稱勇敢幹練，可是對這場戰爭卻都心懷退縮，“萎靡懦怯”，無奮勇爭先之態。左右權衡，乾隆勉強選定了班第和永常，分任北路和西路主帥。
接下來是糧草問題。如果按照“兵出糧隨”的用兵常理，這場戰爭根本沒法打。因為平定準噶爾的時機是突然到來的，清王朝毫無準備。前線並無糧草，準備也已來不及。一是從內地運糧到西部，每石米價值不過3兩銀子，可是運費要高達20兩。二是即使清廷財力充裕，負擔得起運費，徵購和運送時間上也萬萬來不及。
乾隆悍然決定，拋棄行軍常規，“因糧於敵”。也就是說，每名士兵自背可吃兩個月的口糧，其餘口糧，沿途取之於蒙古牧民。乾隆的上諭說得冠冕堂皇：“官兵前進，沿途可以打牲，宰殺疲乏牲畜。現在投誠的厄魯特蒙古人所有的牲畜，雖然不應奪取，但是暫時取用，將來再給補償，也無不可。”
這實際上允許官員沿路搶掠。所謂將來補償，只是無法兌現的空話而已。這一大膽的舉動後來被證明埋下了嚴重後患，在當時卻被乾隆認為是唯一的辦法。
此諭一出，不少大臣都目瞪口呆，紛紛反對。陝甘總督劉統勳上奏說此舉太過冒險，仍當先籌糧運餉，然後再進兵。乾隆批評他說：“劉統勳此奏……全不合此次機宜。”
定西將軍永常也反對因糧於敵。乾隆皇帝說得口乾舌燥，禁不住罵起人來：“永常全不知事理之輕重，顛倒舛謬，至於此極！”
一頓痛罵，終於壓住了所有反對者的聲音。乾隆二十年（1755年）二月，清軍北路和西路兩路出師，共計五萬人，加上負責運輸的夫子共近八萬人。每位士兵配備戰馬三匹，共計十五萬匹。配備駱駝一萬峰。乾隆以從準噶爾叛逃的重要將領阿睦爾撒納為前鋒，以收招降之效。果如乾隆所料，準部連年內戰，人心厭亂，清軍一到，紛紛歸降，“各部落聞風崩湧……所至臺吉、宰桑，或數百戶，或千餘戶，攜酮酪，獻羊馬，絡繹道左，師行數千裡無一人抗顏行者。”大軍剛剛出動，就有札哈泌部一千三百戶來降，稱“我等為達瓦齊殘虐，願率屬效力”。緊接著準噶爾頗有權勢的大臺吉也率部屬投降。五月，兩路大軍會師於新疆博樂縣（今新疆博禾市），向伊犁進軍。伊犁民眾也紛紛迎降。“大兵至伊犁，部眾持羊酒迎犒者絡繹載道，婦孺歡呼，如出水火，自出師以來，無血刃遺鏃之勞，敉邊掃穴，實古所未有”。充分證明了這次出師時機選擇的重要性。
在這種情況下，準部新首領達瓦齊無心抵抗，率一萬人逃亡至伊犁西南的格登山。清軍窮追不捨，將其擒獲，送往京師。平準戰爭初獲勝利。
過於迅速的成功往往包含著問題。清軍攻克伊犁後，原以為可以繳獲一部分牲畜、糧食。不料準部屢經戰禍，伊犁並無積存物資。因為軍糧不繼，平定了準部之後，清朝大軍只能迅速撤離，只留下五百名士兵做清朝將軍的護衛，準部由率先降清的阿睦爾撒納與清朝將軍共同管理。阿睦爾撒納本不是一個安分之人，雖然平定伊犁之後，乾隆以其戰功最多，封他為雙親王，食親王雙俸，他仍然不滿足。他見清朝兵力已退，萌生了做準部新汗、獨據準噶爾汗國原來版圖的野心。平定準部之後，乾隆秉“分而治之”之策，準備把準部一分為四，使其互不統屬，阿睦爾撒納卻要求成為四部的統一首領，凌駕眾人之上。乾隆當然不同意他的請求，於是他於乾隆二十年（1755年）殺死清軍將領，起兵叛亂，自立為汗。乾隆二十一年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦爾撒納。
平叛戰爭進展得很不順利。由於事發倉促，清軍仍然沒有攜帶充足糧草就出發了，一路上對喀爾喀蒙古大肆榨取。到了新疆之後，又大肆搶奪準部故地的牲畜糧食。準部本來就已經陷入饑荒之中，清軍一來，雪上加霜，大批民眾餓死，剩下的都紛紛起來反抗清軍。而前線將領又很不得力，屢屢錯失戰機，使阿睦爾撒納一再逃脫。乾隆皇帝一籌莫展。恰在此時，一直全力支援乾隆平準的喀爾喀部蒙古居然也起兵反叛了。
反叛的原因是清王朝對喀爾喀蒙古的榨取超過了極限。“因糧於敵”的策略在戰爭中實