不過美軍還是低估了我軍總部的決心。雷亞佐發動政變的資訊傳到北京，王剛馬上召集劉全政部長、邢宗強總長、海軍司令員曾友君、特種部隊司令員柯克誠上將、海軍特種兵司令員石一正、南海艦隊司令員羅勁風等人，緊急商討菲律賓戰役的實施方案。
總參情報局的林雙清中將首先報告了對陣雙方的態勢：
——美軍的3個航母叢集組成的特混艦隊在臺灣島以東280公里的洋麵遊弋，以顯示“協防”臺灣的決心，至今已2個月。
——臺灣當局和軍方的調門又高了起來，情報顯示，臺灣軍方與菲軍方暗中的往來非常密切。臺軍又在南部集結了不同尋常的海空軍兵力。
——菲軍方的政變矛頭所向很明顯，就是要消滅菲共、打擊華人的進步勢力。
——邦切總統並沒有在政變中喪生，現在已到了克拉克基地，空軍和海軍中邦切有一定的勢力。
——菲共在這二個月裡有了很大的發展，不但在北呂宋和巴坦群島鞏固和發展了根據地，而且在南方棉蘭老島的三寶顏地區，巴拉望島的山區發展了一批小塊的根據地。在大城市裡也發展了相當的力量。
——這場戰役的焦點應該在巴坦群島，由於菲軍的海軍部隊已被菲共接管，估計菲軍不會投入這裡的作戰。這裡將是美臺與我軍和菲人民軍聯軍的搏殺。美軍在海空軍方面佔絕對優勢，有3個航母叢集，具有相當強的對地打擊力量。由於美軍沒有配備海軍陸戰隊，所以登島的主力或全部是臺軍。臺軍集結了2艘斯普魯恩斯級驅逐艦和2艘拉法葉級護衛艦用於反潛，估計這次也會出動從美國引進的相當於德國209式1400型的潛艇，2艘基德級驅逐艦和2艘佩利級護衛艦除了提供防空力量外，還可以艦炮和巡航導彈為登陸部隊提供火力支援。
——我方和菲共也作了充分的準備：我第2陸戰師組成1個加強團2500人登上了伊特巴亞特島，工兵營實力最強，在全團的支援下在島上構建了一個縱深防禦工事，還有防空導彈營、高炮營、炮兵營和裝甲步兵營、步兵營。島上佈置了大批的防空陣地和防禦坑道工事。菲共人民軍有1個營3百多人，把留在島上的8百多居民組成了7個民兵連。巴坦島的兵力也差不多。
直升機團擁有的8架殲－17A、殲偵－17A和8架Z－17A，24架WZ－12、WZ－13和WZ－10，以及一批Z－14、WZ－15、Z－1H等除了少量在伊特巴亞特島和巴坦島上，大都分佈在巴布延群島的各個島上。除了提供火力支援，還可以機動防禦力量。
這些守島部隊不是孤立的，我軍2架新型的“飛天－II”，1架作為高空轉播站為戰區的全部通訊點提供服務，1架作為高空偵察機，監視敵情。在東沙島上空定點了1架YJ－14在11000米上空可監視這一帶空域。海下有耗費巨資建成的聲納陣列不但可監視敵方潛艇的活動，而且可以支援我軍潛艇的作戰。
——在北呂宋，估計菲軍的投入將大大超過上次，而且受輿論的制約也少得多。美軍的艦載機，甚至沖繩和關島基地的遠端轟炸機也將為菲軍提供空中火力而已，不過美軍不太可能參與地面進攻。菲人民軍經過上次的作戰，不但技戰術有了進步，而且地域擴大後，兵員也有了增加，雖然有部分派遣到了棉蘭老島和巴拉望島，在北呂宋還是擴充到了7500人。更大的進步是炮兵和防空部隊等技術兵種的比例增加了很多。我軍新組建的第12陸戰旅6千官兵已經與菲共人民軍組成了聯軍，他們已經初步熟悉了當地的地形，實際上他們的偵察兵和部分官兵參加了5月初的反圍剿作戰。菲共的根據地擴大了很多，有了更大的迴旋餘地。
——菲共在巴拉望島和棉蘭老島的根據地，對我軍未來反擊菲海軍在南海南部的侵略戰爭很有利。
在討論中，大家很有信心取得這場鬥爭的勝利。也界定了作戰的範圍，決定不明著同美軍幹，所有對美軍的打擊能作為人民軍的勝利來解釋。對臺灣參戰部隊的打擊要嚴厲。要協助菲共人民軍藉助這次機會擴大根據地，為早日取得革命勝利奠定基礎。
王剛在總結髮言中，從戰略層面作了部署：“這次菲律賓戰役的重要性怎麼估價都不會過高的，美軍的航母叢集再次前來耀武揚威，我已經收到戰士和民間人士的好幾封血書了，要求駕駛隱形小飛機去炸航空母艦呢。士氣和民氣可鼓而不可洩啊！我們和菲共能取得勝利的話，對臺獨勢力將是很大的壓制，美軍再採用航母叢集來‘協防’就顯得很勉強了。我們控制了這條重