他還不敢過於有所妄議，而且很快的，朝廷派他接任李鴻章的遺缺，做了閩浙總督。
這更讓左宗棠不快，天下那麼多督撫，做哪裡的不好？偏偏讓自己接李鴻章的遺缺？難道李鴻章還會給自己留下什麼好基業嗎？這樣的話傳到李鴻章耳朵中，自然要想辦法有所行動，等到海戰正式結束，皇帝點了劉銘傳為福建巡撫兼任剿賊大臣，過海赴臺，專司辦理剿滅西鄉隆盛的數千登島日軍之事，戰事進展得非常順利，這是因為西鄉隆盛自知為祖國惹下滔天大罪，不等清軍來到，就先一步剖腹自殺了。
或抓或殺了日本士兵，島內南部地區為之一靖，外患將息而內爭漸起，首先發難的是劉銘傳，防守基隆的一段時間中，他受夠了臺灣道劉璈的骯髒氣。劉璈是左宗棠嫡系，駐紮臺南，勒兵扣餉，處處跟在前敵的劉銘傳為難。由於左宗棠督辦福建軍務，楊昌浚當閩浙總督，劉銘傳無可奈何。不過，他的委屈經由李鴻章的傳達，朝中完全明瞭，只以強敵當前，畢竟要靠左宗棠保障閩海，不便降旨整飭紀律，自亂陣腳。如今外敵已退，自然可以動手了。
當然，這也要怪劉璈太不知趣，稟請左宗棠撥發一百萬兩，辦理臺灣善後，而且派委員到福州坐提。劉銘傳得到訊息，一個電報打到北洋，隨即轉到京裡。奕得報大怒。海戰剛剛結束，皇帝心氣兒正盛，要趁這個機會徹底解決日本的威脅，可謂是處處都要花錢，而日軍登島時日畢竟很短，而且因為人數的限制，也不可能對島造成很大的傷害，臺南各地未經兵燹，並且劉璈徑收厘金，絕少接濟劉銘傳，庫中應有大筆款子，居然還要找朝廷要錢？簡直是毫無心肝了。
因此，發了一道電旨，嚴飭左宗棠不準擅發。這還罷了，壞的是還有一段告誡的文字：“左宗棠到閩後，每於調人差委，未經奏明，輒行派往，殊屬非是。嗣後遇有用人撥款等事，務當先行奏報，候旨遵行；不得再涉輕率，致幹專擅之咎！”接著又有一道電旨，命左宗棠和楊昌浚，查明兩省藩庫，還剩多少？“迅奏候旨，不得輕率撥用。”一葉落而知天下秋，明明見得左宗棠的聖眷已衰。
於是劉銘傳不客氣下手了，以‘奸商吞匿厘金，道員通同作弊’的理由，運用福建巡撫的權力，將劉璈撤任查辦，同時飛章入奏。這一招雖狠，卻還是試探，所以對劉璈只是‘撤任’。朝廷復旨：“著即撤任，聽候查辦”，這是充分支援的表示，那就更可以放心大膽地窮追猛砍了。劉銘傳緊接著便又狠狠參了劉璈一本，指他‘貪汙狡詐，不受節制，劣跡多端。開單列款，請革職查辦。’
結果，不僅‘革職查辦’，竟是‘革職查抄’。軍機處承旨，連發兩道‘廷寄，一道給劉銘傳：“劉璈革職拿問，交劉銘傳派員妥為看守，聽候欽派大臣，到閩查辦。”劉璈在任所的資財，責成劉銘傳派廉幹委員，嚴密查抄。一道是給湖南巡撫，張佩綸的第二位老丈人卞寶第，去抄劉璈在原籍的家。
此外還有一道明發：“命刑部侍郎錫珍，馳驛前往江蘇，會同衛榮光查辦事件。”向來欽差大員查辦要案，多用假地名隱飾，明明是往四川，偏說到湖北，象這樣的障眼法，原是瞞不住人的，明眼人一望而知是查辦劉璈。
左宗棠當然要展開反擊，奏攻訐劉銘傳棄基隆的詳細情形，指他喪師辱國之罪，過於徐延旭、唐炯。不想碰了個大釘子，所奉到的復旨是：“劉銘傳倉猝赴臺，兵單糧絀，雖失基隆，尚能勉支危局，功過自不相掩。該大臣輒謂其罪遠過徐延旭、唐炯實屬意存周內，擬於不倫。左宗棠著傳旨申飭，原折擲還。”
臥疾的左宗棠，受此羞辱，病勢劇變，不能不再一次奏請開缺。當然，一道溫旨是少不了的，準他交卸欽差大臣的差使，不必拘定假期，儘管回湖南安心靜養。又恭維他“夙著勳勤，於吏治戎機，久深閱歷。如有所見，隨時奏聞，用備採擇。”
這道惓惓於老臣的溫諭，寄到福州，左宗棠神明已衰，無從感念聖恩了。延到七月二十七子時，一瞑不視，當時由福州將軍穆圖善、浙江、福建兩省的巡撫會銜出奏。奏摺慢，電報快，福建營務處電致北洋衙門，到第二天中午，京裡就得到訊息了。
這是意外，然而亦非意外。左宗棠到了福建，諸事不甚順手，他雖以諸葛武侯自命，只是“鞠躬盡瘁，死而後已”的志節，或者差相彷彿，但寧靜致遠的修養卻差得多。抑鬱難宣，因而肝火極旺，終於神智昏昏，經常在喊：“娃子們，出隊！”左右亦就順著他的話敷衍。這些情形，京中亦有所聞，料知他不久人世了。
不過不管怎麼樣，他總是國家的重臣