著鄭森常駐西帥府，而另一班則隨著林清華常駐東帥府，這樣一來，朝廷就真正分成了東西兩派，隱隱形成對峙之勢。更為重要的是，兩個元帥府的保衛力量更是加強到了無以復加的程度，在這皇宮一帶的小小地域裡，竟然駐紮著近十五萬軍隊，搞得風聲鶴唳，氣氛相當緊張，若是再加上雙方在江南一帶駐紮的軍隊，整個明朝差不多一半的軍隊集中在這裡，這嚴重牽制了雙方的力量，不僅林清華無法全力向北經營，而且鄭森也放慢了進攻南洋的進度。
當然了，在這種對峙下，鄭森是明顯處於下風的，這是由於，不僅他的陸軍少，而且大炮更是少的可憐，無法對鎮虜軍炮兵形成有效制約，所以，他是不敢住在南京城裡的，他的居所位於南京下游十餘里的船上，由他的艦隊保護他的安全。
既然形勢很緊張，那麼林清華自然也不能大意，除了加強府邸一帶的防守之外，他還特意在府裡挖了堅固的底下室，地下室頂上那厚達六尺的水泥鋼筋層足以保證他的安全。
林清華不願意離開南京城的原因除了想向鄭森表達自己的堅定立場之外，還有一個原因，那就是就近控制朝廷裡的兩個皇帝。
雖然林清華與鄭森已經分道揚鑣，但是對於皇宮裡的那兩位天子，他們都沒有把其挪到外面去的意思，還是與以前一樣，皇宮由兩人的衛隊負責保護，而伺候兩位天子的太監也是兩人共同招募，由於已經有一年多的時間兩人沒有再在皇宮裡上過早朝，因此，那兩位天子倒顯得有些自在了，他們兩人除了每日領著太監和自己的妃子們在後花園裡賞花看雪之外，就只剩下研究房中術的興趣了。
在這過去的兩年多的時間裡，林清華不僅鞏固了他的那些地盤，而且還成功的逼降了雲南的土霸王沙定洲，大半個雲南和整個廣西已經落到了他的手裡，除了一些還在負隅頑抗的雲南小土司之外，雲南已經成為了一塊新的財源重地，不僅井鹽源源不斷的輸出，而且氣候炎熱、人煙稀少的雲南還成為了一塊新的屯田之地，那些淮河水災的難民被林清華分批送往雲南，在那裡定居下來，此舉不僅解決了難民們的吃飯問題，而且由於他們都是按照軍事編制組織起來的，並組建了民兵師，因此，雲南將不再是一塊山高皇帝遠的地方。
南邊的戰事漸漸接近尾聲，而北邊的戰事卻仍然沒有結束。
清軍在與鎮虜軍爭奪山西的過程中損失很大，不得已，他們只好放棄了山西，退守直隸，做困獸之鬥。
當馬滿原率領的騎兵部隊在魯南平原再一次沉重打擊了清軍騎兵之後，山東也告光復。本來他的部下是想挾勝利之威一鼓做氣拿下直隸的，但是林清華卻另有打算，他命令部隊停止繼續攻擊直隸一帶的清軍，轉而經營蒙古草原。
在他的命令下，平定雲南的部隊被大量調到北方，山西鎮虜軍人數增加到了近十萬人，他們按照林清華的安排，分成三支部隊，輪換前往蒙古草原作戰，由於合理的安排，因此，在漠南蒙古草原上，鎮虜軍始終保持著至少三萬人的作戰力量，與他們一同作戰的還有由河西回回騎兵整編而成的一個騎兵師，同時還有從青藏高原徵募而來的五千蒙古和碩特部騎兵，他們由固始汗的一個兒子統率，協助鎮虜軍征服漠南草原上的各蒙古部落，逼迫他們與滿清斷絕一切關係，並向林清華稱臣納貢。
由於雙方不僅力量懸殊，而且由於鎮虜軍武器先進，力量集中，進攻目的明確，因此，當那些各懷鬼胎、一盤散沙的蒙古王爺們看見自己部下的那些騎兵被鎮虜軍打得象炸了圈的羊一樣四處亂跑的時候，當他們看到那些前來支援他們但卻也被鎮虜軍打得狼狽不堪的清軍的時候，他們不得不冷靜的衡量一下自己的實力，在與和碩特部的使者交談之後，他們大多選擇了改換門廷，向林清華臣服，與滿清斷絕來往，並將他們的兒子送到武昌，與和碩特部未來的首領一同在林清華派來的老師的教導下學習漢語與漢字。
對於那些不肯臣服的蒙古部落，林清華採取的是以夷制夷的策略，他向那些已經臣服自己的蒙古王爺許諾，誰打敗了那些不肯臣服的漠南蒙古部落，那麼那個部落的一切東西就歸誰所有。在這種誘惑下，蒙古王爺們紛紛聯合起來，主動進攻那些尚未臣服的部落，由於鎮虜軍騎兵部隊的協助，戰爭在很短的時間裡就結束了，當今年秋天到來的時候，漠南蒙古已經被林清華統一起來，而那些得到了好處的蒙古王爺們則將大量的馬匹進獻給林清華，並用更多的牛、羊、馬匹換走他們所需要的食鹽、茶葉、絲綢，這在一定程度上緩解了林清華的財政壓力，並使農民得到了足夠多的耕牛，促