，尤其是在錢謙益又主動剃髮，投靠了清廷之後，更是如此。據說，錢謙益隨清軍北歸之後，~是獨居南京，因為失望，還與人通姦，給他戴了好多頂綠帽子。錢謙益的兒子得知此事，感到極為憤怒，遂報官追究，結果，錢謙益回來聽說此事，竟大發雷霆，把兒子給趕離了家門，不許再來拜見，並說國破君亡，士大夫尚不能保持氣節，又豈能去求全責備一名女子？
清順治五年四月，錢謙益因黃毓案被株連，羈囚南京大獄。經柳如是全力奔走營救，請託斡旋，才得以免禍。出獄後，被管制在蘇州，寄寓拙政園。順治六年，和柳如是從蘇州返回常熟，移居紅豆山莊。表面上息影居家，築絳雲樓以藏書檢校著述，暗中卻開始和西南、東南海上反清復明勢力聯絡。錢謙益的詩文在當時頗負盛名，東南一帶，奉為“文宗”，但因為其中飽含許多思念明朝的章句，乾隆四十四年，錢氏著述被列為“悖妄著書人詩文”，其中被載入縣誌的也均被刪除。
去世那一年（康熙三年）的夏天，錢謙益臥病不起，而喪葬費用尚無著落，恰好鹽臺顧某來求文三篇，答應給潤筆一千兩白銀。此時，錢謙益已無力作文，只好求來訪的黃宗羲代筆。黃宗羲不太願意，略顯推辭之色，無奈之下，錢謙益不得已才將其反鎖於書房之內，逼迫黃宗羲連夜寫完了三篇文章，這才解決了喪葬費用。錢謙益降清，可說是其一生汙點。但畢竟是因為生性怯懦，又迫於事勢。而且，他雖然投靠了清廷，卻並沒有像吳三桂等人那樣反過來為主子殺人放火，也並沒有做過什麼惡事，據說，他臨死前還呼喊著“當初不死在乙酉日，這不是太晚了嗎？”
錢謙益去世時，柳如是