官府負責的，但總督府必須要監督，主要的責任也是在總督府，也就是說，若是漕糧不能夠徵收齊，直接負責的就是馬士英和史可法等人。
所以秋收季節在即，鄭勳睿倒是顯得很輕鬆，馬士英和史可法則是異常的忙碌，奔波於淮北以及大運河沿途各地，督促官府完成漕糧的徵收任務。
鄭勳睿出任漕運總督一年多的時間，已經將淮北諸地治理的很好，畢竟他兼任四府三州的巡撫，但也有他力不能及的地方，那就是大運河其他需要徵收漕糧的地方。包括南京和杭州等地，這些地方徵收漕糧的陋習還是普遍存在，唯一出現變化的是碼頭，因為碼頭是洪門牢牢控制的，各地的漕幫已經被總督府全部剿滅。
這裡面矛盾自然就出現了，各地官府和官吏。想著能夠從漕運之中獲取大量的好處，可碼頭上的事宜，悉數都被洪門控制，其實也就是總督府控制，雖說鄭勳睿是太子少保、戶部尚書、右都御史，但山高皇帝遠，距離淮安太遠的地方，鄭勳睿無法插手。
故而一些衝突也會出現，並且在碼頭上面出現。多是當地的混混無賴與洪門之間的衝突，其實混混無賴背後就是當地官府暗地裡的支援，鄭勳睿對這些事情心知肚明，他要求洪門毫不留情的打壓當地的混混無賴，只要敢在碼頭上鬧事，那就毫不客氣的收拾，至於說當地官府出面解決爭端，就由鄭勳睿直接出面應對。
鄭勳睿右都御史的官職。令很多的地方官吏畏懼，擁有這個職銜。鄭勳睿可以直接彈劾甚至是處理五品以下的官員，儘管以前這個權力限定在淮北，但鄭勳睿利用在京城的關係，取得了張鳳翼和楊一鵬等人的支援，將彈劾的權力擴大至京杭大運河所經過的全部碼頭，內閣在邸報之中也專門提到了這件事情。
鄭勳睿出任漕運總督以來。有力保證了漕運的順暢，北方對漕運的倚重是巨大的，不客氣的說，若是漕運崩潰，北直隸的府州縣官衙都是難以維繫的。北方很快就會出現大亂子，因為漕運的順暢，北方糧食的供給充足，京