都是“三光作戰”，即對日本人不分軍民全部的殺源全部搶光，將人民居住的市街、村莊全部燒光。
最後，由於給養問題，李庭所率的江南軍和阿塔海親自率領的江南新軍終於也忍受不住，由暗地進行，轉移到明目張膽起來。
最大的原因由於在對馬島登陸的時候輜重盡失，而這次攻打鎌倉、東京時大軍推進神速，也可以說是深入到敵國腹地，就算是日本人丟下武器向元軍投降。要處理這麼多俘虜，糧食方面是個最大的問題。
全部殺掉這些俘虜。在阿塔海一眾元朝將領看來，是最為明智的命令。由於這一命令，大屠殺開始了。
其實在江南軍李庭的第一線大軍接近東京城一、二里之處，彼此正在混戰時，看到滿地跪著的俘虜，李庭也曾經下令收容，但是隨即接到徵日總指揮阿塔海的命令：“不能接受日本人的投降，並予以處置。”李庭雖然隨這個命令有些實在無法接受，因為他面前跪著的可是有上萬名俘虜啊，但是身為漢軍本來地位就不如蒙古人，再則阿塔海又是自己的上司，只能聽從命令，處理了事。
徵日總指揮阿海，一個月之後，案前放著一份。由手下書記官送過來的一份統計，這是準備送往大都皇帝的奏報。
“計被我大軍所俘日本軍，在鶴岡八幡宮，還有圓覺寺、建長寺、妙本寺、明月院、東慶寺、海藏寺等處，處理反抗俘虜達十九萬人以上；在江戶港碼頭、下、山之手、鎌倉等處，被斬殺的反抗日軍十五萬人左右，共計剿滅敵軍三十萬人。