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平時陸軍最高建制為師，水師最高建制為旅，戰時根據具體情況，若有將官帶領超過一師（水師為一旅）的部隊獨立執行任務時，總稱一軍，領軍將領稱軍帥。任務完畢，交卸部隊，仍就原職，軍帥不常設，也沒有俸祿。指揮廣大地區多支部隊進行大型戰役的時候，總指揮官由阮香親自擔任或者由阮香任命的將領擔任，稱元帥。元帥掌劍印，節制戰場區域內所有水陸軍隊、軍令部、參謀部、後勤部等相關軍事部門和武裝，有權制定、調整作戰計劃，任免各級軍官，組織軍團，徵調民夫等廣泛權力，但是不得擅自決定戰和，在得到阮香的授命之前，無權與敵人簽署任何形式的協議。在一定地域、一定時期內，元帥可較長時間設立，有大功者，可終身保留元帥稱號。元帥一經解職後，即失去對部隊的指揮權，應立刻交還劍印，去職後各項待遇優於師長。
另外營以上正職高階軍官可組親兵衛隊，定製為師長百人，營長十人，軍帥與元帥酌加。軍官調任別的部隊的時候，可帶走親兵，若降職，則解散衛隊，按照定製走。不帶兵的文武官員，一律不得私設衛隊，否則視同謀逆。私人家中所擁有的刀槍甲具限時上報官府備案，有超過定製者沒收入官，隱匿不報者，以謀逆罪論。嚴格限制兵器、鎧甲、馬匹等軍用物資的流通交易。制定統一的軍器製作標準，各工場作坊必須按照統一標準生產軍器。比較精密的步、騎弩機零件可以互換修理。
將軍官選拔培養體系正規化、系統化。以原來的軍官訓練營為基礎，建立完備的軍官訓練教育體系，撤消訓練營，教導營等名目，建立正規的軍官學校，對軍隊中的中高階軍官進行戰術素養方面的培訓。進一步規範少年營的教育訓練課目，取消少年營的叫法，改稱軍官預備學校，除了選拔人才培養後備軍官以外，還負責對低階士官進行培訓。士兵訓練和軍官訓練區別對待。士兵訓練其服從性和紀律性，注重提高戰鬥技巧和配合意識，軍官們則培養其戰略戰術眼光，指揮技巧，處理各種戰場情況的能力，提高整體意識。軍官選拔仍然採取士兵推舉和參謀部任命兩種形式並行。修訂各兵種操典，增加各兵種配合作戰的內容，修訂陣法內容。建立一所專門的軍事後勤輔助院校，設醫護、運輸、器械、會計、工程等相關課目，後來又增加了法術一項。
監察廳正式和軍令部脫離，撤消盧笛“眼睛”組織，其人員組織併入監察廳，歸民政部門轄制。監察廳長官也不再由軍官兼任，而改由地方選拔推舉官員擔任。另外地方新設司法廳，其長官稱法官，主管審案捕盜，將司法權從地方行政官員手中獨立出來。另設巡迴訪察使，由阮香親自任命，職責為觀民風，刺民情，定期對於官府力所不及的偏遠地區行使司法權，對有疑點的案卷複查，直接對阮香負責。公佈了自靖難軍進駐以來，各個地方官吏的政績考核情況，裁汰一大批冗員，吏治為之一清。
這些法令制度一經頒佈實施，靖難軍中自有一番人事變動，不過涉及到軍方的變動暫時只在富水河以南的靖難軍控制區實行，河北的戰區各部隊編制先維持不變。
事實上，舉賢令收到的巨大成功和阮香這些改革措施的出臺，都建立在靖難軍最近的兩次大捷的基礎之上，這一點明眼人都看得很清楚。
方略佈置的反擊從去年十一月末就開始了。方略是個極為謹慎的將領，雖然靖難軍佔據著天時地利人和多重優勢，他還是沒準備一口吃成一個胖子。因為弄不好崩壞了牙可就不美了。他需要一個完美的勝利來建立自己的武勳。
方略的方案很簡單也很實在，那就是先弱後強，西攻東防，先集中兵力吃掉蘇中，再全力以赴對付趙揚。因為蘇中部雖然戰鬥力不強，但是所部士兵全都是靈、淄兩州人，熟悉地理情況，人脈也廣泛，又有淄州豪門的暗中支援，和靖難軍交手多次，熟悉靖難軍的作戰方式，又和阮香是死仇，假以時日，養成氣候，必定是個難纏的對手。現在瀘州似乎和他頗有嫌隙，趙揚還沒意識到這個爪牙的巨大潛力，應該不會為了他而拼上血本。就是基於對趙揚的心理的這種判斷，方略開始調動部隊。
靖難軍的第一戰就是圍攻青城。蘇中費盡九牛二虎之力，整整打了一個月的青城，在不到三天的時間就陷落了。其實青城這麼快就陷落，還得感謝那一個月的攻防戰，經過那場戰鬥之後，青城的城牆早就千瘡百孔，城防體系完全崩潰，難以維持了，屠城後老百姓死的死，逃的逃，拉壯丁都沒得拉，蘇中