吳順義三年（921年）權臣徐溫始建的興教寺。
南唐升元元年（937年），南唐烈祖在此避暑納涼，改寺名為“石頭清涼大道場”。石頭山從此時起又稱清涼山。此後，該處成為南唐宮廷的避暑之處。後主李煜更與清涼寺結下了不解之緣，寺內避暑宮的匾額“德慶堂”即為李煜親題。
寺內原藏有中主李瑕的“八分書”、畫龍名家董羽畫的龍及書法家李霄遠的草書等三件藝術珍品，被稱為寺中“三絕”。寺門外有南唐中主李瑕保大三年（945年）由僧人廣惠挖掘的古井一口，稱南唐義井，又稱保大泉。寺僧常飲此水，雖老卻鬚髮不白，故又名“還陽井”，舊有“老不白頭因水好，冬猶赤足緣師高”之譽。寺後山頂，南唐時期曾建翠微亭，又名暑風亭。
清涼寺又是南唐重要的宗教活動場所，著名僧人文益長期居住在寺內，被中主李瑕封為大法眼禪師；他建立的佛教宗派即稱為法眼宗，是禪宗南宗的五個支派之一。
北宋太平興國五年（980年），幕府山清涼廣惠禪寺遷此，後屢廢屢建。到明代建文四年（1402年）由周王朱棣重建，改額為“清涼陟寺”。該寺當時規模甚大，基址佔地20畝。寺內建築有山門三楹、天王殿三楹、鐘樓一座、佛殿五楹、伽藍殿一楹、祖師殿五楹、毗盧殿三楹，另有方丈室八楹及僧院九房。
太平天國時期，清涼寺的建築大多毀於戰火，山上樹木也被砍伐一空。直到清代末年，才稍有恢復，但規模已大不如前。清涼寺是南京著名的遊覽勝地，歷代許多文人墨客曾來此駐足，留下不少寶貴的辭章。唐代溫庭筠，宋朝王安石、林和靖、蘇東坡，清代金陵八家之一的高岑，《儒林外史》的作者吳敬梓等均曾有詩文吟詠。
清涼寺周圍有許多重要的景點，如石頭城、掃葉樓、崇正書院、古清涼臺、翠微亭遺址等。最最重要的是這個清涼寺是韋小寶中康熙老爸順治修行的地方，雖然，可信度不是很高啦，但是，好奇心人皆有之，還是想來看看過過癮。不過，由於爬山對於我這個孕婦來說實在是很不方便的事情，所以，打從山腳開始，我就是由冷彥抱了上去的，至於百里那個小子，不知道為什麼，一聽說我們要來寺廟是打死也不肯過來，我也沒有勉強他什麼，反正他要說的話自然是會說出來的。
“施主命格異於常人，恐非凡世之人啊”剛踏進去，主持便幽靈般的冒了出來，活活嚇了我一跳，我拍拍受驚的胸，心有餘悸的向後退了幾步，黑白無常和他比起來估計不是一個等級的啊。
“大師有禮了”
“施主請隨老衲過來”說完，當真是用飄的方式離開，我看看冷彥，不敢前去，冷彥拍拍我的肩，示意他會在外面等著我，算了，有什麼好怕的，我黑白無常都見過了，還有什麼好怕的，壯起膽子跟了過去，進門，禪房的門自動的關上，媽呀，真是鬼啊。
哆哆嗦嗦的開口“主持啊，請問要是沒有什麼特別重要的事情的話，我還是先離開吧”
“施主，且慢”不能慢啊，慢了小命不保啊，驚悚的看著他盤坐在鋪墊上，以眼神示意我坐上去，我不敢違背，只能硬著頭皮坐了上去“施主不是以死之人，何以附身在活人身上，可知這是違背天條的事情”
什麼跟什麼啊，他知道我不是舒惠嗎？還真是神了“大師，我”
“一切都是因果啊，有因才有果，施主，你命犯桃花不說，且出身高貴，乃是真龍護體之身，所以，才有如今的安然無恙，當真龍之氣消失之時，便是施主離開之時，切記，多做善事，少做惡，佛祖自會保佑你，南無哦彌陀佛”說完不等我開口詢問就開始了老僧入定。
我傻，我愣，這是什麼情況，真龍護體？什麼鬼東西，這傢伙老糊塗了吧，正要說什麼，突然感覺大地好像有些顫動“大師，好像地在動啊”是我幻覺嗎？
老傢伙還是閉眼老神在在的說道“不是地在動，是施主的心在動，心靜，自然靜”
是我的心在動嗎？可是我分明感覺是地在動啊，好像晃動的還越來越厲害了，地震，山崩，這兩個詞語突然闖入我的腦海中，我驚叫著跳下來“大師，地震了，趕快離開”
可是老頭像是黏在蒲團上一樣，還是很淡然的那句話“地未動，心在動，心不動，萬物止”
靠，這個老禿驢，禪佛禪瘋了吧“大師，真的地震了啊，趕快離開”見他還是不動，我慌亂之下拿起旁邊的茶壺直接將他砸昏，費了九牛二虎之力將他拖了出去，正好遇見臉色蒼白的冷彥，他見我沒有事情，頓時鬆了口氣，但是看見我