安奪德神父到達扎佈讓不久，他就確定了支援和利用基督教，反對和打擊藏傳佛教的政策，不準任何人干擾傳教工作，要人民學習基督教的教義，出資建立教堂和教士住宅，饋贈鉅額金幣以及常請教士講經傳道，讓王后、王子及王室一些人進行了洗禮等一系列行動以外，還極力貶低和譏諷藏傳佛教。以往每次國王領兵出征前都由喇嘛首領為他念經和祈福的，安奪德神父來後改請他去誦讀福音祈福，如一千六百二十五年八月安奪德神父第二次回到扎佈讓，第二天見古格王時，古格王詳細告訴神父，古格將進行一場非常危險的戰爭，他正準備出征，出發那一天，古格王頭頂彌撒經本，神父為他誦經，他非常虔誠和尊敬地親吻了經本。
古格王、王后及王室一部分人這種狂熱支援基督教，以及傳教士們用低毀和反對藏傳佛教來宣傳基督教的種種行為，必然會引起有悠久歷史的藏傳佛教勢力的強烈反對。古格王叔和王弟向國王提出了勸告，要他放棄支援基督教，回到多年來先輩傳下的藏傳佛教中來，但古格王對此置若罔聞。於是王弟把國王請到喇嘛寺廟住了兩個多月，除了王弟本人給他講經外，還請了最博學的喇嘛給古格王講經，使他增加對藏傳佛教正確性的認識。
此外，王弟還將十四歲的，正在學習基督教義的王子弄到寺院去，找經師給他講解藏傳佛教經典，提高對藏傳佛教的感惰和認識王弟的作法使傳教士們非常不安，為此安奪德神父想方設法去看望國王，並找機會與喇嘛們進行了多次辯論。在安奪德的勸說下，古格王對安奪德保證，在未與他商量前不做任何事情，於是傳教上成了古格王的高階顧問，黃教寺院上層看到他們採取的對策完全失敗，於是靠增強佛教力量來保衛自己，特別是擴大招收老百姓入寺為僧，一千六百二十六年某一天就吸收了一百二十平民為僧。
這種擴大僧人的行為，嚴重威懾了古格王正在進行戰爭計程車兵來源，於是古格王決定採取迫害藏傳佛教僧人的一系列行動，沒收了喇嘛首領王弟的一些土地和收入，並警告他的弟弟說如果再不悔改廣招百姓為僧的做法，就要撤除為他服務計程車兵。後來國王把軍官派到各地，用世俗者取代喇嘛首領的地方權力，逼迫大部僧人還俗，致使古格地區五、六千喇嘛減少到不足一百人，生活在山洞裡不願還俗的僧人和極少數高階僧人被壓迫得喘不過氣來，但古格畢竟是藏傳佛教後宏期“上路宏法”的發祥地，僧人們利用自己的影響進行秘密串聯，他們利用古格地區人民厭惡與鄰國進行長期戰爭的惰緒，廣泛發動了一般群眾，同時還串聯了許多地方官員和軍隊中的軍官，伺機起來進行反對古格王、反對傳教士及基督教的鬥爭在一千六百三十年乘安奪德返回果阿和古格王墀扎西查巴德患病之機，發動了大規模的武裝暴動，反對古格王支援天主教、消滅佛教，並以前者代替後者。
由於古格僧人的邀請，拉達克王森格郎吉親自率兵迅速趕到扎佈讓，包圍古格王住的王宮小山。由於王宮修建在四壁陡峭的山上，有暗道通到東西河邊取水，山上的武器，糧食儲備克足，城堡堅不可摧，圍攻一個多月，因冬季降臨包圍王宮城堡拉達克軍隊準備撤退，這時國王的弟弟想出各種方法向古格王勸降，古格王身患重病，又感到國內四面楚歌，大勢已去，主動提出議和，表示只要拉達克撤走軍隊，他就可以交納貢品。拉達克王要古格王走出城堡，像屬臣那樣親自呈交貢品。但當古格王走出城堡後，就被拉達克王將他和他的全家抓獲，押送到拉達克的首府列城，投入監獄。古格王的御林軍看到古格王、王后及王子等被抓起來，才恍然大悟，知道上當受騙，立即邊打邊撤退到城堡裡，頑強抵抗了一段時間後，才撤出城堡轉移到後藏的藏已汗那裡去，統治日土地區的古格王親屬也逃到後藏日喀則。拉達克佔領了古格王國全鏡。拉達克王委派他的兒子英達博蒂郎吉去統治古格。建國近八百年古格王國從此滅亡。大清朝統一中國後，並派兵協助藏軍抵抗外國入侵者，直到一千六百八十三年拉達克在侵藏戰爭中失敗，在一項協議中，拉達克才將它佔領的古格、日土交給衛藏管轄。
至今仍保留比較完整的古格遺址其實是當年的中央政府所在地，它有著嚴格的等級區分，住得越高就地位越顯赫，在這座神秘的建築上，有三座神殿，裡面的神像在文革中被破壞，而且現在還在不斷地被破壞。
在四千米以上的雪域高原，古格曾經創造了奇蹟，而如今這一切都消逝了，只留下了一些斑駁的遺蹟和大片的黃土，古格王朝在西藏曆史上具有重要意義。它是吐蕃王室後裔在吐蕃西部阿里地方建立的地方政權